EVOLUZIONE DEL GENOMA
Genoma de novo
Assemblaggio|Determinazione del sesso L'intero lavoro di sequenziamento e i servizi bioinformatici parziali sono stati forniti da Biomarker Techonologies.
Astratto
“L'iconico fenotipo dei draghi di mare comprende appendici simili a foglie, una bocca tubolare sdentata e una gravidanza maschile che comporta l'incubazione di uova fecondate su una "zona di covata" aperta.Abbiamo sequenziato de novo i genomi maschili e femminili del drago di mare comune (Phyllopteryx taeniolatus) e delle sue specie strettamente correlate, il pesce ago alligatore (Syngnathoides biaculeatus).I profili di trascrizione di una novità evolutiva, le appendici a forma di foglia, mostrano che una serie di geni tipicamente coinvolti nello sviluppo delle pinne sono stati cooptati, nonché un arricchimento delle trascrizioni per potenziali geni di riparazione dei tessuti e di difesa immunitaria.È stato scoperto che i mutanti del pesce zebra per scpp5, che è perso in tutti i singnatidi, mancano o hanno denti faringei deformati, supportando l'ipotesi che la perdita di scpp5 abbia contribuito alla perdita dei denti nei singnatidi.È stato identificato un presunto locus che determina il sesso che codifica per un gene amhr2y specifico per il maschio condiviso dal pesce ago comune e dal pesce ago alligatore. "
Materiali e metodi:
Materiali
Fil nostro comune drago marino (P. taeniolatus) e due pesci ago alligatore (S. biaculeatus) esemplari.Due individui di drago di mare comune (un maschio e una femmina) e due pesci ago alligatore (un maschio e una femmina) sono stati utilizzati per il sequenziamento dell'intero genoma e altri due individui di drago di mare comune maschi sono stati utilizzati per il risequenziamento del genoma.
Strategia di sequenziamento del genoma
2Libreria da 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) o Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). e altri due individui maschi di dragone marino comune sono stati utilizzati per il risequenziamento del genoma.
Sequenziamento del trascrittoma
Fo sono stati raccolti drago di mare comune, cervello, occhio, branchia, fegato, cuore, rene, mesentere, intestino, muscolo, pinna, pelle, appendici fogliari, testicoli e ovaie.
Strategia di assemblaggio del genoma de novo
Canu (Correzione) + WTDBG2 (Assemblea) + Pilon (Polacco) + Lachesis (Hi-C).
Risultati principali
Fig. 1. Caratteristiche principali del drago di mare comune (P. taeniolatus) e del pesce ago alligatore (S. biaculeatus) e loro posizioni filogenetiche.
Fig. 2. Morfologia e composizione genetica delle appendici fogliari nel drago marino comune (P. taeniolatus).
Fig. 3. Gene presunto per la determinazione del sesso nel drago di mare comune (P. taeniolatus) e nel pesce ago alligatore (S. biaculeatus).
Fig. 4. Fenotipi dei denti faringei nei mutanti omozigoti scpp5 del pesce zebra.
Orario di pubblicazione: 08 gennaio 2022