רצף מטאנומי -NGS
יתרונות השירות
● בידוד וללא טיפוח עבור פרופיל קהילתי מיקרוביאלי
● רזולוציה גבוהה באיתור מינים בשפע נמוך בדגימות סביבתיות
● הרעיון של "מטא-" משלב את כל המאפיינים הביולוגיים ברמה התפקודית, ברמת המין וברמת הגן, מה שמשקף השקפה דינמית הקרובה יותר למציאות.
● BMK צוברת ניסיון עצום בסוגי דגימות מגוונים עם למעלה מ-10,000 דגימות מעובדות.
מפרט שירות
| פּלַטפוֹרמָה | רצף | נתונים מומלצים | זמן אספקה |
| פלטפורמת Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 ימי עבודה |
ניתוח ביואינפורמטיקה
● בקרת איכות נתונים גולמיים
● הרכבת מטאנום
● ערכת גנים לא מיותרת וביאור
● ניתוח מגוון המינים
● ניתוח גיוון תפקוד גנטי
● ניתוח בין קבוצות
● ניתוח אסוציאציות מול גורמים ניסויים
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמה:
לתמציות DNA:
| סוג דגימה | כמות | ריכוז | טוֹהַר |
| תמציות DNA | ＞ 30 ננוגרם | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
לדגימות סביבתיות:
| סוג דגימה | הליך דגימה מומלץ |
| אדמה | כמות דגימה: כ.5 גרם;חומר קמל שנותר צריך להסיר מעל פני השטח;טוחנים חתיכות גדולות ומעבירים דרך מסנן 2 מ"מ;מנות דגימות בצינור EP סטרילי או cyrotube להזמנה. |
| צוֹאָה | כמות דגימה: כ.5 גרם;אסוף וחלק דגימות בצינור EP סטרילי או cryotube להזמנה. |
| תוכן מעיים | יש לעבד דגימות במצב אספטי.לשטוף רקמות שנאספו עם PBS;צנטריפוגה את PBS ואסוף את המשקע בצינורות EP. |
| רֶפֶשׁ | כמות דגימה: כ.5 גרם;לאסוף ולחלק דגימת בוצה בצינור EP סטרילי או cryotube להזמנה |
| גוף מים | עבור דגימה עם כמות מוגבלת של חיידקים, כגון מי ברז, מי באר וכו', אסוף לפחות 1 ליטר מים ועבור דרך מסנן 0.22 מיקרומטר כדי להעשיר את החיידק על הממברנה.אחסן את הממברנה בצינור סטרילי. |
| עור | גרד בזהירות את משטח העור עם מקלון צמר גפן סטרילי או להב כירורגי והנח אותו בצינור סטרילי. |
משלוח לדוגמא מומלץ
הקפיאו את הדגימות בחנקן נוזלי למשך 3-4 שעות ואחסנו בחנקן נוזלי או -80 מעלות לשמירה לטווח ארוך.נדרש משלוח לדוגמא עם קרח יבש.
זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
1. היסטוגרמה: התפלגות מינים
2. גנים פונקציונליים המובאים למסלולים מטבוליים של KEGG
3. מפת חום: פונקציות דיפרנציאליות המבוססות על שפע גנים יחסי
4. Circos של גנים עמידות לאנטיביוטיקה CARD
תיק BMK
שכיחות של גנים עמידות לאנטיביוטיקה ופתוגנים חיידקיים לאורך רצף שורש קרקע-מנגרוב
יצא לאור:כתב עת לחומרים מסוכנים, 2021
אסטרטגיית רצף:
חומרים: תמציות DNA של ארבעה שברי דגימות הקשורות לשורש המנגרוב: אדמה לא נטועה, תאים שורשיים, אפיספרה ואנדוספירה
פלטפורמה: Illumina HiSeq 2500
מטרות: מטאנום
אזור גן rRNA 16S V3-V4
תוצאות מפתח
ריצוף מטאנומי ופרופיל מטא-ברקוד על רצף קרקע-שורש של שתילי מנגרובים עובדו על מנת לחקור את הפצת גנים של עמידות לאנטיביוטיקה (ARG) מהאדמה לצמחים.נתונים מטאנומיים גילו כי 91.4% מהגנים העמידות לאנטיביוטיקה זוהו בדרך כלל בכל ארבעת תאי הקרקע שהוזכרו לעיל, אשר הראו אופנה מתמשכת.רצף אמפליקון rRNA של 16S יצר 29,285 רצפים, המייצגים 346 מינים.בשילוב עם פרופיל מינים על ידי רצף אמפליקונים, התפשטות זו נמצאה בלתי תלויה במיקרוביוטה הקשורה לשורש, אולם ניתן להקל עליה באמצעות נייד של אלמנטים גנטיים.מחקר זה זיהה את הזרימה של ARGs ופתוגנים מהאדמה אל הצמחים דרך רצף קרקע-שורש מחובר זה לזה.
התייחסות
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).שכיחות של גנים עמידות לאנטיביוטיקה ופתוגנים חיידקיים לאורך רצף שורש הקרקע-מנגרובים.כתב עת לחומרים מסוכנים, 408, 124985.
