רצף mRNA-Illumina שאינו מבוסס-רפרנס
מאפיינים
● ללא תלות בגנום ייחוס כלשהו,
● ניתן להשתמש בנתונים כדי לנתח את המבנה והביטוי של תמלילים
● זיהוי אתרי גזירה משתנים
יתרונות השירות
● מסירת תוצאות מבוססת BMKCloud: התוצאות מועברות כקובץ נתונים ודוח אינטראקטיבי באמצעות פלטפורמת BMKCloud, המאפשרת קריאה ידידותית למשתמש של פלטי ניתוח מורכבים וכריית נתונים מותאמת אישית על בסיס ניתוח ביואינפורמטיקה סטנדרטית.
● שירותים לאחר המכירה: שירותי לאחר המכירה תקפים ל-3 חודשים עם סיום הפרויקט, כולל מעקב פרויקטים, איתור תקלות, שאלות ותשובות לתוצאות וכו'.
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמה:
נוקלאוטידים:
| ריכוז (ng/μl) | כמות (מיקרוגרם) | טוֹהַר | יושרה |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 זיהום מוגבל או ללא חלבון או DNA מוצג על ג'ל. | לצמחים: RIN≥6.5; לבעלי חיים: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; גובה בסיס מוגבל או ללא |
רקמה: משקל (יבש): ≥1 גרם
*עבור רקמה קטנה מ-5 מ"ג, אנו ממליצים לשלוח דגימת רקמה קפואה (בחנקן נוזלי).
תרחיף תאים: ספירת תאים = 3×107
*אנו ממליצים לשלוח lysate תאים קפואים.במקרה שהתא הזה קטן מ-5×105, מומלץ להקפיא בחנקן נוזלי.
דגימות דם:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ו-2mL דם (TRIzol:Blood=3:1)
משלוח לדוגמא מומלץ
מְכוֹלָה:
שפופרת צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ נייר כסף)
תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפל, למשל A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
מִשׁלוֹחַ:
1. קרח יבש: יש לארוז דגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
2. צינורות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA בצינור ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח בטמפרטורת החדר.
זרימת עבודה בשירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
מיצוי RNA
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
ביואינפורמטיקה
1.mRNA(denovo) עקרון ההרכבה
לפי טריניטי, הקריאה מפוצלת לחתיכות קטנות יותר, הידועות בשם K-mer.K-mers אלה משמשים לאחר מכן כזרעים להארכה לתוך contigs ולאחר מכן רכיבים המבוססים על contigs חפיפות.לבסוף, De Bruijn הוחל כאן כדי לזהות תמלילים ברכיבים.
mRNA (De novo) סקירה כללית של טריניטי
2.mRNA (De novo) הפצה של רמת ביטוי גנים
RNA-Seq מסוגל להשיג הערכה רגישה ביותר של ביטוי גנים.בדרך כלל, הטווח הניתן לזיהוי של ביטוי התמלילים FPKM נע בין 10^-2 ל-10^6
mRNA (De novo) התפלגות של צפיפות FPKM בכל דגימה
ניתוח העשרה של 3.mRNA (De novo) GO של DEG
מסד הנתונים של GO (Gene Ontology) הוא מערכת הערות ביולוגית מובנית המכילה אוצר מילים סטנדרטי של פונקציות גנים ומוצרי גנים.הוא מכיל מספר רמות, כאשר ככל שהרמה נמוכה יותר, הפונקציות ספציפיות יותר.
סיווג mRNA (De novo) GO של DEGs ברמה השנייה
תיק BMK
ניתוח טרנסקריפטום של חילוף החומרים של סוכרוז במהלך נפיחות והתפתחות של פקעת בצל (Allium cepa L.)
יצא לאור: גבולות במדעי הצמחים2016
אסטרטגיית רצף
Illumina HiSeq2500
אוסף דוגמאות
במחקר זה נעשה שימוש בזן "Y1351" של יוטה צהובה מתוקה.מספר הדגימות שנאספו היה
יום 15 לאחר התנפחות (DAS) של הנורה (קוטר 2 ס"מ ומשקל של 3-4 גרם), DAS 30 (קוטר 5 ס"מ ומשקל של 100-110 גרם), ו-3 ב-40 DAS (קוטר 7 ס"מ ו- 260-300 גרם).
תוצאות מפתח
1. בתרשים Venn, בסך הכל זוהו 146 DEG בכל שלושת זוגות שלבי ההתפתחות
2. "הובלת פחמימות ומטבוליזם" יוצג רק על ידי 585 אוניגנים (כלומר, 7% מה-COG המוער).
3. Unigenes שנוספו בהצלחה למסד הנתונים של GO סווגו לשלוש קטגוריות עיקריות עבור שלושת השלבים השונים של התפתחות הנורה.המיוצגים ביותר בקטגוריה העיקרית של "תהליך ביולוגי" היו "תהליך מטבולי", ואחריו "תהליך תאי".בקטגוריה העיקרית של "תפקוד מולקולרי" שתי הקטגוריות המיוצגות ביותר היו "מחייב" ו"פעילות קטליטית".
 היסטוגרמה של אשכולות של קבוצות אורתולוגיות (COG). |  סיווג היסטוגרמה של אונטולוגיה של גנים (GO) לאוניגנים שמקורם בנורות בשלושה שלבי התפתחות |
 דיאגרמת Venn המציגה גנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי בכל שני שלבים של התפתחות פקעת הבצל |
התייחסות
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.ניתוח טרנסקריפטום של חילוף החומרים של סוכרוז במהלך נפיחות ופיתוח של נורה בבצל (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
