GENOMA
Assemblaggio su scala cromosomica e analisi del genoma del Miscanthus lutarioriparius della coltura di biomassa
Sequenziamento dei nanopori |Illumina |Ciao-C |Sequenziamento dell'RNA |Filogenesi
In questo studio, Biomarker Technologies ha fornito supporto tecnico sul sequenziamento dei nanopori, sull'assemblaggio del genoma de novo, sull'assemblaggio assistito da Hi-C, ecc.
Astratto
miscanto, una pianta perenne rizomatosa, ha un grande potenziale per la produzione di bioenergia grazie alla sua elevata biomassa e tolleranza allo stress.Riportiamo un assemblaggio su scala cromosomica diMiscanthus lutarioripariusgenoma combinando il sequenziamento Oxford Nanopore e le tecnologie Hi-C.L'assemblaggio da 2,07 Gb copre il 96,64% del genoma, con contig N50 di 1,71 Mb.Le sequenze del centromero e dei telomeri sono assemblate rispettivamente per tutti i 19 cromosomi e il cromosoma 10.L'origine allotetraploide del M. lutarioriparius è confermata utilizzando ripetizioni satellitari centromeriche.Sono chiaramente dimostrati la struttura del genoma tetraploide e diversi riarrangiamenti cromosomici relativi al sorgo.Geni duplicati in tandem diM. lutarioripariussono arricchiti a livello funzionale non solo in termini legati alla risposta allo stress, ma anche alla biosintesi della parete cellulare.Le famiglie di geni legati alla resistenza alle malattie, alla biosintesi della parete cellulare e al trasporto degli ioni metallici sono notevolmente ampliate ed evolute.L'espansione di queste famiglie può costituire un'importante base genomica per il potenziamento di tratti notevoliM. lutarioriparius.
Statistiche chiave dell'assemblaggio del genoma
Figura.Panoramica dell'assemblaggio del genoma di M. lutarioriparius
Novità e punti salienti mira a condividere gli ultimi casi di successo con Biomarker Technologies, catturando nuovi risultati scientifici e tecniche importanti applicate durante lo studio.
Orario di pubblicazione: 05-gennaio-2022