מוצרים

רצף mRNA באורך מלא-Nanopore

רצף RNA היה כלי רב ערך לניתוח תעתיק מקיף.ללא ספק, רצף הקריאה הקצרה המסורתי השיג כאן פיתוחים חשובים רבים.עם זאת, הוא נתקל לעתים קרובות במגבלות בזיהוי איזופורמים באורך מלא, כימות, הטיית PCR.

ריצוף Nanopore מבדיל את עצמו מפלטפורמות ריצוף אחרות, בכך שהנוקלאוטידים נקראים ישירות ללא סינתזת DNA ויוצר קריאה ארוכה בעשרות קילו-בסיסים.זה מאפשר קריאה ישירה של תמלילים באורך מלא והתמודדות עם האתגרים במחקרים ברמת איזופורמה.

פּלַטפוֹרמָה:Nanopore PromethION

סִפְרִיָה:cDNA-PCR

צור קשר

פרטי שירות

תוצאות הדגמה

מקרה בוחן

יתרונות השירות

● הטיית רצף נמוכה

● חשיפת מולקולות cDNA באורך מלא

● פחות נתונים נדרשים לכיסוי אותו מספר של תמלילים

● זיהוי מספר איזופורמים לכל גן

● כימות ביטוי ברמת איזופורם

מפרט שירות

סִפְרִיָה

פּלַטפוֹרמָה

תפוקת נתונים מומלצת (Gb)

בקרת איכות

cDNA-PCR(Poly-A מועשר)

Nanopore PromethION P48

6 ג'יגה-בתים/דגימה (תלוי במין)

יחס אורך מלא ~ 70%

ציון איכות ממוצע: Q10

ניתוח ביואינפורמטיקה

●עיבוד נתונים גולמיים

● זיהוי תמלול

● שחבור חלופי

● כימות ביטוי ברמת הגנים וברמת האיזופורמים

● ניתוח ביטוי דיפרנציאלי

● הערת פונקציות והעשרה (DEGs ו-DETs)

דרישות לדוגמא ומשלוח

דרישות לדוגמה:

נוקלאוטידים:

ריכוז (ng/μl)

כמות (מיקרוגרם)

טוֹהַר

יושרה

≥ 100

≥ 0.6

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

זיהום מוגבל או ללא חלבון או DNA מוצג על ג'ל.

לצמחים: RIN≥7.0;

לבעלי חיים: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

גובה בסיס מוגבל או ללא

רקמה: משקל (יבש): ≥1 גרם

*עבור רקמה קטנה מ-5 מ"ג, אנו ממליצים לשלוח דגימת רקמה קפואה (בחנקן נוזלי).

תרחיף תאים: ספירת תאים = 3×10⁶- 1×10⁷

*אנו ממליצים לשלוח lysate תאים קפואים.במקרה שהתא הזה קטן מ-5×10⁵, מומלץ להקפיא בזק בחנקן נוזלי, שעדיף למיצוי מיקרו.

דגימות דם: נפח≥1 מ"ל

משלוח לדוגמא מומלץ

מיכל: שפופרת צנטריפוגה 2 מ"ל (לא מומלץ נייר כסף)

תיוג לדוגמה: קבוצה+שכפל, למשל A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

משלוח: 2、קרח יבש: יש לארוז דגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.

צינורות RNAstable: ניתן לייבש דגימות RNA בצינור ייצוב RNA (למשל RNAstable®) ולשלוח בטמפרטורת החדר.

זרימת עבודה בשירות

נוקלאוטידים:

משלוח לדוגמא

בניית ספרייה

רצף

ניתוח נתונים

שירותים לאחר המכירה

זרימת עבודה בשירות

רִקמָה:

עיצוב ניסוי

משלוח לדוגמא

מיצוי RNA

בניית ספרייה

רצף

ניתוח נתונים

שירותים לאחר המכירה

קודם: רצף mRNA באורך מלא -PacBio

הַבָּא: 10x Genomics Visium Transcriptome מרחבי

1.ניתוח ביטוי דיפרנציאלי - עלילת הר געש

ניתן לעבד ניתוח ביטוי דיפרנציאלי הן ברמת הגן לזיהוי גנים מבוטאים דיפרנציאליים (DEGs) והן ברמת איזופורמית לזיהוי דיפרנציאלי

3(1)

תמלילים מפורשים (DETs)

2.מפת חום של אשכול היררכי

3. זיהוי וסיווג חיבור חלופי

ניתן לחזות חמישה סוגים של אירועי שחבור אלטרנטיביים על ידי Astalavista.

4.זיהוי אירועי פולי-אדנילציה אלטרנטיבית (APA) ומוטיב ב-50 bp במעלה הזרם של poly-A

תיק BMK

זיהוי שחבור אלטרנטיבי וכימות ברמת איזופורמה על ידי רצף תעתיק ננופורי באורך מלא

יצא לאור:תקשורת טבע, 2020

אסטרטגיית רצף:

קיבוץ: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(מוטציה K700E);3. תאי B תקינים

אסטרטגיית רצף: רצף ספריית MinION 2D, רצף ספריית PromethION 1D;נתונים בקריאה קצרה מאותן דוגמאות

פלטפורמת רצף: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

תוצאות מפתח

1. זיהוי חיבור חלופי ברמת איזופורם

רצפים לקריאה ארוכה מאפשרים זיהוי של מוטנטי SF3B1^K700Eאתרי שחבור השתנו ברמת איזופורמה.35 3'SSs חלופיים ו-10 5'SS חלופיים נמצאו שחבורים באופן דיפרנציאלי בין SF3B1^K700Eו-SF3B1^WT.33 מתוך 35 השינויים התגלו לאחרונה על ידי רצפים שנקראו ארוכות.

2. כימות שחבור אלטרנטיבי ברמת איזופורם

ביטוי של איזופורמים של שימור אינטרונים (IR) ב-SF3B1^K700Eו-SF3B1^WTכימתו על סמך רצפי ננו-פוריים, וחושפים ויסות מטה עולמי של איזופורמים IR ב-SF3B1^K700E.

התייחסות

Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.אפיון תמלול באורך מלא של מוטציית SF3B1 בלוקמיה לימפוציטית כרונית חושף הורדת ויסות של אינטרונים שנשמרו [J].תקשורת טבע.