Sequenziamento dell'intero genoma di piante/animali
1.Vantaggi del servizio
Vasta esperienza nel sequenziamento del genoma di oltre 1000 specie.
Oltre 800 casi pubblicati con un fattore di impatto cumulativo superiore a 4000.
Analisi bioinformatica completa sulle chiamate di variazione e analisi delle funzioni.
2. Specifiche del servizio
| piattaforma | Biblioteca | Profondità sequenziale consigliata | |
| Illumina | PE150 | Per SNP, chiamata InDel ≥ 10x Per SV, chiamate in CNY ≥ 30x
| |
| Nanoporo
| 8KB | Per SV, chiamate in CNY ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kB | Per SNP, InDel, SV, CNY chiamate ≥ 10x |
3. Requisiti del campione
| piattaforma | Conc.(ng/μL)
| Importo (ng)
| Purezza
| Gel di agarosio
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Cancella la banda principale senza o con limitazionidegradazione osservata sul gel. 2. Contaminazione assente o limitata di RNA o proteine
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanoporo
| ≥30 | Dipende dalla resa dei dati 10μg/cella | 1.7-2.2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. Analisi della bioinformazione
5. Flusso di lavoro del servizio
Consegna del campione
Estrazione del DNA
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Consegna dei dati
1) Statistiche di mappatura del genoma
Tabella 1 Statistiche del risultato della mappatura
Figura 1 Distribuzione delle dimensioni dell'inserto e della copertura delle letture.
2) Rilevamento delle variazioni
Figura 2 Statistiche e annotazione di SNP/INDEL/SV tra i campioni
Figura 3 Distribuzione delle variazioni sull'intero genoma
3) Annotazione funzionale delle variazioni
| 2019 | Comunicazioni della natura | Il risequenziamento dell'intero genoma rivela l'origine di Brassica napus e i loci genetici coinvolti nel suo miglioramento |
| 2020 | PNAS | L'origine evolutiva e la storia della domesticazione del pesce rosso (Carassius auratus) |
| 2021 | Giornale delle biotecnologie vegetali | Genomi di riferimento delle due specie di iuta coltivate |
| 2021 | Giornale delle biotecnologie vegetali | Firme genomiche di Brassicajuncea allopoliploide vegetale e di semi oleosi e loci genetici che controllano l'accumulo di glucosinolati |
| 2019 | Pianta molecolare | Il risequenziamento dell’intero genoma di una raccolta mondiale di accessioni di colza rivela la base genetica della loro divergenza di ecotipi |
| 2022 | Ricerca sull'orticoltura | L’analisi dell’associazione dell’intero genoma fornisce approfondimenti molecolari sulla variazione naturale delle dimensioni dei semi di anguria |
| 2021 | Giornale di botanica sperimentale | Uno studio di associazione sull'intero genoma identifica varianti di GhSAD1 che conferiscono tolleranza al freddo nel cotone |
| 2021 | Giornale di botanica sperimentale | Lo studio di associazione sull'intero genoma e il confronto del trascrittoma rivelano nuovi QTL e geni candidati che controllano la dimensione dei petali nella colza |
