Notizia

L’amplificazione degli elementi trasponibili (TE) è stata riconosciuta come una forza trainante che media l’espansione e l’evoluzione delle dimensioni del genoma, ma le conseguenze per la modellatura dell’architettura genomica 3D rimangono in gran parte sconosciute nelle piante.Qui, riportiamo gruppi genomici di livello di riferimento per tre specie di cotone che variano tre volte in termini di dimensioni del genoma, vale a direGossypium rotundifolia(K2),G. arboreum(A2) eG. raimondii(D5), utilizzando le tecnologie Oxford Nanopore.Le analisi comparative del genoma documentano i dettagli dell'amplificazione TE specifica del lignaggio che contribuisce alle grandi differenze di dimensione del genoma (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) e indicano un contenuto genetico relativamente conservato e relazioni di sintesi tra i genomi.Abbiamo scoperto che circa il 17% dei geni sintetici mostra un cambiamento dello stato della cromatina tra i compartimenti attivi (“A”) e inattivi (“B”) e l’amplificazione TE era associata all’aumento della proporzione del compartimento A nelle regioni dei geni (~ 7.000 geni ) in K2 e A2 rispetto a D5.Solo il 42% dei confini del dominio di associazione topologica (TAD) è stato conservato tra i tre genomi.I nostri dati implicano la recente amplificazione dei TE in seguito alla formazione di confini TAD specifici del lignaggio.Questo studio fa luce sul ruolo dell'espansione del genoma mediata dai trasposoni nell'evoluzione della struttura della cromatina di ordine superiore nelle piante.