-
Sequenziamento dell'immunoprecipitazione della cromatina (ChIP-seq)
ChIP-Seq fornisce la profilazione dell'intero genoma dei target del DNA per la modificazione degli istoni, i fattori di trascrizione e altre proteine associate al DNA.Combina la selettività dell'immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) per recuperare specifici complessi proteina-DNA, con la potenza del sequenziamento di prossima generazione (NGS) per il sequenziamento ad alto rendimento del DNA recuperato.Inoltre, poiché i complessi proteina-DNA vengono recuperati da cellule viventi, i siti di legame possono essere confrontati in diversi tipi di cellule e tessuti o in condizioni diverse.Le applicazioni spaziano dalla regolazione trascrizionale ai percorsi di sviluppo fino ai meccanismi delle malattie e oltre.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
-
Sequenziamento metagenomico -NGS
Metagenoma si riferisce a una raccolta di materiale genetico totale di una comunità mista di organismi, come metagenoma ambientale, metagenoma umano, ecc. Contiene genomi di microrganismi sia coltivabili che non coltivabili.Il sequenziamento metagenomico è uno strumento molecolare utilizzato per analizzare i materiali genomici misti estratti da campioni ambientali, che fornisce informazioni dettagliate su diversità e abbondanza delle specie, struttura della popolazione, relazione filogenetica, geni funzionali e rete di correlazione con fattori ambientali.
Piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq
-
Sequenziamento metagenomico-nanoporo
La metagenomica è uno strumento molecolare utilizzato per analizzare i materiali genomici misti estratti da campioni ambientali, che fornisce informazioni dettagliate sulla diversità e l'abbondanza delle specie, sulla struttura della popolazione, sulla relazione filogenetica, sui geni funzionali e sulla rete di correlazione con fattori ambientali, ecc. Le piattaforme di sequenziamento dei nanopori sono state recentemente introdotte agli studi metagenomici.Le sue eccezionali prestazioni in termini di lunghezza di lettura hanno ampiamente migliorato l'analisi metagenomica a valle, in particolare l'assemblaggio del metagenoma.Sfruttando i vantaggi della lunghezza di lettura, lo studio metagenomico basato su nanopori è in grado di ottenere un assemblaggio più continuo rispetto alla metagenomica a fucile.È stato pubblicato che la metagenomica basata su nanopori ha generato con successo genomi batterici completi e chiusi da microbiomi (Moss, EL, et. al,Biotecnologia della natura, 2020)
Piattaforma:Nanoporo PromethION P48
-
Sequenziamento dell'intero genoma con bisolfito
La metilazione del DNA alla quinta posizione nella citosina (5-mC) ha un'influenza fondamentale sull'espressione genica e sull'attività cellulare.Modelli di metilazione anormali sono stati associati a diverse condizioni e malattie, come il cancro.Il WGBS è diventato il gold standard per lo studio della metilazione dell'intero genoma con risoluzione a base singola.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
-
Saggio per la cromatina accessibile alla trasposasi con sequenziamento ad alta produttività (ATAC-seq)
ATAC-seq è un metodo di sequenziamento ad alto rendimento per l'analisi dell'accessibilità della cromatina a livello dell'intero genoma, che è importante per il controllo epigenetico globale dell'espressione genica.Gli adattatori di sequenziamento vengono inseriti nelle regioni di cromatina aperte mediante trasposasi Tn5 iperattiva.Dopo l'amplificazione mediante PCR, viene costruita una libreria di sequenziamento.Tutte le regioni di cromatina aperte possono essere ottenute in una specifica condizione spazio-temporale, non solo limitata ai siti di legame di un fattore di trascrizione, o ad una certa regione modificata dall'istone.
-
Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS-PacBio
La subunità sugli rRNA 16S e 18S contenenti regioni altamente conservate e ipervariabili è un'impronta molecolare perfetta per l'identificazione degli organismi procarioti ed eucariotici.Sfruttando il sequenziamento, questi ampliconi possono essere presi di mira in base alle parti conservate e le regioni ipervariabili possono essere completamente caratterizzate per l'identificazione microbica contribuendo a studi che coprono l'analisi della diversità microbica, la tassonomia, la filogenesi, ecc. In tempo reale a molecola singola (SMRT ) il sequenziamento della piattaforma PacBio consente di ottenere letture lunghe altamente accurate, che potrebbero coprire ampliconi a lunghezza intera (circa 1,5 Kb).La visione più ampia del campo genetico ha notevolmente migliorato la risoluzione nell'annotazione delle specie nella comunità di batteri o funghi.
