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Sequenziamento dell'RNA a nucleo singolo
Il progresso nella tecnica di cattura di singole cellule e di costruzione di librerie individuali, combinato con il sequenziamento ad alto rendimento, consente studi di espressione genica cellula per cellula.Consente un'analisi del sistema più profonda e completa su popolazioni cellulari complesse, in cui evita in gran parte il mascheramento della loro eterogeneità prendendo la media di tutte le cellule.
Tuttavia, alcune cellule non sono adatte per essere trasformate in sospensione unicellulare, quindi sono necessari altri metodi di preparazione del campione, ad esempio l'estrazione del nucleo dai tessuti, ovvero il nucleo viene estratto direttamente dai tessuti o dalla cellula e preparato in sospensione a nucleo singolo per sequenziamento cellulare.
BMK fornisce il servizio di sequenziamento di RNA a singola cellula basato su Genomics ChromiumTM 10×.Questo servizio è stato ampiamente utilizzato in studi relativi a malattie, come la differenziazione delle cellule immunitarie, l'eterogeneità del tumore, lo sviluppo dei tessuti, ecc.
Chip del trascrittoma spaziale: 10× Genomica
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenziamento dell'intero genoma di piante/animali
Il risequenziamento dell'intero genoma, noto anche come WGS, consente di rivelare mutazioni comuni e rare sull'intero genoma, tra cui il polimorfismo a singolo nucleotide (SNP), l'eliminazione di inserzione (InDel), la variazione della struttura (SV) e la variazione del numero di copie (CNV). ).Gli SV costituiscono una porzione maggiore della base di variazione rispetto agli SNP e hanno un impatto maggiore sul genoma, che ha un effetto significativo sugli organismi viventi.Il risequenziamento a lettura lunga consente un'identificazione più precisa di frammenti di grandi dimensioni e variazioni complicate poiché le letture lunghe rendono molto più semplice l'incrocio cromosomico su regioni complicate come ripetizioni in tandem, regioni ricche di GC/AT e regioni ipervariabili.
Piattaforma: Illumina, PacBio, Nanopore
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Trascrittoma spaziale BMKMANU S1000
La trascrittomica spaziale è all’avanguardia nell’innovazione scientifica e consente ai ricercatori di approfondire intricati modelli di espressione genetica all’interno dei tessuti preservandone al tempo stesso il contesto spaziale.Tra varie piattaforme, BMKGene ha sviluppato il chip per trascrittoma spaziale BMKManu S1000, che vanta unrisoluzione miglioratadi 5μM, raggiungendo la gamma subcellulare e consentendoimpostazioni di risoluzione multilivello.Il chip S1000, caratterizzato da circa 2 milioni di spot, utilizza micropozzetti stratificati con sfere caricate con sonde di cattura con codice a barre spaziali.Una libreria di cDNA, arricchita con codici a barre spaziali, viene preparata dal chip S1000 e successivamente sequenziata sulla piattaforma Illumina NovaSeq.La combinazione di campioni con codici a barre spaziali e UMI garantisce l'accuratezza e la specificità dei dati generati.L'attributo unico del chip BMKManu S1000 risiede nella sua versatilità, offrendo impostazioni di risoluzione multilivello che possono essere regolate con precisione su diversi tessuti e livelli di dettaglio.Questa adattabilità posiziona il chip come una scelta eccezionale per diversi studi di trascrittomica spaziale, garantendo un preciso clustering spaziale con un rumore minimo.
Utilizzando il chip BMKManu S1000 e altre tecnologie di trascrittomica spaziale, i ricercatori possono acquisire una migliore comprensione dell'organizzazione spaziale delle cellule e delle complesse interazioni molecolari che si verificano all'interno dei tessuti, fornendo preziose informazioni sui meccanismi alla base dei processi biologici in un'ampia gamma di campi, tra cui oncologia, neuroscienze, biologia dello sviluppo, immunologia e studi botanici.
