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BSA
La piattaforma Bulked Segregant Analysis è composta da analisi standard in un unico passaggio e analisi avanzate con impostazione dei parametri personalizzata.La BSA è una tecnica utilizzata per identificare rapidamente i marcatori genetici associati al fenotipo.Il flusso di lavoro principale di BSA contiene: 1. selezione di due gruppi di individui con fenotipi estremamente opposti;2. mettere in comune il DNA, l'RNA o SLAF-seq (sviluppato da Biomarker) di tutti gli individui per formare due gruppi di DNA;3. identificazione di sequenze differenziali rispetto al genoma di riferimento o intermedie, 4. previsione delle regioni collegate candidate mediante algoritmo ED e indice SNP;5. Analisi funzionale e arricchimento sui geni nelle regioni candidate, ecc. Sono inoltre disponibili attività di estrazione di dati più avanzate, tra cui lo screening dei marcatori genetici e la progettazione di primer.
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Amplicone (16S/18S/ITS)
La piattaforma Amplicon (16S/18S/ITS) è sviluppata con anni di esperienza nell'analisi di progetti sulla diversità microbica, che contiene analisi di base standardizzate e analisi personalizzate: l'analisi di base copre il contenuto di analisi principale dell'attuale ricerca microbica, il contenuto dell'analisi è ricco e completo, e i risultati dell'analisi sono presentati sotto forma di relazioni di progetto;Il contenuto dell'analisi personalizzata è vario.È possibile selezionare i campioni e impostare i parametri in modo flessibile in base al rapporto di analisi di base e allo scopo della ricerca, per realizzare requisiti personalizzati.Sistema operativo Windows, semplice e veloce.
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Genetica evolutiva
La genetica evolutiva è un servizio di sequenziamento completo progettato per fornire un'interpretazione completa delle informazioni evolutive di determinati materiali basata su variazioni genetiche, inclusi SNP, InDels, SV e CNV.Fornisce tutte le analisi fondamentali necessarie per descrivere i cambiamenti evolutivi e le caratteristiche genetiche delle popolazioni, come la struttura della popolazione, la diversità genetica, le relazioni filogeniche, ecc. Contiene anche studi sul flusso genico, che consente di stimare la dimensione effettiva della popolazione e il tempo di divergenza.
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Genomica comparativa
Genomica comparativa significa letteralmente confrontare le sequenze e le strutture complete del genoma di specie diverse.Questa disciplina mira a rivelare l'evoluzione delle specie, la funzione dei geni, il meccanismo di regolazione dei geni a livello del genoma identificando le strutture e gli elementi di sequenza che si sono conservati o differenziati tra specie diverse.Il tipico studio genomico comparativo include analisi della famiglia genetica, dello sviluppo evolutivo, della duplicazione dell'intero genoma, della pressione selettiva, ecc.
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Genetica evolutiva
La piattaforma di analisi genetica della popolazione e dell'evoluzione è stata creata sulla base della massiccia esperienza accumulata per anni nel team di ricerca e sviluppo di BMK.È uno strumento facile da usare soprattutto per i ricercatori che non si specializzano in bioinformatica.Questa piattaforma consente analisi di base relative alla genetica evolutiva di base, tra cui la costruzione di alberi filogenetici, l'analisi del disequilibrio dei collegamenti, la valutazione della diversità genetica, l'analisi di scansione selettiva, l'analisi di parentela, PCA, analisi della struttura della popolazione, ecc.
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Assemblaggio del genoma basato su Hi-C
Hi-C è un metodo progettato per acquisire la configurazione cromosomica combinando il sondaggio delle interazioni basate sulla prossimità e il sequenziamento ad alto rendimento.Si ritiene che l'intensità di queste interazioni sia negativamente correlata alla distanza fisica sui cromosomi.Pertanto, i dati Hi-C potrebbero guidare il raggruppamento, l’ordine e l’orientamento delle sequenze assemblate in una bozza di genoma e ancorarle su un certo numero di cromosomi.Questa tecnologia consente un assemblaggio del genoma a livello cromosomico in assenza di una mappa genetica basata sulla popolazione.Ogni singolo genoma ha bisogno di un Hi-C.
Piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq/DNBSEQ
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Sequenziamento del genoma de novo di piante/animali
De Novoil sequenziamento si riferisce alla costruzione dell'intero genoma di una specie utilizzando tecnologie di sequenziamento, ad esempio PacBio, Nanopore, NGS, ecc., in assenza di un genoma di riferimento.Il notevole miglioramento nella lunghezza di lettura delle tecnologie di sequenziamento di terza generazione ha offerto nuove opportunità nell'assemblaggio di genomi complessi, come quelli con elevata eterozigosi, alto rapporto di regioni ripetitive, poliploidi, ecc. Con una lunghezza di lettura a livello di decine di kilobasi, queste letture di sequenziamento consentono risoluzione di elementi ripetitivi, regioni con contenuti GC anomali e altre regioni altamente complesse.
Piattaforma: piattaforma PacBio Sequel II/Nanopore PromethION P48/Illumina NovaSeq
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Sequenziamento dell'intero esoma umano
Il sequenziamento dell’intero esoma (WES) è considerato una strategia di sequenziamento economicamente vantaggiosa per identificare le mutazioni che causano malattie.Sebbene gli esoni occupino solo circa l'1,7% dell'intero genoma, rappresentano direttamente il profilo delle funzioni proteiche totali.Nel genoma umano, è stato riportato che oltre l'85% delle mutazioni correlate alla malattia si verificano nella regione codificante la proteina.
BMKGENE offre servizi completi e flessibili di sequenziamento dell'intero esoma umano con diverse strategie di cattura degli esoni disponibili per soddisfare vari obiettivi di ricerca.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenziamento di frammenti amplificati con locus specifico (SLAF-Seq)
La genotipizzazione ad alto rendimento, soprattutto su popolazioni su larga scala, è un passo fondamentale negli studi di associazione genetica, che fornisce la base genetica per la scoperta di geni funzionali, l'analisi evolutiva, ecc. Invece del risequenziamento profondo dell'intero genoma, il sequenziamento del genoma a rappresentazione ridotta (RRGS ) viene introdotto per ridurre al minimo il costo di sequenziamento per campione, pur mantenendo un'efficienza ragionevole nella scoperta dei marcatori genetici.Ciò si ottiene comunemente estraendo il frammento di restrizione entro un determinato intervallo di dimensioni, denominato libreria di rappresentazione ridotta (RRL).Il sequenziamento di frammenti amplificati con locus specifico (SLAF-Seq) è una strategia autosviluppata per la genotipizzazione SNP con o senza un genoma di riferimento.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq -
Illumina e BGI
La tecnologia di sequenziamento Illumina, basata sul Sequencing by Synthesis (SBS), è un'innovazione NGS adottata a livello globale, responsabile della generazione di oltre il 90% dei dati di sequenziamento a livello mondiale.Il principio dell'SBS prevede l'imaging di terminatori reversibili marcati in modo fluorescente man mano che ciascun dNTP viene aggiunto e successivamente tagliato per consentire l'incorporazione della base successiva.Con tutti e quattro i dNTP reversibili legati ai terminatori presenti in ciascun ciclo di sequenziamento, la concorrenza naturale riduce al minimo i bias di incorporazione.Questa tecnologia versatile supporta librerie sia a lettura singola che a fine coppia, soddisfacendo una vasta gamma di applicazioni genomiche.Le capacità ad alta produttività e la precisione del sequenziamento Illumina lo posizionano come una pietra angolare nella ricerca genomica, consentendo agli scienziati di svelare le complessità dei genomi con dettagli ed efficienza senza pari.
DNBSEQ, sviluppata da BGI, è un'altra tecnologia NGS innovativa che è riuscita a ridurre ulteriormente i costi di sequenziamento e ad aumentare la produttività.La preparazione delle librerie DNBSEQ prevede la frammentazione del DNA, la preparazione di ssDNA e l'amplificazione del cerchio rotante per ottenere le nanoball di DNA (DNB).Questi vengono quindi caricati su una superficie solida e successivamente sequenziati mediante sintesi combinatoria sonda-ancora (cPAS).
Il nostro servizio di sequenziamento di librerie predefinite facilita i clienti nella preparazione delle proprie librerie di sequenziamento da diverse fonti (mRNA, intero genoma, amplicone, tra gli altri).Successivamente, queste librerie possono essere spedite ai nostri centri di sequenziamento per il controllo di qualità e il sequenziamento nelle piattaforme Illumina o BGI.
