-
PacBio באורך מלא 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
פלטפורמת Amplicon (16S/18S/ITS) פותחה עם שנים של ניסיון בניתוח פרויקטים של מגוון מיקרוביאלי, המכילה ניתוח בסיסי וניתוח מותאם אישית: ניתוח בסיסי מכסה את תוכן הניתוח המיינסטרים של מחקר מיקרוביאלי עדכני, תוכן הניתוח עשיר ומקיף, ותוצאות הניתוח מוצגות בצורה של דוחות פרויקטים;התוכן של ניתוח מותאם אישית הוא מגוון.ניתן לבחור דוגמאות וניתן להגדיר פרמטרים באופן גמיש בהתאם לדוח הניתוח הבסיסי ולמטרת המחקר, כדי לממש דרישות מותאמות אישית.מערכת הפעלה Windows, פשוטה ומהירה.
-
PacBio-Transcriptome באורך מלא (ללא התייחסות)
אם לוקחים נתוני רצף איזופורמים של Pacific Biosciences (PacBio) כקלט, אפליקציה זו מסוגלת לזהות רצפי תמלול באורך מלא (ללא הרכבה).על ידי מיפוי רצפים באורך מלא מול גנום התייחסות, ניתן לבצע אופטימיזציה לתמלילים על ידי גנים ידועים, תעתיקים, אזורי קידוד וכו'. במקרה זה, ניתן להשיג זיהוי מדויק יותר של מבני mRNA, כגון שחבור חלופי וכו'.ניתוח משותף עם נתוני רצף תעתיק של NGS מאפשר הערה מקיפה יותר וכימות מדויק יותר בביטוי ברמת התמלול, מה שמטיב במידה רבה עם ביטוי דיפרנציאלי במורד הזרם וניתוח פונקציונלי.
-
ערכות כלים
BMKCloud היא פלטפורמה ביו-אינפורמטית מובילה המספקת פתרון נקודתי עבור תוכניות גנומיות, אשר זוכה לאמון נרחב על ידי חוקרים בזירות שונות, כולל רפואי, חקלאי, סביבתי וכו'. BMKCloud מחויבת לספק שירותים משולבים, אמינים ויעילים, כולל פלטפורמות וכלים לניתוח ביו-אינפורמט. , משאבי מחשוב, מסד נתונים ציבורי, קורסים מקוונים ביו-אינפורמטיים וכו'. ל-BMKCloud יש כלים ביו-אינפורמטיים שונים בשימוש תכוף הכוללים ביאור גנים, כלים גנטיים אבולוציוניים, ncRNA, בקרת איכות נתונים, הרכבה, יישור, מיצוי נתונים, מוטציות, סטטיסטיקות, מחולל דמויות, רצף ניתוח וכו'.
-
RNA קטן
RNAs קטנים הם סוג של RNA קצר שאינו מקודד באורך ממוצע של 18-30 nt, כולל miRNA, siRNA ו-piRNA.RNAs קטנים אלו דווחו באופן מסיבי כמעורבים בתהליכים ביולוגיים שונים כגון פירוק mRNA, עיכוב תרגום, יצירת הטרוכרומטין וכו'. ניתוח רצף SmallRNA יושם באופן נרחב במחקרים על התפתחות בעלי חיים/צמחים, מחלות, וירוסים וכו'. RNA קטן פלטפורמת ניתוח רצף מורכבת מניתוח סטנדרטי וכריית נתונים מתקדמת.על בסיס נתוני RNA-seq, ניתוח סטנדרטי יכול להשיג זיהוי וחיזוי מירנא, חיזוי גן יעד של miRNA, ביאור וניתוח ביטוי.ניתוח מתקדם מאפשר חיפוש וחילוץ מירנא מותאמים אישית, יצירת דיאגרמות Venn, בניית רשתות מירנה וגני יעד.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS היא פלטפורמת ניתוח רצף מחדש של גנום שלם, אשר פותחה על בסיס ניסיון עשיר בטכנולוגיות Biomarker.פלטפורמה קלה לשימוש זו מאפשרת הגשה מהירה של זרימת עבודה ניתוח משולבת על ידי הגדרת מספר פרמטרים בסיסיים, המתאימים לנתוני רצף DNA שנוצרו הן מפלטפורמת Illumina והן מפלטפורמת רצף BGI.פלטפורמה זו נפרסת על שרת מחשוב בעל ביצועים גבוהים, מה שמאפשר ניתוח נתונים יעיל ביותר בזמן מוגבל מאוד.כריית נתונים מותאמת אישית זמינה על בסיס ניתוח סטנדרטי, כולל שאילתת גנים שעברו מוטציה, עיצוב פריימר PCR וכו'.
-
mRNA (הפניה)
תעתיק הוא הקשר בין מידע גנטי גנומי לבין הפרוטאום של התפקוד הביולוגי.ויסות רמת התעתיק הוא אופן הוויסות החשוב והנחקר ביותר של אורגניזמים.רצף תעתיק יכול לרצף את התעתיק בכל נקודת זמן או בכל מצב, ברזולוציה מדויקת לנוקלאוטיד בודד. הוא יכול לשקף באופן דינמי את רמת שעתוק הגנים, לזהות ולכמת תמלילים נדירים ונורמליים בו זמנית ולספק את המידע המבני של תמלילים ספציפיים לדוגמה.
נכון להיום, נעשה שימוש נרחב בטכנולוגיית רצף התעתיקים באגרונומיה, ברפואה ובתחומי מחקר אחרים, כולל ויסות התפתחות של בעלי חיים וצמחים, הסתגלות סביבתית, אינטראקציה חיסונית, לוקליזציה של גנים, אבולוציה גנטית של מינים וזיהוי גידולים ומחלות גנטיות.
