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Notizia

MICROBICO

Giornale dei materiali pericolosi

La compatibilità batterica e l’immobilizzazione con il biochar hanno migliorato la degradazione del tebuconazolo, la composizione e il funzionamento del microbioma del suolo

Sequenziamento degli ampliconi 16S a lunghezza intera |PacBio HiFi |Diversità alfa |Diversità beta

In questo studio, il sequenziamento dell'amplicone 16S a lunghezza intera mediante PacBio e l'analisi bioinformatica sono stati forniti da Biomarker Technologies.

Punti salienti

Il batterio Alcaligenes faecalis WZ-2 che degrada il tebuconazolo immobilizzato con biochar è stato studiato sull'efficienza della biodegradazione e sugli effetti sul terreno contaminato da tebuconazolo rispetto al ceppo degradante libero WZ-2.

1. WZ-2 immobilizzato con biochar ha mostrato una degradazione più efficiente nel tebuconazolo rispetto al WZ-2 libero riducendo l'emivita del tebuconazolo nel suolo da 18,7 giorni a 13,3 giorni.

2. I WZ-2 immobilizzati con biochar sono stati in grado di ripristinare le attività degli enzimi microbici nativi del suolo, tra cui ureasi, deidrogenasi e invertasi, ecc.

3. Il profilo microbico nel terreno trattato con WZ-2 immobilizzato con biochar, determinato mediante sequenziamento 16S a lunghezza intera, ha fortemente sostenuto che questo sistema potrebbe ripristinare la salute del suolo migliorando la struttura della comunità batterica in condizioni di contaminazione da tebuconazolo.

Esperimento (relativo al sequenziamento)

Raggruppamento: CK: Suolo naturale;T: Terreno addizionato con tebuconazolo;S: Tebuconazolo conteneva terreno con ceppo libero WZ-2;BC: Tebuconazolo conteneva terreno con biochar;BCS: Tebuconazolo conteneva terreno con biochar immobilizzato WZ-2.

Campionamento: estrazione totale del DNA del suolo amplificata mediante primer 16S rDNA
27F (5′-AGAGTTTTGATCCTGGCTCAG-3′) e 1492R (5′-GGTTACCTTGTTACGA),rappresentante l'rDNA 16S a lunghezza intera

Piattaforma di sequenziamento: PacBio RS II

Strategia di sequenziamento: letture CCS HIFI

Analisi dei dati:BMKCloudLa piattaforma bioinformatica rende il pesce rosso un eccellente sistema modello genetico per la fisiologia e l'evoluzione dei pesci.

Risultato

La struttura della comunità microbica del suolo è stata determinata mediante sequenziamento dell'rDNA 16S.Sono stati valutati la ricchezza dell'OTU e l'indice di diversità alfa, inclusi gli indici Chao1, Ace, Shannon e Simpson per rivelare la diversità delle specie in ciascun sistema.Dopo 60 giorni di incubazione, tutti gli indici hanno mostrato un andamento simile, vale a dire che il tebuconazolo potrebbe indurre una riduzione della ricchezza e della diversità delle specie nel suolo.Tuttavia, aggiungendo il ceppo WZ-2, la comunità dei batteri del suolo è stata parzialmente recuperata in termini sia di ricchezza che di diversità.È stata osservata una differenza limitata tra BC, BCS e CK, indicando che il biochar e il WZ-2 immobilizzato con biochar potrebbero ripristinare efficacemente la salute biologica del suolo.

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In questo studio è stato applicato il metodo di coppie-gruppi non ponderati con medie aritmetiche (UPGMA) per mostrare la diversità beta tra i gruppi.Come mostrato nella figura seguente, BC, BSC e CK condividevano un modello di composizione microbica più simile rispetto ai gruppi T e S, il che indicava ulteriormente che l'introduzione di biochar nel biorisanamento del suolo contaminato da tebuconazolo potrebbe ampiamente facilitare il recupero della comunità microbica nel suolo.

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Figura.Raggruppamento UPGMA della comunità batterica a livello di phylum sottoposta a trattamenti diversi

Riferimento

Sun, Tong et al.“La compatibilità batterica e l’immobilizzazione con il biochar hanno migliorato la degradazione del tebuconazolo, la composizione e il funzionamento del microbioma del suolo”.Giornale dei materiali pericolosi398 (2020): 122941.

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Novità e punti salienti mira a condividere gli ultimi casi di successo con Biomarker Technologies, catturando nuovi risultati scientifici e tecniche importanti applicate durante lo studio.


Orario di pubblicazione: 08 gennaio 2022

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