מפת חום
קובץ נתוני מטריצה משמש לציור מפת חום, שיכול לסנן, לנרמל ולאסוף נתוני מטריצה.הוא משמש בעיקר לניתוח אשכולות של רמת ביטוי גנים בין דגימות שונות.
הערת גנים
ביאור תפקודי גנים מתבצע על ידי מיפוי רצפים בקובץ FASTA כנגד מסדי נתונים שונים.
הערת גנים
כלי חיפוש יישור מקומי בסיסי
CDS_UTR_חיזוי
כלי זה נועד לחזות אזורי קידוד (CDS) ואזורים שאינם מקודדים (UTR) ברצפי תמלול נתונים בהתבסס על פיצוץ נגד מסד נתונים ידוע של חלבונים וחיזוי ORF.
עלילת מנהטן
עלילת מנהטן מאפשרת הצגת נתונים עם מספר רב של נקודות נתונים.הוא נמצא בשימוש נפוץ במחקרי אסוציאציות של הגנום (GWAS).
Circos
דיאגרמת CIRCOS מאפשרת הצגה ישירה של הפצות SNP, InDeL, SV, CNV על הגנום.
GO_העשרה
TopGO הוא כלי המיועד להעשרה פונקציונלית.חבילת TopGO-Bioconductor מורכבת מניתוח ביטוי דיפרנציאלי, ניתוח העשרה של GO והדמיה של התוצאות.זה יפיק תיקיה עם פלט בשם "גרף", המכילה תוצאות עבור topGO_BP, topGO_CC ו-topGO_MF.
WGCNA
WGCNA היא שיטת כריית נתונים בשימוש נרחב לגילוי מודולי ביטוי משותף של גנים.זה ישים על מערכי ביטוי שונים, כולל נתוני מיקרו-מערך ונתוני ביטוי גנים שמקורם ברצף הדור הבא.
InterProScan
ניתוח וסיווג רצפי חלבון InterPro
GO_KEGG_העשרה
כלי זה מתוכנן ליצור היסטוגרמת העשרה של GO, היסטוגרמה העשרה של KEGG ומסלול העשרה של KEGG בהתבסס על מערך הגנים שסופק והביאור תואם.