16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
יתרונות השירות
● זיהוי ללא בידוד ומהיר של הרכב החיידקים בדגימות סביבתיות
● רזולוציה גבוהה ברכיבים בכמות נמוכה בדגימות סביבתיות
● זרימת ניתוח QIIME2 העדכנית ביותר עם ניתוחים מגוונים במונחים של מסד נתונים, הערות, OTU/ASV.
● תפוקה גבוהה, דיוק גבוה יותר
● ישים למחקרי קהילה מגוונים של חיידקים
● ל-BMK ניסיון רב עם למעלה מ-100,000 דגימות בשנה, המכסים אדמה, מים, גז, בוצה, צואה, מעיים, עור, מרק תסיסה, חרקים, צמחים וכו'.
● BMKCloud הקלה על פרשנות הנתונים שהכילה 45 כלי ניתוח מותאמים אישית
מפרט שירות
| רצףפּלַטפוֹרמָה | סִפְרִיָה | תפוקת נתונים מומלצת | זמן אחזור משוער |
| פלטפורמת Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K תגיות | 30 ימים |
ניתוח ביואינפורמטיקה
● בקרת איכות נתונים גולמיים
● מקבץ OTU/De-Noise (ASV)
● הערת OTU
● גיוון אלפא
● גיוון בטא
● ניתוח בין קבוצות
● ניתוח אסוציאציות מול גורמים ניסויים
● חיזוי גנים לתפקוד
דרישות לדוגמא ומשלוח
דרישות לדוגמה:
לתמציות DNA:
| סוג דגימה | כמות | ריכוז | טוֹהַר |
| תמציות DNA | ＞ 30 ננוגרם | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
לדגימות סביבתיות:
| סוג דגימה | הליך דגימה מומלץ |
| אדמה | כמות דגימה: כ.5 גרם;חומר קמל שנותר צריך להסיר מעל פני השטח;טוחנים חתיכות גדולות ומעבירים דרך מסנן 2 מ"מ;מנות דגימות בצינור EP סטרילי או cyrotube להזמנה. |
| צוֹאָה | כמות דגימה: כ.5 גרם;אסוף וחלק דגימות בצינור EP סטרילי או cryotube להזמנה. |
| תוכן מעיים | יש לעבד דגימות במצב אספטי.לשטוף רקמות שנאספו עם PBS;צנטריפוגה את PBS ואסוף את המשקע בצינורות EP. |
| רֶפֶשׁ | כמות דגימה: כ.5 גרם;לאסוף ולחלק דגימת בוצה בצינור EP סטרילי או cryotube להזמנה |
| גוף מים | עבור דגימה עם כמות מוגבלת של חיידקים, כגון מי ברז, מי באר וכו', אסוף לפחות 1 ליטר מים ועבור דרך מסנן 0.22 מיקרומטר כדי להעשיר את החיידק על הממברנה.אחסן את הממברנה בצינור סטרילי. |
| עור | גרד בזהירות את משטח העור עם מקלון צמר גפן סטרילי או להב כירורגי והנח אותו בצינור סטרילי. |
משלוח לדוגמא מומלץ
הקפיאו את הדגימות בחנקן נוזלי למשך 3-4 שעות ואחסנו בחנקן נוזלי או -80 מעלות לשמירה לטווח ארוך.נדרש משלוח לדוגמא עם קרח יבש.
זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
1.הפצת מינים
2. מפת חום: התקבצות עושר המינים
3. עקומת סיעה נדירה
4.ניתוח NMDS
5.ניתוח לפסה
תיק BMK
אנשים שמנים עם וללא סוכרת מסוג 2 מראים יכולת תפקוד והרכב חיידקים שונים במעיים
יצא לאור:מארח תא ומיקרוב, 2019
אסטרטגיית רצף:
רזה ללא סוכרת (n=633);השמנת יתר ללא סוכרת (n=494);סוכרת מהשמנת יתר מסוג 2 (n=153);
אזור יעד: 16S rDNA V1-V2
פלטפורמה: Illumina Miseq (רצף אמפליקונים מבוסס NGS)
תת-קבוצה של תמציות DNA הועברו לרצף מטאנומי ב- Illumina Hiseq
תוצאות מפתח
פרופילים מיקרוביאליים של מחלות מטבוליות אלו הובחנו בהצלחה.
על ידי השוואת מאפיינים מיקרוביאליים שנוצרו על ידי רצף 16S, נמצא שהשמנה קשורה לשינויים בהרכב המיקרוביאלי, תכונות בודדות, במיוחד ירידה משמעותית ב-Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes וכו'. בנוסף, נמצאה T2D קשורה לעלייה ב-Escherichia/Shigella .
התייחסות
Thingholm, LB, et al."אנשים שמנים עם וללא סוכרת סוג 2 מראים יכולת תפקוד והרכב שונה של חיידקים במעיים."מארח סלולרי ומיקרוב26.2 (2019).