Piattaforma:PacBioSequel II
-
Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS-NGS
Il sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS mira a rivelare filogenesi, tassonomia e abbondanza di specie in una comunità microbica indagando i prodotti PCR di marcatori genetici domestici che contengono sia parti altamente conversate che ipervariabili.L'introduzione di queste impronte digitali molecolari perfette da parte di Woeses et al, (1977) consente la profilazione del microbioma senza isolamento.Il sequenziamento di 16S (batteri), 18S (funghi) e dello spaziatore trascritto interno (ITS, funghi) consente l'identificazione sia di specie abbondanti che di specie rare e non identificate.Questa tecnologia è diventata uno strumento ampiamente applicato e importante per identificare la composizione microbica differenziale in vari ambienti, come la bocca umana, l'intestino, le feci, ecc.
Piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq
-
Risequenziamento dell'intero genoma batterico e fungino
Il risequenziamento dell'intero genoma di batteri e funghi è uno strumento fondamentale per completare i genomi di batteri e funghi conosciuti, nonché per confrontare più genomi o per mappare i genomi di nuovi organismi.È di grande importanza sequenziare interi genomi di batteri e funghi al fine di generare genomi di riferimento accurati, eseguire l'identificazione microbica e altri studi comparativi sul genoma.
Piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq
-
Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS a lunghezza intera PacBio
La piattaforma Amplicon (16S/18S/ITS) è sviluppata con anni di esperienza nell'analisi di progetti sulla diversità microbica, che contiene analisi di base standardizzate e analisi personalizzate: l'analisi di base copre il contenuto di analisi principale dell'attuale ricerca microbica, il contenuto dell'analisi è ricco e completo, e i risultati dell'analisi sono presentati sotto forma di relazioni di progetto;Il contenuto dell'analisi personalizzata è vario.È possibile selezionare i campioni e impostare i parametri in modo flessibile in base al rapporto di analisi di base e allo scopo della ricerca, per realizzare requisiti personalizzati.Sistema operativo Windows, semplice e veloce.
-
PacBio-Trascrittoma a lunghezza intera (non di riferimento)
Prendendo come input i dati di sequenziamento delle isoforme di Pacific Biosciences (PacBio), questa app è in grado di identificare sequenze di trascrizione a lunghezza intera (senza assemblaggio).Mappando sequenze a lunghezza intera rispetto al genoma di riferimento, le trascrizioni possono essere ottimizzate da geni, trascrizioni, regioni codificanti noti, ecc. In questo caso, è possibile ottenere un'identificazione più accurata delle strutture dell'mRNA, come lo splicing alternativo, ecc.L'analisi congiunta con i dati di sequenziamento del trascrittoma NGS consente un'annotazione più completa e una quantificazione più accurata dell'espressione a livello di trascrizione, il che avvantaggia ampiamente l'espressione differenziale a valle e l'analisi funzionale.
-
Sequenziamento del bisolfito a rappresentazione ridotta (RRBS)
La ricerca sulla metilazione del DNA è sempre stata un argomento caldo nella ricerca sulle malattie ed è strettamente correlata all’espressione genica e ai tratti fenotipici.RRBS è un metodo accurato, efficiente ed economico per la ricerca sulla metilazione del DNA.L'arricchimento del promotore e delle regioni insulari CpG mediante scissione enzimatica (Msp I), combinato con il sequenziamento del bisolfito, fornisce il rilevamento della metilazione del DNA ad alta risoluzione.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
-
Sequenziamento dell'mRNA procariotico
Il sequenziamento dell'mRNA consente la profilazione completa di tutte le trascrizioni dell'mRNA all'interno delle cellule in condizioni specifiche.Questa tecnologia all’avanguardia funge da potente strumento, svelando intricati profili di espressione genetica, strutture genetiche e meccanismi molecolari associati a diversi processi biologici.Ampiamente adottato nella ricerca fondamentale, nella diagnostica clinica e nello sviluppo di farmaci, il sequenziamento dell'mRNA offre approfondimenti sulle complessità della dinamica cellulare e della regolazione genetica.La nostra elaborazione dei campioni di mRNA procariotico è adattata ai trascrittomi procariotici, coinvolgendo l'esaurimento dell'rRNA e la preparazione della libreria direzionale.
Piattaforma: Illumina NovaSeq X
