BMKCloud Log in
条形באנר-03

חֲדָשׁוֹת

התפתחות הגנום

גנום דה נובו
הרכבה|קביעת מין כל עבודות הרצף ושירותי ביואינפורמטיקה חלקיים סופקו על ידי Biomarker Techonologies.

תַקצִיר

"הפנוטיפ האייקוני של דרקוני ים כולל תוספות דמויי עלים, פה צינורי חסר שיניים, והריון גבר הכולל דגירה של ביצים מופרות על "חלקת גזע" פתוחה.רצנו דה-נובו גנומים זכר ונקבה של דרקון הים המצוי (Phyllopteryx taeniolatus) והמינים הקשורים אליו, דג התנין (Syngnathoides biaculeatus).פרופילי שעתוק מחידוש אבולוציוני, הנספחים דמויי העלים, מראים כי קבוצה של גנים המעורבים בדרך כלל בפיתוח סנפיר צורפו, כמו גם העשרה של תעתיקים לתיקון רקמות פוטנציאלי וגנים להגנה חיסונית.המוטנטים של דג הזברה ל-scpp5, שאבד בכל ה-syngnathids, נמצאו כחסרות או מעוותות של שיניים בלוע, מה שתומכים בהשערה שאובדן scpp5 תרם לאובדן שיניים ב-syngnathids.זוהה נקודת קביעת מין משוערת המקודדת לגן amhr2y ספציפי לזכר המשותף לדגי דג ים ותנין מצויים. 

חומרים ושיטות:

חומרים

Fדרקון הים המשותף שלנו (P. taeniolatus) ושני דג תנין (S. biaculeatus) דגימות.שני יחידי דרקון ים מצויים (זכר ונקבה אחד) ושני דג תנין (זכר ונקבה אחד) שימשו לרצף גנום שלם, ושני יחידי דרקון ים מצויים זכרים נוספים שימשו לרישום מחדש של גנום.

אסטרטגיית רצף הגנום

2ספריית 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) או Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). רצף, ועוד שני יחידי דרקון ים מצויים זכריים שימשו לרישום מחדש של גנום.

רצף תעתיק

Fאו דרקון ים מצוי, מוח, עין, זימים, כבד, לב, כליות, מזנטריה, מעי, שריר, סנפיר, עור, נספחים דמויי עלים, אשך ושחלה.

אסטרטגיית הרכבה של גנום דה נובו

Canu (תיקון) + WTDBG2 (הרכבה) + Pilon (פולנית) + Lachesis (Hi-C).

תוצאה מרכזית

איור-1.-תכונות-עיקריות-של-דרקון-הים-הנפוץ-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S

איור 1. מאפיינים מרכזיים של דרקון הים המצוי (P. taeniolatus) ושל דג התנין (S. biaculeatus) ומיקומם הפילוגנטי.

איור-2.-מורפולוגיה-ואיפור-גנטי-של-העלים-דמי-העלים-בדרקון-הים-הנפוץ-P

איור 2. מורפולוגיה ומבנה גנטי של הנספחים דמויי העלים בדרקון הים המצוי (P. taeniolatus).

איור-3.-הגן-לדעתי-קביעת מין-בדרקון-הים-נפוץ-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S.-biaculeatus

איור 3. הגן המשוער לקביעת מין בדרקון הים המצוי (P. taeniolatus) ובדג התנין (S. biaculeatus).

איור-4

איור 4. פנוטיפים של שיניים בלוע במוטציות הומוזיגוטיות של דג הזברה scpp5.


זמן פרסום: ינואר-08-2022

שלח את הודעתך אלינו: