-
רצף RNA חד גרעיני
ההתקדמות בלכידת תא בודד וטכניקת בניית ספרייה בודדת בשילוב עם רצף תפוקה גבוהה מאפשרת מחקרי ביטוי גנים על בסיס תא לתא.הוא מאפשר ניתוח מערכת מעמיק ומלא יותר על אוכלוסיות תאים מורכבות, שבהן הוא נמנע במידה רבה ממיסוך של ההטרוגניות שלהם על ידי לקיחת ממוצע של כל התאים.
עם זאת, תאים מסוימים אינם מתאימים להפוך להשעיה חד-תאית, ולכן יש צורך בשיטות הכנת דגימות אחרות - יש צורך במיצוי גרעין מרקמות, כלומר, גרעין מופק ישירות מרקמות או מתא ומוכן לתרחיף חד-גרעיני עבור יחיד- רצף תאים.
BMK מספקת שירות רצף RNA חד-תא מבוסס 10× Genomics ChromiumTM.שירות זה נמצא בשימוש נרחב במחקרים על מחקרים הקשורים למחלות, כגון התמיינות תאי חיסון, הטרוגניות גידול, התפתחות רקמות וכו'.
שבב תעתיק מרחבי: 10× Genomics
פלטפורמה: פלטפורמת Illumina NovaSeq
-
רצף גנום שלם של צמח/חיה
ריצוף מחדש של גנום שלם, הידוע גם בשם WGS, מאפשר חשיפת מוטציות נפוצות ונדירות על הגנום כולו, כולל פולימורפיזם נוקלאוטיד בודד (SNP), מחיקת החדרה (InDel), וריאציה של מבנה (SV) ו-Copy Number Variation (CNV) ).SVs מהווים חלק גדול יותר מבסיס הווריאציה מאשר SNPs ויש להם השפעה גדולה יותר על הגנום, שיש לו השפעה משמעותית על אורגניזמים חיים.קריאה מחודשת מאפשרת זיהוי מדויק יותר של שברים גדולים ווריאציות מסובכות מכיוון שקריאה ארוכה מקלה בהרבה על מעבר כרומוזומלי על אזורים מסובכים כגון חזרות טנדם, אזורים עשירים ב-GC/AT ואזורים היפר-משתנים.
פלטפורמה: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Transcriptome מרחבי
תעתיק מרחבי עומד בחזית החדשנות המדעית, ומאפשרת לחוקרים להתעמק בדפוסי ביטוי גנים מורכבים בתוך רקמות תוך שמירה על ההקשר המרחבי שלהן.בין פלטפורמות שונות, BMKGene פיתחה את שבב BMKManu S1000 Spatial Transcriptome, המתגאה ב-רזולוציה משופרתשל 5µM, מגיע לטווח התת-תאי, ומאפשרהגדרות רזולוציה מרובת רמות.שבב S1000, הכולל כ-2 מיליון נקודות, משתמש במיקרו-בארות בשכבות חרוזים עמוסים בבדיקות לכידה מקודדות מרחביות.ספריית cDNA, מועשרת בברקודים מרחביים, מוכנה משבב S1000 ולאחר מכן רצף בפלטפורמת Illumina NovaSeq.השילוב של דגימות ברקוד מרחביות ו-UMIs מבטיח את הדיוק והספציפיות של הנתונים שנוצרו.התכונה הייחודית של שבב BMKManu S1000 נעוצה ברבסטיות שלו, ומציעה הגדרות רזולוציה מרובת רמות שניתן לכוונן עדין לרקמות ולרמות פירוט שונות.יכולת הסתגלות זו מציבה את השבב כבחירה יוצאת מן הכלל למחקרי תעתיק מרחביים מגוונים, ומבטיחה צבירת מרחב מדויקת עם מינימום רעש.
באמצעות שבב BMKManu S1000 וטכנולוגיות תעתיק מרחביות אחרות, חוקרים יכולים לקבל הבנה טובה יותר של הארגון המרחבי של תאים ואת האינטראקציות המולקולריות המורכבות המתרחשות בתוך רקמות, ולספק תובנות חשובות לאין ערוך לגבי המנגנונים העומדים בבסיס תהליכים ביולוגיים במגוון רחב של תחומים, כולל אונקולוגיה, מדעי המוח, ביולוגיה התפתחותית, אימונולוגיה ומחקרים בוטניים.
