Mappa di calore
Il file di dati della matrice viene utilizzato per il disegno della mappa termica, che può filtrare, normalizzare e raggruppare i dati della matrice.Viene utilizzato principalmente per l'analisi dei cluster del livello di espressione genica tra diversi campioni.
Annotazione genetica
L'annotazione della funzione genetica viene eseguita mappando le sequenze nel file FASTA rispetto a vari database.
Annotazione genetica
Strumento di ricerca di base di allineamento locale
CDS_UTR_Previsione
Questo strumento è progettato per prevedere le regioni codificanti (CDS) e le regioni non codificanti (UTR) in determinate sequenze di trascrizione in base all'esplosione rispetto al database di proteine noto e alla previsione ORF.
Trama di Manhattan
Il grafico Manhattan consente la visualizzazione di dati con un gran numero di punti dati.È comunemente usato negli studi di associazione sull'intero genoma (GWAS).
Circo
Il diagramma CIRCOS consente la presentazione diretta delle distribuzioni SNP, InDeL, SV, CNV sul genoma.
GO_Arricchimento
TopGO è uno strumento pensato per l'arricchimento funzionale.Il pacchetto TopGO-Bioconductor comprende l'analisi dell'espressione differenziale, l'analisi dell'arricchimento GO e la visualizzazione dei risultati.Verrà generata una cartella con output denominata "Graph", che contiene i risultati per topGO_BP, topGO_CC e topGO_MF.
WGCNA
WGCNA è un metodo di data mining ampiamente utilizzato per scoprire moduli di coespressione genica.È applicabile a vari set di dati di espressione, inclusi dati di microarray e dati di espressione genica originati dal sequenziamento di prossima generazione.
InterProScan
Analisi e classificazione delle sequenze proteiche InterPro
GO_KEGG_Arricchimento
Questo strumento è progettato per generare un istogramma di arricchimento GO, un istogramma di arricchimento KEGG e un percorso di arricchimento KEGG in base al set di geni fornito e all'annotazione corrispondente.