רצף DNA/RNA – Nanopore Sequencer
פרטי שירות תכונות
| פּלַטפוֹרמָה | גודל הספרייה | תפוקת נתונים תיאורטית (לתא) | דיוק בסיס יחיד | יישומים |
| ננופור | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90Gb/תא | 85-92% | SV calling, De novo, רצף באורך מלא, Iso-Seq, הערת גנים, זיהוי מתילציה של DNA |
יתרונות השירות
● ניסיון של מעל 5 שנים בפלטפורמת רצף PacBio עם אלפי פרויקטים סגורים עם מינים שונים.
● BMKGENE היא שותפה רשמית של Oxford Nanopore, עם הסמכת RNA/DNA כפולה לפלטפורמה.
● ישנם דגמים מיינסטרים של סיקוונסרים עם ציוד מלא ותפוקת רצף מספקת.
● בהתבסס על פלטפורמת Nanopore, יותר מ-10 מחקרי Denovo על בעלי חיים וצמחים פורסמו בכתבי עת בעלי שם בינלאומי.
דרישות לדוגמא
| סוג דגימה | כמות | ריכוז (Qubit ®) | כרך | טוֹהַר | אחרים |
| DNA גנומי | תלוי בדרישת הנתונים | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5； שיא ברור ב-260 ננומטר, ללא זיהומים | יש למדוד את הריכוז באמצעות Qubit ו-Qubit/Nanopore ≤ 2 |
| סך הכל RNA | ≥1.2 מיקרוגרם | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5；ללא זיהומים | ערך RIN ≥7.5 |
זרימת עבודה של שירות
הכנה לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
משלוח פרויקט
הערכת איכות נתונים של דגימת DNA
טבלה 1. סטטיסטיקה על נתונים נקיים.
| BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
| DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
הערכת איכות נתונים של דגימת RNA
טבלה 1. סטטיסטיקה על נתונים נקיים.
| שם קובץ | מזהה לקוח | ReadNum | BaseNum | N50 | אורך ממוצע | אורך מקסימלי | MeanQscore |
| RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | שאלה 12 |
איור 1. קריאת התפלגות אורך
איור 2. התפלגות ציוני איכות של נתונים נקיים
איור 3. התפלגות ציוני אורך ואיכות של נתונים נקיים
