-
רצף מטאנומי (NGS)
מטאנום מתייחס לאוסף של חומר גנטי כולל של קהילה מעורבת של אורגניזמים, כגון מטאנום סביבתי, מטאנום אנושי וכו'. הוא מכיל גנומים של מיקרואורגניזמים הניתנים לטיפוח ולא ניתנים לעיבוד.רצף מטאנומי הוא כלי מולקולרי המשמש לניתוח החומרים הגנומיים המעורבים המופקים מדגימות סביבתיות, המספק מידע מפורט על מגוון המינים ושכיחותם, מבנה האוכלוסייה, קשר פילוגנטי, גנים תפקודיים ורשת מתאם עם גורמים סביבתיים.
פּלַטפוֹרמָה:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics הוא כלי מולקולרי המשמש לניתוח החומרים הגנומיים המעורבים המופקים מדגימות סביבתיות, המספק מידע מפורט במגוון ובשפע המינים, מבנה אוכלוסיה, קשר פילוגנטי, גנים פונקציונליים ורשת מתאם עם גורמים סביבתיים וכו'. לאחרונה הוצגו פלטפורמות רצף Nanopore. למחקרים מטאנומיים.הביצועים הבולטים שלו באורך הקריאה שיפרו במידה רבה את הניתוח המטאנומי במורד הזרם, במיוחד הרכבת המטאנומים.תוך ניצול היתרונות של אורך הקריאה, מחקר מטאנומי מבוסס Nanopore מסוגל להשיג הרכבה רציפה יותר בהשוואה למטאנומיקה של רובה ציד.פורסם שמטגנומיקה מבוססת Nanopore יצרה בהצלחה גנום חיידקי מלא וסגור ממיקרוביום (Moss, EL, et. al,טבע ביוטק, 2020)
פּלַטפוֹרמָה:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
תת-היחידה על rRNA 16S ו-18S המכילה גם אזורים שמורים מאוד וגם אזורים היפר-משתנים היא טביעת אצבע מולקולרית מושלמת לזיהוי אורגניזמים פרוקריוטיים ואוקריוטיים.תוך ניצול היתרון של רצף, ניתן למקד את האמפליקונים הללו על סמך החלקים המשומרים וניתן לאפיין את האזורים ההיפר-משתנים באופן מלא לזיהוי מיקרוביאלי התורם למחקרים המכסים ניתוח מגוון מיקרוביאלי, טקסונומיה, פילוגניה וכו'. מולקולה בודדת בזמן אמת (SMRT) ) ריצוף של פלטפורמת PacBio מאפשר השגת קריאות ארוכות מדויקות ביותר, שיכולות לכסות אמפליקונים באורך מלא (כ-1.5 Kb).ההסתכלות הרחבה על השדה הגנטי הגדילה מאוד את הרזולוציה בביאור המינים בקהילת חיידקים או פטריות.
פּלַטפוֹרמָה:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
רצף האמפליקונים של 16S/18S/ITS מטרתו לחשוף פילוגניה, טקסונומיה ושפע מינים בקהילה מיקרוביאלית על ידי חקירת תוצרי PCR של סמנים גנטיים למשק בית המכילים גם חלקים בעלי שיחות גבוהות וגם חלקים היפר-משתנים.הצגת טביעות האצבע המולקולריות המושלמות הללו על ידי Woeses et al, (1977) מעצימה פרופיל מיקרוביום ללא בידוד.ריצוף של 16S (חיידקים), 18S (פטריות) ו-Internal transscriber spacer (ITS, פטריות) מאפשר זיהוי של מינים בשפע וגם של מינים נדירים ולא מזוהים.טכנולוגיה זו הפכה לכלי יישומי ועיקרי בזיהוי הרכב מיקרוביאלי דיפרנציאלי בסביבות שונות, כגון פה אנושי, מעיים, צואה וכו'.
פּלַטפוֹרמָה:Illumina NovaSeq6000
-
רצף מחדש של הגנום השלם של חיידקים ופטריות
ריצוף מחדש של גנום שלם של חיידקים ופטריות הוא כלי קריטי להשלמת הגנום של חיידקים ופטריות ידועים, כמו גם להשוואת גנומים מרובים או למיפוי גנומים של אורגניזמים חדשים.ישנה חשיבות רבה לרצף גנומים שלמים של חיידקים ופטריות על מנת ליצור גנום ייחוס מדויק, לבצע זיהוי מיקרוביאלי ומחקרי גנום השוואתיים אחרים.
פלטפורמה: Illumina NovaSeq 6000
-
גנום פטרייתי
Biomarker Technologies מספקת סקר גנום, גנום עדין וגנום מלא של פטרייה בהתאם למטרת מחקר ספציפית.ניתן להשיג רצף גנום, הרכבה וביאור פונקציונלי על ידי שילוב של רצף הדור הבא + רצף הדור השלישי להשגת הרכבה של גנום ברמה גבוהה.ניתן להשתמש בטכנולוגיית Hi-C גם כדי להקל על הרכבת הגנום ברמת הכרומוזומים.
פּלַטפוֹרמָה:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
חיידקים שלם גנום
Biomarker Technologies מספקת שירות רצף לבניית גנום שלם של חיידקים עם פער אפס.זרימת העבודה העיקרית של בניית גנום שלם של חיידקים כוללת רצף דור שלישי, הרכבה, הערות פונקציונליות וניתוח ביואינפורמטי מתקדם המגשימה יעדי מחקר ספציפיים.פרופיל מקיף יותר של גנום חיידקים מעצים חשיפה של מנגנונים בסיסיים העומדים בבסיס התהליכים הביולוגיים שלהם, שיכולים גם לספק התייחסות חשובה למחקרים גנומיים במינים אוקריוטיים גבוהים יותר.
פּלַטפוֹרמָה:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Sequel II