-
מטאגנומיקה (NGS)
פלטפורמת ניתוח זו מיועדת לניתוח נתונים מטאנומי של רובה ציד על בסיס שנים של ניסיון.הוא מורכב מזרימת עבודה משולבת המכילה ניתוחי מטאנומיקה שונים הנחוצים, כולל עיבוד נתונים, מחקרים ברמת המינים, מחקרים ברמת תפקוד גנים, איסוף מטאנומים וכו'. בנוסף, כלים מותאמים אישית לכריית נתונים זמינים בזרימת עבודה סטנדרטית של ניתוח, כולל שאילתת גנים ומינים. , הגדרת פרמטר, יצירת דמויות מותאמת אישית וכו'.
-
LncRNA
RNAs ארוכים שאינם מקודדים (lncRNA) הם סוג של תעתיקים באורך של יותר מ-200 nt, שאינם מסוגלים לקודד חלבונים.עדויות מצטברות מצביעות על כך שרוב ה-lncRNAs צפויים להיות פונקציונליים.טכנולוגיות רצף בתפוקה גבוהה וכלי ניתוח ביואינפורמטיים מחזקים אותנו לחשוף רצפי lncRNA ומיקום מידע בצורה יעילה יותר ומובילים אותנו לגלות lncRNA עם פונקציות רגולטוריות חיוניות.BMKCloud גאה לספק ללקוחותינו פלטפורמת ניתוח רצף lncRNA להשגת ניתוח lncRNA מהיר, אמין וגמיש.
-
GWAS
מחקר איגוד רחב גנום (GWAS) נועד לזהות וריאנטים גנטיים (גנוטיפ) הקשורים לתכונות ספציפיות (פנוטיפ).מחקרי GWA חוקרים סמנים גנטיים חוצים את הגנום השלם של מספר רב של פרטים ומנבאים קשרים בין גנוטיפ לפנוטיפ על ידי ניתוח סטטיסטי ברמת האוכלוסייה.ריצוף מחדש של גנום שלם יכול לגלות את כל הווריאציות הגנטיות.בשילוב עם נתונים פנוטיפיים, ניתן לעבד GWAS לזיהוי SNPs, QTLs וגנים מועמדים הקשורים לפנוטיפ, אשר מגבים חזק גידול בעלי חיים/צמחים מודרניים.SLAF היא אסטרטגיית רצף גנום מפושטת שפותחה בעצמה, המגלה סמנים מבוזרים ברחבי הגנום, SNP.SNPs אלה, כסמנים גנטיים מולקולריים, ניתנים לעיבוד עבור מחקרי קשר עם תכונות ממוקדות.זוהי אסטרטגיה חסכונית בזיהוי תכונות מורכבות הקשורות לוריאציות גנטיות.
-
Transcriptomics של Nanopore באורך מלא
איזופורמים אלטרנטיביים מורכבים ומשתנים באורגניזמים הם מנגנונים גנטיים חשובים לוויסות ביטוי גנים ומגוון חלבונים.זיהוי מדויק של מבני תמלול הוא הבסיס למחקר מעמיק של דפוסי ויסות ביטוי גנים.פלטפורמת רצף Nanopore הביאה בהצלחה את המחקר התעתיק לרמת איזופורמה.פלטפורמת ניתוח זו נועדה לנתח נתוני RNA-Seq שנוצרו על פלטפורמת Nanopore על בסיס הגנום הייחוס, המשיג ניתוחים איכותיים וכמותיים גם ברמת הגן וגם ברמת התמלילים.
-
circ-RNA
RNA מעגלי (circRNA) הוא סוג של RNA לא מקודד, אשר לאחרונה נמצא כי הוא ממלא תפקיד חיוני ברשתות רגולטוריות המעורבות בפיתוח, עמידות סביבתית וכו'. להבדיל ממולקולות RNA ליניאריות, למשל mRNA, lncRNA, 3' ו-5' קצוות של circRNA מחוברים זה לזה ליצירת מבנה מעגלי, שמציל אותם מעיכול של אקסונוקלאז והם יציבים יותר מרוב ה-RNA הליניארי.ל-CircRNA נמצאו פונקציות מגוונות בוויסות ביטוי גנים.CircRNA יכול לפעול כ-ceRNA, הקושר את מירנה באופן תחרותי, המכונה ספוג מירנה.פלטפורמת ניתוח רצף CircRNA מעצימה ניתוח מבנה וביטוי circRNA, חיזוי יעד וניתוח משותף עם סוגים אחרים של מולקולות RNA
-
BSA
פלטפורמת ניתוח Segregant Bulked מורכבת מניתוח סטנדרטי חד-שלבי וניתוח מתקדם עם הגדרת פרמטר מותאם אישית.BSA היא טכניקה המשמשת לזיהוי מהיר של סמנים גנטיים הקשורים לפנוטיפ.זרימת העבודה העיקרית של BSA מכילה: 1. בחירת שתי קבוצות של אנשים עם פנוטיפים מנוגדים ביותר;2. איחוד ה-DNA, ה-RNA או ה-SLAF-seq (פותח על ידי Biomarker) של כל הפרטים ליצירת שני חלקים של DNA;3. זיהוי רצפים דיפרנציאליים מול גנום ייחוס או ביניהם, 4. חיזוי אזורים מקושרים מועמדים באמצעות אלגוריתם ED ו-SNP-index;5. ניתוח פונקציונלי והעשרה על גנים באזורים מועמדים וכו'. כרייה מתקדמת יותר בנתונים כולל סקר סמנים גנטיים ועיצוב פריימר זמינים גם כן.