Piattaforma: chip BMKManu S1000 e Illumina NovaSeq
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10x trascrittoma spaziale Genomics Visium
La trascrittomica spaziale è una tecnologia all’avanguardia che consente ai ricercatori di studiare i modelli di espressione genetica all’interno dei tessuti preservandone il contesto spaziale.Una potente piattaforma in questo ambito è 10x Genomics Visium abbinato al sequenziamento Illumina.Il principio di 10X Visium si basa su un chip specializzato con un'area di cattura designata in cui vengono posizionate le sezioni di tessuto.Quest'area di cattura contiene punti con codice a barre, ciascuno corrispondente a una posizione spaziale unica all'interno del tessuto.Le molecole di RNA catturate dal tessuto vengono quindi etichettate con identificatori molecolari univoci (UMI) durante il processo di trascrizione inversa.Questi punti con codice a barre e UMI consentono una mappatura spaziale precisa e una quantificazione dell'espressione genica con una risoluzione di singola cellula.La combinazione di campioni con codici a barre spaziali e UMI garantisce l'accuratezza e la specificità dei dati generati.Utilizzando questa tecnologia di trascrittomica spaziale, i ricercatori possono acquisire una comprensione più profonda dell'organizzazione spaziale delle cellule e delle complesse interazioni molecolari che si verificano all'interno dei tessuti, offrendo informazioni preziose sui meccanismi alla base dei processi biologici in molteplici campi, tra cui oncologia, neuroscienze, biologia dello sviluppo, immunologia. e studi botanici.
Piattaforma: 10X Genomics Visium e Illumina NovaSeq
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Nanoporo per sequenziamento dell'mRNA a lunghezza intera
Mentre il sequenziamento dell'mRNA basato su NGS funge da strumento versatile per la quantificazione dell'espressione genica, la sua dipendenza da letture brevi ne limita l'efficacia nelle analisi trascrittomiche complesse.Il sequenziamento dei nanopori, d'altra parte, utilizza la tecnologia a lettura lunga, consentendo il sequenziamento di trascrizioni di mRNA a lunghezza intera.Questo approccio facilita un'esplorazione completa dello splicing alternativo, delle fusioni geniche, della poliadenilazione e della quantificazione delle isoforme di mRNA.
Il sequenziamento dei nanopori si basa su segnali elettrici in tempo reale di singole molecole di nanopori.Guidato dalle proteine motrici, il DNA a doppio filamento si lega alle proteine dei nanopori incorporati in un biofilm, svolgendosi mentre passa attraverso il canale dei nanopori sotto una differenza di voltaggio.I segnali elettrici distintivi generati dalle diverse basi sul filamento del DNA vengono rilevati e classificati in tempo reale, facilitando il sequenziamento nucleotidico accurato e continuo.Questo approccio innovativo supera le limitazioni di breve lettura e fornisce una piattaforma dinamica per complesse analisi genomiche, comprende complessi studi trascrittomici.
Piattaforma: Nanopore Promethion P48
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Sequenziamento dell'mRNA a lunghezza intera -PacBio
Sebbene il sequenziamento dell'mRNA basato su NGS sia uno strumento versatile per quantificare l'espressione genica, la sua dipendenza da letture brevi ne limita l'uso in analisi trascrittomiche complesse.Il sequenziamento PacBio (Iso-Seq), d'altra parte, utilizza la tecnologia a lettura lunga, consentendo il sequenziamento di trascrizioni di mRNA a lunghezza intera.Questo approccio facilita un'esplorazione completa dello splicing alternativo, delle fusioni geniche e della poliadenilazione sebbene non sia la scelta primaria per la quantificazione dell'espressione genica, a causa dell'elevata quantità di dati richiesti.
La tecnologia di sequenziamento PacBio si basa sul sequenziamento di singole molecole in tempo reale (SMRT), fornendo un netto vantaggio nell'acquisizione di trascrizioni di mRNA a lunghezza intera.Questo approccio innovativo prevede l'uso di guide d'onda in modalità zero (ZMW), pozzetti microfabbricati che consentono l'osservazione in tempo reale dell'attività della DNA polimerasi durante il sequenziamento.All'interno di questi ZMW, la DNA polimerasi di PacBio sintetizza un filamento complementare di DNA, generando lunghe letture che coprono l'intera trascrizione dell'mRNA.Il funzionamento di PacBio in modalità Circular Consensus sequencing (CCS) migliora la precisione sequenziando ripetutamente la stessa molecola.Le letture HiFi generate hanno un'accuratezza paragonabile a quella NGS, contribuendo ulteriormente a un'analisi completa e affidabile di complesse caratteristiche trascrittomiche.Piattaforma: PacBio Sequel II
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Sequenziamento dell'mRNA eucariotico-Illumina
Il sequenziamento dell'mRNA consente la profilazione completa di tutte le trascrizioni dell'mRNA all'interno delle cellule in condizioni specifiche.Questa tecnologia all’avanguardia funge da potente strumento, svelando intricati profili di espressione genetica, strutture genetiche e meccanismi molecolari associati a diversi processi biologici.Ampiamente adottato nella ricerca fondamentale, nella diagnostica clinica e nello sviluppo di farmaci, il sequenziamento dell'mRNA offre approfondimenti sulle complessità della dinamica cellulare e della regolazione genetica.
