Sequenziamento dell'intero trascrittoma – Illumina
Caratteristiche
● Doppia libreria per sequenziare il trascrittoma completo: deplezione dell'rRNA seguita dalla preparazione della libreria PE150 e selezione delle dimensioni seguita dalla preparazione della libreria SE50
● Analisi bioinformatica completa di mRNA, lncRNA, circRNA e miRNA in report bioinformatici separati
● Analisi congiunta di tutta l'espressione di RNA in un rapporto combinato, inclusa l'analisi delle reti di ceRNA.
Vantaggi del servizio
●Analisi approfondita delle reti regolatorie: L'analisi della rete ceRNA è consentita dal sequenziamento congiunto di mRNA, lncRNA, circRNA e miRNA e da un flusso di lavoro bioinformatico esaustivo.
●Annotazione completa: utilizziamo più database per annotare funzionalmente i geni differenzialmente espressi (DEG) ed eseguire la corrispondente analisi di arricchimento, fornendo approfondimenti sui processi cellulari e molecolari alla base della risposta del trascrittoma.
●Ampia competenza: con un track record di chiusura con successo di oltre 2000 progetti di trascrittoma intero in vari settori di ricerca, il nostro team apporta una vasta esperienza a ogni progetto.
●Controllo qualità rigoroso: implementiamo punti di controllo fondamentali in tutte le fasi, dalla preparazione dei campioni e delle librerie al sequenziamento e alla bioinformatica.Questo meticoloso monitoraggio garantisce la fornitura di risultati costantemente di alta qualità.
● Annotazione completa: utilizziamo più database per annotare funzionalmente i geni differenzialmente espressi (DEG) ed eseguire la corrispondente analisi di arricchimento, fornendo approfondimenti sui processi cellulari e molecolari alla base della risposta del trascrittoma.
●Supporto post-vendita: Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi.Durante questo periodo, offriamo follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi domanda relativa ai risultati
Requisiti e consegna del campione
| Biblioteca | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
| rRNA impoverito | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Taglia selezionata | Illumina SE50 | 10-20 milioni di letture |
Requisiti del campione:
Nucleotidi:
| Concentrazione (ng/μl) | Quantità (μg) | Purezza | Integrità |
| ≥ 100 | ≥ 1 | DE260/280=1,7-2,5 DE260/230=0,5-2,5 Contaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata sul gel. | Piante: RIN≥6,5 Animale: RIN≥7.0 5,0≥28S/18S≥1,0; elevazione della linea di base limitata o assente |
Consegna del campione consigliata
Contenitore:
Provetta da centrifuga da 2 ml (la carta stagnola non è consigliata)
Etichettatura del campione: Gruppo+replica, ad esempio A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Spedizione:
1. Ghiaccio secco: i campioni devono essere confezionati in sacchetti e sepolti nel ghiaccio secco.
2.Provette RNAstable: i campioni di RNA possono essere essiccati in provette di stabilizzazione dell'RNA (ad esempio RNAstable®) e spediti a temperatura ambiente.
Flusso di lavoro del servizio
Progettazione dell'esperimento
Consegna del campione
Estrazione dell'RNA
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Bioinformatica
Panoramica sull'espressione dell'RNA
Geni differenzialmente espressi
analisi del ceRNA
MiRNA differenzialmente espressi e RNA correlati
Esplora i progressi della ricerca facilitati dai servizi di sequenziamento dell'intero trascrittoma di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Dai, Y. et al.(2022) "Profili di espressione completi di mRNA, lncRNA e miRNA nella malattia di Kashin-Beck identificati mediante sequenziamento dell'RNA", Molecular Omics, 18(2), pp. 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N.nan et al.(2022) "Analisi completa dei trascrittomi della resistenza al freddo di Apis cerana nel monte Changbai durante il periodo di svernamento.", Gene, 830, pp. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) "Priorità basata sull'integrazione multi-omica delle reti concorrenti di regolazione dell'RNA endogeno nel cancro del polmone a piccole cellule: caratteristiche molecolari e farmaci candidati", Frontiers in Oncology, 12, p.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) "L'analisi integrata dei profili di espressione lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA rivela nuove intuizioni sui potenziali meccanismi in risposta ai nematodi galligeni nelle arachidi", BMC Genomics, 23(1), pp. 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al.(2022) "Il sequenziamento dell'RNA dell'intero trascrittoma evidenzia i meccanismi molecolari associati al mantenimento della qualità postraccolta nei broccoli mediante irradiazione con LED rosso", Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