פלטפורמה: שבב BMKManu S1000 ו-Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Transcriptome מרחבי
Transcriptomics מרחבי היא טכנולוגיה חדשנית המאפשרת לחוקרים לחקור דפוסי ביטוי גנים בתוך רקמות תוך שמירה על ההקשר המרחבי שלהן.פלטפורמה חזקה אחת בתחום זה היא 10x Genomics Visium יחד עם רצף Illumina.העיקרון של 10X Visium טמון על שבב מיוחד עם אזור לכידה ייעודי שבו ממוקמים קטעי רקמה.אזור לכידה זה מכיל כתמים עם ברקוד, כל אחד מהם מתאים למיקום מרחבי ייחודי בתוך הרקמה.לאחר מכן, מולקולות ה-RNA שנלכדו מהרקמה מסומנות במזהים מולקולריים ייחודיים (UMI) במהלך תהליך השעתוק ההפוך.נקודות ברקוד ו-UMI אלו מאפשרים מיפוי מרחבי וכימות מדויק של ביטוי גנים ברזולוציה של תא בודד.השילוב של דגימות ברקוד מרחביות ו-UMIs מבטיח את הדיוק והספציפיות של הנתונים שנוצרו.באמצעות טכנולוגיית Transcriptomics מרחבית זו, החוקרים יכולים להשיג הבנה מעמיקה יותר של הארגון המרחבי של תאים ושל האינטראקציות המולקולריות המורכבות המתרחשות בתוך רקמות, ולהציע תובנות חשובות לאין ערוך לגבי המנגנונים העומדים בבסיס תהליכים ביולוגיים בתחומים רבים, כולל אונקולוגיה, מדעי המוח, ביולוגיה התפתחותית, אימונולוגיה , ומחקרים בוטניים.
פלטפורמה: 10X Genomics Visium ו- Illumina NovaSeq
-
רצף mRNA באורך מלא-Nanopore
בעוד שרצף mRNA מבוסס NGS משמש ככלי רב-תכליתי לכימות ביטוי גנים, ההסתמכות שלו על קריאה קצרה מגבילה את יעילותו בניתוחים תעתיקים מורכבים.רצף Nanopore, לעומת זאת, משתמש בטכנולוגיה לקריאה ארוכה, המאפשרת רצף של תעתיקי mRNA באורך מלא.גישה זו מאפשרת חקירה מקיפה של שחבור חלופי, איחוי גנים, פולי-אדנילציה וכימות של איזופורמים של mRNA.
רצף Nanopore מסתמך על אותות חשמליים בזמן אמת של מולקולה בודדת.בהנחיית חלבונים מוטוריים, DNA דו-גדילי נקשר לחלבונים ננו-פוריים המוטבעים בביופילם, מתפרק כשהוא עובר דרך ערוץ הננו-פורי תחת הפרש מתחים.האותות החשמליים הייחודיים שנוצרים על ידי בסיסים שונים על גדיל ה-DNA מתגלים ומסווגים בזמן אמת, ומאפשרים רצף נוקלאוטידים מדויק ורציף.גישה חדשנית זו מתגברת על מגבלות של קריאה קצרה ומספקת פלטפורמה דינמית לניתוח גנומי מורכב, הכוללת מחקרים טרנסקריפטומיים מורכבים.
פלטפורמה: Nanopore Promethion P48
-
רצף mRNA באורך מלא -PacBio
בעוד שרצף mRNA מבוסס NGS הוא כלי רב-תכליתי לכימות ביטוי גנים, ההסתמכות שלו על קריאה קצרה מגבילה את השימוש בו בניתוחים תעתיקים מורכבים.לעומת זאת, ריצוף PacBio (Iso-Seq) משתמש בטכנולוגיה לקריאה ארוכה, המאפשרת רצף של תעתיקי mRNA באורך מלא.גישה זו מאפשרת חקירה מקיפה של שחבור אלטרנטיבי, איחוי גנים ופולי-אדנילציה למרות שהיא אינה הבחירה העיקרית לכימות ביטוי גנים, בשל כמות הנתונים הגבוהה הנדרשת.
טכנולוגיית רצף PacBio מסתמכת על רצף של מולקולה בודדת בזמן אמת (SMRT), המספקת יתרון מובהק בלכידת תמלול mRNA באורך מלא.גישה חדשנית זו כוללת שימוש במובילי גלים במצב אפס (ZMWs), בארות מיוצרות במיקרו המאפשרות תצפית בזמן אמת על פעילות ה-DNA פולימראז במהלך ריצוף.בתוך ה-ZMWs הללו, פולימראז ה-DNA של PacBio מסנתז גדיל משלים של DNA, ויוצר קריאות ארוכות שמתפרשות על כל תעתיקי ה-mRNA.פעולת PacBio במצב Circular Consensus Sequencing (CCS) משפרת את הדיוק על ידי ריצוף חוזר של אותה מולקולה.לקריאות ה-HiFi שנוצרות יש דיוק השווה ל-NGS, מה שתורם עוד יותר לניתוח מקיף ואמין של תכונות תעתיק מורכבות.פלטפורמה: PacBio Sequel II
-
איקריוטי mRNA Sequencing-Illumina
רצף mRNA מעצים את הפרופיל המקיף של כל תעתיקי ה-mRNA בתוך תאים בתנאים ספציפיים.טכנולוגיה חדשנית זו משמשת ככלי רב עוצמה, חושפת פרופילי ביטוי גנים מורכבים, מבני גנים ומנגנונים מולקולריים הקשורים לתהליכים ביולוגיים מגוונים.אימוץ נרחב במחקר בסיסי, אבחון קליני ופיתוח תרופות, רצף mRNA מציע תובנות על המורכבויות של דינמיקה תאית וויסות גנטי.
