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Notizia

Sequenziamento del trascrittoma a lunghezza intera basato su nanopori

Il sequenziamento dei nanopori si distingue dalle altre piattaforme di sequenziamento in quanto i nucleotidi vengono letti direttamente senza sintesi del DNA e genera letture lunghe a decine di kilobasi.Ciò consente la lettura diretta delle trascrizioni integrali e di affrontare le sfide negli studi trascrittomici.

√ Basso bias specifico della sequenza

√ Lettura completa del cDNA per studi sulla struttura del gene

√ Meno dati richiesti per coprire lo stesso numero di trascrizioni

√ Identificazione di più isoforme per gene

√ Quantificazione dell'espressione a livello di isoforma

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Tipica pipeline di bioinformatica

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Ultimi casi di successo con le tecnologie dei biomarcatori

1. Analisi comparative dei trascrittomi a lunghezza intera rivelano le dinamiche di sviluppo della radice di Gnetum luofuense

Rivista: Frontiere nella genetica

Pubblicato: marzo 2021

Parole chiave: MinION |Giunzioni alternative |APA |lncRNA |Trascrizioni differenzialmente espresse

Leggi il testo completo

2. Movimento unidirezionale di piccoli RNA dai germogli alle radici negli eterotrapianti interspecifici

Diario: Piante naturali

Pubblicato: gennaio 2021

Parole chiave: nanoporo |Illumina |rilevamento di mRNA mobile a lunghezza intera

3. L'analisi del trascrittoma a lunghezza intera delle radici degli asparagi rivela il meccanismo molecolare della tolleranza al sale indotta dai funghi micorrizici arbuscolari

Rivista: Botanica ambientale e sperimentale

Pubblicato: gennaio 2021

Parole chiave: MinION |Trascrizioni differenzialmente espresse |Fattori di trascrizione |Splicing alternativo

4. Cambiamenti caratteristici fisiologici e trascrittoma completo delle radici e delle foglie della rosa (Rosa chinensis) in risposta allo stress da siccità

Rivista: Fisiologia vegetale e cellulare

Pubblicato: ottobre 2020

Parole chiave: PromethION |Trascrizioni differenzialmente espresse |Previsione funzionale |Isoforme giuntate |TF e lncRNA

5. Analisi e confronto completo tra PacBio e sequenziamento dell'RNA basato su nanopori del trascrittoma di Arabidopsis

Rivista: metodo vegetale

Pubblicato: aprile 2020

Parole chiave: GridION |PromethION |Sequel di PacBio |Illumina NovaSeq |Allineamento del genoma |Identificazione della trascrizione |Giunzioni alternative |RSS |LncRNA |Quantificazione delle isoforme

Novità e punti salienti mira a condividere gli ultimi casi di successo con Biomarker Technologies, catturando nuovi risultati scientifici e tecniche importanti applicate durante lo studio.


Orario di pubblicazione: 08 gennaio 2022

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