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Sequenziamento metagenomico -NGS
Metagenoma si riferisce a una raccolta di materiale genetico totale di una comunità mista di organismi, come metagenoma ambientale, metagenoma umano, ecc. Contiene genomi di microrganismi sia coltivabili che non coltivabili.Il sequenziamento metagenomico è uno strumento molecolare utilizzato per analizzare i materiali genomici misti estratti da campioni ambientali, che fornisce informazioni dettagliate su diversità e abbondanza delle specie, struttura della popolazione, relazione filogenetica, geni funzionali e rete di correlazione con fattori ambientali.
Piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenziamento metagenomico-nanoporo
La metagenomica è uno strumento molecolare utilizzato per analizzare i materiali genomici misti estratti da campioni ambientali, che fornisce informazioni dettagliate sulla diversità e l'abbondanza delle specie, sulla struttura della popolazione, sulla relazione filogenetica, sui geni funzionali e sulla rete di correlazione con fattori ambientali, ecc. Le piattaforme di sequenziamento dei nanopori sono state recentemente introdotte agli studi metagenomici.Le sue eccezionali prestazioni in termini di lunghezza di lettura hanno ampiamente migliorato l'analisi metagenomica a valle, in particolare l'assemblaggio del metagenoma.Sfruttando i vantaggi della lunghezza di lettura, lo studio metagenomico basato su nanopori è in grado di ottenere un assemblaggio più continuo rispetto alla metagenomica a fucile.È stato pubblicato che la metagenomica basata su nanopori ha generato con successo genomi batterici completi e chiusi da microbiomi (Moss, EL, et. al,Biotecnologia della natura, 2020)
Piattaforma:Nanoporo PromethION P48
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Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS-PacBio
La subunità sugli rRNA 16S e 18S contenenti regioni altamente conservate e ipervariabili è un'impronta molecolare perfetta per l'identificazione degli organismi procarioti ed eucariotici.Sfruttando il sequenziamento, questi ampliconi possono essere presi di mira in base alle parti conservate e le regioni ipervariabili possono essere completamente caratterizzate per l'identificazione microbica contribuendo a studi che coprono l'analisi della diversità microbica, la tassonomia, la filogenesi, ecc. In tempo reale a molecola singola (SMRT ) il sequenziamento della piattaforma PacBio consente di ottenere letture lunghe altamente accurate, che potrebbero coprire ampliconi a lunghezza intera (circa 1,5 Kb).La visione più ampia del campo genetico ha notevolmente migliorato la risoluzione nell'annotazione delle specie nella comunità di batteri o funghi.
Piattaforma:PacBioSequel II
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Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS-NGS
Il sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS mira a rivelare filogenesi, tassonomia e abbondanza di specie in una comunità microbica indagando i prodotti PCR di marcatori genetici domestici che contengono sia parti altamente conversate che ipervariabili.L'introduzione di queste impronte digitali molecolari perfette da parte di Woeses et al, (1977) consente la profilazione del microbioma senza isolamento.Il sequenziamento di 16S (batteri), 18S (funghi) e dello spaziatore trascritto interno (ITS, funghi) consente l'identificazione sia di specie abbondanti che di specie rare e non identificate.Questa tecnologia è diventata uno strumento ampiamente applicato e importante per identificare la composizione microbica differenziale in vari ambienti, come la bocca umana, l'intestino, le feci, ecc.
Piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq
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Risequenziamento dell'intero genoma batterico e fungino
Il risequenziamento dell'intero genoma di batteri e funghi è uno strumento fondamentale per completare i genomi di batteri e funghi conosciuti, nonché per confrontare più genomi o per mappare i genomi di nuovi organismi.È di grande importanza sequenziare interi genomi di batteri e funghi al fine di generare genomi di riferimento accurati, eseguire l'identificazione microbica e altri studi comparativi sul genoma.
Piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenziamento del metatrascrittoma
Il sequenziamento del metatrascrittoma identifica l'espressione genica dei microbi (sia eucarioti che procarioti) all'interno di ambienti naturali (ad esempio suolo, acqua, mare, feci e intestino). Nello specifico, questo servizio consente di ottenere profili di espressione genica completa di comunità microbiche complesse, analisi tassonomiche di specie, analisi di arricchimento funzionale di geni diversamente espressi e altro ancora.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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Genoma fungino
Le tecnologie dei biomarcatori forniscono indagini sul genoma, genoma fine e genoma completo di funghi a seconda dell'obiettivo di ricerca specifico.Il sequenziamento, l'assemblaggio e l'annotazione funzionale del genoma possono essere ottenuti combinando il sequenziamento di nuova generazione + il sequenziamento di terza generazione per ottenere un assemblaggio del genoma di alto livello.La tecnologia Hi-C può essere impiegata anche per facilitare l'assemblaggio del genoma a livello cromosomico.
Piattaforma:PacBioSequel II
Nanoporo PromethION P48
Piattaforma Illumina NovaSeq
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Genoma completo dei batteri
Biomarker Technologies fornisce un servizio di sequenziamento per la costruzione del genoma completo dei batteri con gap pari a zero.Il flusso di lavoro principale della costruzione completa del genoma dei batteri comprende il sequenziamento di terza generazione, l'assemblaggio, l'annotazione funzionale e l'analisi bioinformatica avanzata che soddisfa obiettivi di ricerca specifici.Una profilazione più completa del genoma dei batteri consente di rivelare i meccanismi fondamentali alla base dei loro processi biologici, che potrebbero anche fornire un prezioso riferimento per le ricerche genomiche nelle specie eucariotiche superiori
Piattaforma:Nanoporo PromethION P48 + piattaforma Illumina NovaSeq
PacBioSequel II