פלטפורמה: Illumina NovaSeq X
-
רצף mRNA-Illumina שאינו מבוסס-רפרנס
רצף mRNA מעצים את הפרופיל המקיף של כל תעתיקי ה-mRNA בתוך תאים בתנאים ספציפיים.טכנולוגיה חדשנית זו משמשת ככלי רב עוצמה, חושפת פרופילי ביטוי גנים מורכבים, מבני גנים ומנגנונים מולקולריים הקשורים לתהליכים ביולוגיים מגוונים.אימוץ נרחב במחקר בסיסי, אבחון קליני ופיתוח תרופות, רצף mRNA מציע תובנות על המורכבויות של דינמיקה תאית וויסות גנטי.
פלטפורמה: Illumina NovaSeq X
-
רצף ארוך ללא קידוד-אילומינה
RNAs ארוכים שאינם מקודדים (lncRNAs) הם RNA ארוכי מ-200 נוקלאוטידים בעלי פוטנציאל קידוד מינימלי והם מרכיבים מרכזיים בתוך RNA שאינו מקודד.נמצא בגרעין ובציטופלזמה, RNAs אלה ממלאים תפקידים מכריעים בוויסות אפיגנטי, תעתיק ופוסט-תעתוק, מה שמדגיש את משמעותם בעיצוב תהליכים תאיים ומולקולריים.רצף LncRNA הוא כלי רב עוצמה בהתמיינות תאים, אונטוגנזה ומחלות אנושיות.
פלטפורמה: Illumina NovaSeq
-
רצף RNA קטן-אילומינה
מולקולות RNA קטנות (sRNA), בדרך כלל באורך של פחות מ-200 נוקלאוטידים, כוללות מיקרו-RNA (miRNAs), RNAs מפריעים קטנים (siRNAs) ו-RNAs בעלי אינטראקציה עם פיווי (piRNAs).בין אלה, miRNAs, באורך של בסביבות 20-24 נוקלאוטידים, ראויים לציון במיוחד בשל תפקידיהם הרגולטוריים המרכזיים בתהליכים תאיים שונים.עם דפוסי ביטוי ספציפיים לרקמות ולשלבים ספציפיים, miRNAs מציגים שימור גבוה על פני מינים שונים.
פלטפורמה: Illumina NovaSeq
-
רצף circRNA-Illumina
רצף RNA מעגלי (circRNA-seq) נועד ליצור פרופיל ולנתח RNAs מעגלי, סוג של מולקולות RNA היוצרות לולאות סגורות עקב אירועי שחבור לא קנוניים, המספקים ל-RNA אלו יציבות מוגברת.בעוד שחלק מה- circRNAs הוכחו לפעול כספוגים של מיקרו-RNA, קובעים מיקרו-RNA ומונעים מהם לווסת את ה-mRNA של היעד שלהם, circRNAs אחרים עשויים לקיים אינטראקציה עם חלבונים, לווסת את ביטוי הגנים או למלא תפקידים בתהליכים תאיים.ניתוח ביטוי circRNA מספק תובנות לגבי התפקידים הרגולטוריים של מולקולות אלו ומשמעותן בתהליכים תאיים שונים, בשלבי התפתחות ומצבי מחלה, תורם להבנה עמוקה יותר של המורכבות של ויסות RNA בהקשר של ביטוי גנים.
-
רצף תעתיק שלם - Illumina
רצף תעתיק שלם מציע גישה מקיפה ליצירת פרופיל מולקולות RNA מגוונות, הכוללת הן RNAs מקודדים (mRNA) והן לא מקודדים (lncRNA, circRNA ו-miRNA).טכניקה זו לוכדת את התעתיק המלא של תאים ספציפיים ברגע נתון, ומאפשרת הבנה הוליסטית של תהליכים תאיים.המכונה גם "רצף RNA כולל", מטרתה לחשוף רשתות רגולטוריות מורכבות ברמת התעתיק, מה שמאפשר ניתוח מעמיק כגון RNA אנדוגני מתחרה (ceRNA) וניתוח RNA משותף.זה מסמן את הצעד הראשוני לקראת אפיון פונקציונלי, במיוחד בפירוק הרשתות הרגולטוריות המערבות אינטראקציות ceRNA מבוססות circRNA-miRNA-mRNA.
