ניתוח של Segregant בכמות גדולה
יתרונות השירות
Takagi et al., The plant journal, 2013
● לוקליזציה מדויקת: ערבוב בתפזורת עם 30+30 עד 200+200 אנשים כדי למזער רעשי רקע;חיזוי אזור מועמד המבוסס על מוטציות לא נרדפות.
● ניתוח מקיף: ביאור מעמיק של תפקוד גן מועמד, כולל NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG וכו'.
● זמן אספקה מהיר יותר: לוקליזציה מהירה של גנים תוך 45 ימי עבודה.
● ניסיון רב: BMK תרמה באלפי תכונות לוקליזציה, המכסה מינים מגוונים כמו יבולים, מוצרי מים, יער, פרחים, פירות וכו'.
מפרט שירות
אוּכְלוֹסִיָה:
הפרדת צאצאים של הורים עם פנוטיפים מנוגדים.
למשל צאצאים F2, הצלבה לאחור (BC), קו מרובע רקומביננטי (RIL)
בריכת ערבוב
עבור תכונות איכותיות: 30 עד 50 פרטים (מינימום 20)/כמות גדולה
לטרטיס כמותי: מעל 5% עד 10% אנשים עם פנוטיפים קיצוניים בכל האוכלוסייה (מינימום 30+30).
עומק רצף מומלץ
לפחות 20X/הורה ו-1X/צאצאים אינדיבידואל (לדוגמה עבור בריכת ערבוב של צאצאים של 30+30 יחידים, עומק הרצף יהיה 30X לכמות גדולה)
ניתוח ביואינפורמטיקה
● ריצוף מחדש של הגנום השלם
● עיבוד נתונים
● קריאת SNP/Indel
● מיון אזור מועמדים
● ביאור תפקוד גן מועמד
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמה:
נוקלאוטידים:
| דגימת gDNA | דגימת רקמות |
| ריכוז: ≥30 ng/μl | צמחים: 1-2 גרם |
| כמות: ≥2 מיקרוגרם (נפח ≥15 μl) | בעלי חיים: 0.5-1 גרם |
| טוהר: OD260/280= 1.6-2.5 | דם מלא: 1.5 מ"ל |
זרימת עבודה בשירות
עיצוב ניסוי
משלוח לדוגמא
מיצוי RNA
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
1. בסיס ניתוח אסוציאציות על מרחק אוקלידי (ED) לזיהוי אזור מועמד.באיור הבא
ציר X: מספר כרומוזום;כל נקודה מייצגת ערך ED של SNP.הקו השחור מתאים לערך ה-ED המותאם.ערך ED גבוה יותר מצביע על קשר משמעותי יותר בין האתר לפנוטיפ.קו מקף אדום מייצג סף של שיוך משמעותי.
2. ניתוח אסוציאציות מבוסס ללא מדד SNP
ציר X: מספר כרומוזום;כל נקודה מייצגת את ערך אינדקס SNP.הקו השחור מייצג ערך אינדקס SNP מצויד.ככל שהערך גדול יותר, האסוציאציה משמעותית יותר.
תיק BMK
לוקוס התכונה הכמותית בעלת ההשפעה העיקרית Fnl7.1 מקודד לחלבון בשפע של עוברים מאוחרים הקשורים לאורך צוואר הפרי במלפפון
יצא לאור: יומן ביוטכנולוגיה צמחית, 2020
אסטרטגיית רצף:
הורים (Jin5-508, YN): ריצוף מחדש של גנום שלם עבור 34× ו-20×.
בריכות DNA (50 ארוכות צוואר ו-50 קצרות צוואר): ריצוף מחדש עבור 61× ו-52×
תוצאות מפתח
במחקר זה נוצרה הפרדת אוכלוסייה (F2 ו-F2:3) על ידי חציית קו מלפפון ארוך צוואר Jin5-508 ו-YN קצר צוואר.שתי בריכות DNA נבנו על ידי 50 פרטים בעלי צוואר ארוך קיצוני ו-50 אינדיבידואלים קצרי צוואר קיצוניים.QTL-אפקט גדול זוהה על Chr07 על ידי ניתוח BSA ומיפוי QTL מסורתי.האזור המועמד הצטמצם עוד יותר על ידי מיפוי עדין, כימות ביטוי גנים וניסויים טרנסגניים, שחשפו גן מפתח בשליטה באורך הצוואר, CsFnl7.1.בנוסף, נמצא כי פולימורפיזם באזור מקדם CsFnl7.1 קשור לביטוי תואם.ניתוח פילוגנטי נוסף העלה כי סביר מאוד להניח שמקורו של לוקוס Fnl7.1 הוא מהודו.
 מיפוי QTL בניתוח BSA לזיהוי אזור מועמד הקשור לאורך צוואר המלפפון |  פרופילי LOD של QTL באורך צוואר מלפפון שזוהו על Chr07 |
שו, X., et al."ההשפעה הכמותית העיקרית לוקוס Fnl7.1 מקודדת לחלבון בשפע של עוברים מאוחרים הקשורים לאורך צוואר הפרי במלפפון."Journal Biotechnology Plant 18.7 (2020).