Piattaforma: Illumina NovaSeq X
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Sequenziamento di mRNA basato su non riferimento-Illumina
Il sequenziamento dell'mRNA consente la profilazione completa di tutte le trascrizioni dell'mRNA all'interno delle cellule in condizioni specifiche.Questa tecnologia all’avanguardia funge da potente strumento, svelando intricati profili di espressione genetica, strutture genetiche e meccanismi molecolari associati a diversi processi biologici.Ampiamente adottato nella ricerca fondamentale, nella diagnostica clinica e nello sviluppo di farmaci, il sequenziamento dell'mRNA offre approfondimenti sulle complessità della dinamica cellulare e della regolazione genetica.
Piattaforma: Illumina NovaSeq X
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Sequenziamento lungo non codificante-Illumina
Gli RNA lunghi non codificanti (lncRNA) sono RNA più lunghi di 200 nucleotidi che possiedono un potenziale di codifica minimo e sono elementi cardine all'interno dell'RNA non codificante.Presenti nel nucleo e nel citoplasma, questi RNA svolgono un ruolo cruciale nella regolazione epigenetica, trascrizionale e post-trascrizionale, sottolineando il loro significato nel modellare i processi cellulari e molecolari.Il sequenziamento dell'LncRNA è un potente strumento nella differenziazione cellulare, nell'ontogenesi e nelle malattie umane.
Piattaforma: Illumina NovaSeq
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Sequenziamento di piccoli RNA-Illumina
Le molecole di piccoli RNA (sRNA), tipicamente inferiori a 200 nucleotidi di lunghezza, includono microRNA (miRNA), piccoli RNA interferenti (siRNA) e RNA che interagiscono con piwi (piRNA).Tra questi, i miRNA, lunghi circa 20-24 nucleotidi, sono particolarmente degni di nota per il loro ruolo regolatorio fondamentale in vari processi cellulari.Con modelli di espressione specifici del tessuto e dello stadio, i miRNA mostrano un'elevata conservazione tra specie diverse.
Piattaforma: Illumina NovaSeq
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Sequenziamento del circRNA-Illumina
Il sequenziamento dell'RNA circolare (circRNA-seq) consiste nel profilare e analizzare gli RNA circolari, una classe di molecole di RNA che formano anelli chiusi a causa di eventi di splicing non canonici, fornendo a questi RNA una maggiore stabilità.Mentre è stato dimostrato che alcuni circRNA agiscono come spugne di microRNA, sequestrando i microRNA e impedendo loro di regolare i loro mRNA bersaglio, altri circRNA possono interagire con le proteine, modulare l'espressione genica o avere ruoli nei processi cellulari.L’analisi dell’espressione del circRNA fornisce approfondimenti sui ruoli regolatori di queste molecole e sul loro significato in vari processi cellulari, stadi di sviluppo e condizioni di malattia, contribuendo a una comprensione più profonda della complessità della regolazione dell’RNA nel contesto dell’espressione genica.
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Sequenziamento dell'intero trascrittoma – Illumina
Il sequenziamento dell'intero trascrittoma offre un approccio completo alla profilazione di diverse molecole di RNA, comprendendo sia gli RNA codificanti (mRNA) che quelli non codificanti (lncRNA, circRNA e miRNA).Questa tecnica cattura l'intero trascrittoma di cellule specifiche in un dato momento, consentendo una comprensione olistica dei processi cellulari.Conosciuto anche come “sequenziamento totale dell’RNA”, mira a svelare intricate reti regolatorie a livello del trascrittoma, consentendo analisi approfondite come l’RNA endogeno competitivo (ceRNA) e l’analisi congiunta dell’RNA.Ciò segna il passo iniziale verso la caratterizzazione funzionale, in particolare nello svelare le reti regolatorie che coinvolgono le interazioni ceRNA basate su circRNA-miRNA-mRNA.
