גנוטיפ בתפוקה גבוהה, במיוחד באוכלוסיה בקנה מידה גדול, הוא שלב בסיסי במחקרי אסוציאציות גנטי, המספקים בסיס גנטי לגילוי גנים פונקציונליים, ניתוח אבולוציוני וכו'. במקום ריצוף מחדש של גנום שלם עמוק, רצף גנום ייצוג מופחת (RRGS) ) מוצג כדי למזער את עלות הרצף לדגימה, תוך שמירה על יעילות סבירה בגילוי סמן גנטי.זה מושג בדרך כלל על ידי חילוץ קטע הגבלה בטווח גודל נתון, אשר נקרא ספריית ייצוג מופחתת (RRL).רצף מקטעים מוגבר במיקום ספציפי (SLAF-Seq) הוא אסטרטגיה שפותחה בעצמה לגילוי SNP דה נובו וגנוטיפים SNP של אוכלוסיות גדולות.
זרימת עבודה טכנית
SLAF לעומת שיטות RRL קיימות
היתרונות של SLAF
יעילות גבוהה יותר לגילוי סמנים גנטיים- בשילוב עם טכנולוגיית רצף תפוקה גבוהה, SLAF-Seq יכול להשיג מאות אלפי תגים שהתגלו בתוך הגנום השלם כדי למלא את הבקשה של פרויקטי מחקר מגוונים, עם או בלי גנום ייחוס.
עיצוב ניסיוני מותאם וגמיש- עבור מטרות מחקר או מינים שונים, אסטרטגיות עיכול אנזימטיות שונות זמינות כולל אנזים בודד, אנזים כפול ועיכול רב-אנזים.אסטרטגיית העיכול תוערך מראש בסיליקו כדי להבטיח עיצוב אנזים אופטימלי.
יעילות גבוהה בעיכול אנזימטי- עיכול אנזימטי מתוכנן מראש מספק SLAFs מפוזרים באופן שווה יותר על הכרומוזום.איסוף שברים יעיל יכול להגיע למעל 95%.
הימנע מרצף חוזר– אחוז הרצף החוזר בנתוני SLAF-Seq מופחת לנמוך מ-5%, במיוחד במינים עם רמה גבוהה של אלמנטים חוזרים, כגון חיטה, תירס וכו'.
זרימת עבודה ביואינפורמטיבית בפיתוח עצמי– BMK פיתחה זרימת עבודה ביואינפורמטית משולבת החלה על טכנולוגיית SLAF-Seq כדי להבטיח אמינות ודיוק של הפלט הסופי.
יישום של SLAF
מפת קישור גנטי
בניית מפה גנטית בצפיפות גבוהה וזיהוי של לוקוסים השולטים בתכונות מסוג פרח בחרצית (חרצית x morifolium רמת.)
כתב עת: Horticulture Research פורסם: 2020.7
GWAS
זיהוי של גן מועמד הקשור לתכולת איזופפון בזרעי סויה באמצעות אסוציאציה ומיפוי קישור לכל הגנום
כתב עת: the Plant Journal פורסם: 2020.08
גנטיקה אבולוציונית
ניתוח גנומי של אוכלוסיות והרכבה דה נובו חושפים את מקורו של אורז עשב כמשחק אבולוציוני
כתב עת: צמח מולקולרי פורסם: 2019.5
ניתוח סגרנט בכמות גדולה (BSA)
GmST1, המקודד לסולפוטרנספראז, מקנה עמידות לזני נגיף פסיפס פולי סויה G2 ו-G3
כתב עת: Plant, Cell&Environment פורסם: 2021.04
התייחסות
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: שיטה יעילה לגילוי SNP בקנה מידה גדול וגנוטיפים באמצעות רצף תפוקה גבוהה[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
שיר X, Xu Y, Gao K, ועוד.בניית מפה גנטית בצפיפות גבוהה וזיהוי לוקוסים השולטים בתכונות מסוג פרח בחרצית (חרצית × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.זיהוי של גן מועמד הקשור לתכולת איזופלבון בזרעי סויה באמצעות אסוציאציה ומיפוי קישור לכל גנום.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.ניתוח גנומי של אוכלוסיות ואסיפת דה נובו חושפים את מקורו של ווידי רייס כמשחק אבולוציוני.צמח מול.2019;12(5):632-647.צמח מול.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, המקודד לסולפוטרנספראז, מקנה עמידות לזני נגיף פסיפס פולי סויה G2 ו-G3.סביבת תא צמחים.2021;10.1111/pce.14066
זמן פרסום: ינואר-04-2022