חֲדָשׁוֹת

הגברה של אלמנטים ניתנים להעברה (TE) הוכרה ככוח מניע המתווך התרחבות ואבולוציה של גודל הגנום, אך ההשלכות לעיצוב הארכיטקטורה הגנומית התלת-ממדית נותרו בלתי ידועות במידה רבה בצמחים.כאן אנו מדווחים על מכלולי גנום בדרגת ייחוס עבור שלושה מיני כותנה בגודל הגנום פי שלושה, כלומרGossypium rotundifolium(K2),ג' ארבוריום(A2), וG. raimondii(D5), באמצעות Oxford Nanopore Technologies.ניתוחי גנום השוואתיים מתעדים את הפרטים של הגברת TE הספציפית לשושלת התורמים להבדלים הגדולים בגודל הגנום (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), ומצביעים על תוכן גנים משומר יחסית ויחסי סינטה בין גנומים.מצאנו שכ-17% מהגנים הסינטניים מציגים שינוי בסטטוס הכרומטין בין תאים פעילים ("A") ותאים לא פעילים ("B"), והגברת TE הייתה קשורה לעלייה בשיעור של תא A באזורי גנים (~ 7,000 גנים ) ב-K2 ו-A2 ביחס ל-D5.רק 42% מגבולות התחום המשויך טופולוגית (TAD) נשמרו בין שלושת הגנומים.הנתונים שלנו מרמזים על הגברה עדכנית של TEs בעקבות היווצרות גבולות TAD ספציפיים לשושלת.מחקר זה שופך אור על התפקיד של התרחבות הגנום בתיווך טרנספוזון באבולוציה של מבנה כרומטין מסדר גבוה בצמחים.