ריצוף מחדש של גנום שלם של חיידקים ופטריות הוא כלי קריטי להשלמת הגנום של חיידקים ופטריות ידועים, כמו גם להשוואת גנומים מרובים או למיפוי גנומים של אורגניזמים חדשים.ישנה חשיבות רבה לרצף גנומים שלמים של חיידקים ופטריות על מנת ליצור גנום ייחוס מדויק, לבצע זיהוי מיקרוביאלי ומחקרי גנום השוואתיים אחרים.