Sequenziamento metagenomico-nanoporo
Vantaggi del servizio
● Assemblaggio di alta qualità: migliora l'accuratezza dell'identificazione delle specie e della previsione dei geni funzionali
● Isolamento del genoma batterico chiuso
● Applicazione più potente e affidabile in aree diverse, ad esempio rilevamento di microrganismi patogeni o geni correlati alla resistenza agli antibiotici
● Analisi comparativa del metagenoma
Specifiche del servizio
| piattaforma | Sequenziamento | Dati consigliati | Tempo di consegna |
| Nanoporo | ONT | 6 G/10 G | 65 giorni lavorativi |
Analisi bioinformatiche
● Controllo della qualità dei dati grezzi
● Assemblaggio del metagenoma
● Set di geni non ridondanti e annotazione
● Analisi della diversità delle specie
● Analisi della diversità delle funzioni genetiche
● Analisi intergruppo
● Analisi di associazione con fattori sperimentali
Requisiti e consegna del campione
Requisiti e consegna del campione
Requisiti del campione:
PerEstratti di DNA:
| Tipo di campione | Quantità | Concentrazione | Purezza |
| Estratti di DNA | 1-1,5 mg | ＞ 20 ng/μl | DE260/280= 1,6-2,5 |
Per i campioni ambientali:
| Tipo di campione | Procedura di campionamento consigliata |
| Suolo | Importo campione: ca.5 g;La sostanza appassita rimanente deve essere rimossa dalla superficie;Macinare pezzi grandi e passare attraverso un filtro da 2 mm;Campioni aliquoti in provette EP sterili o cirotubi per la prenotazione. |
| Feci | Importo campione: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare i campioni in provette EP sterili o criotubi per la prenotazione. |
| Contenuto intestinale | I campioni devono essere trattati in condizioni asettiche.Lavare il tessuto raccolto con PBS;Centrifugare il PBS e raccogliere il precipitante in provette EP. |
| Fango | Importo campione: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare il campione di fango in una provetta EP sterile o in una crioprovetta per la prenotazione |
| Corpo d'acqua | Per campioni con una quantità limitata di microbi, come acqua di rubinetto, acqua di pozzo, ecc., raccogliere almeno 1 litro di acqua e passare attraverso un filtro da 0,22 μm per arricchire la flora microbica sulla membrana.Conservare la membrana in un tubo sterile. |
| Pelle | Raschiare accuratamente la superficie della pelle con un batuffolo di cotone sterile o una lama chirurgica e inserirla in una provetta sterile. |
Consegna del campione consigliata
Congelare i campioni in azoto liquido per 3-4 ore e conservarli in azoto liquido o a -80 gradi per una prenotazione a lungo termine.È richiesta la spedizione del campione con ghiaccio secco.
Flusso di lavoro del servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
1.Mappa termica: clustering della ricchezza di specie
2. Geni funzionali annotati nelle vie metaboliche KEGG
3.Rete di correlazione delle specie
4.Circo di geni di resistenza agli antibiotici CARD
Caso BMK
La metagenomica dei nanopori consente una rapida diagnosi clinica delle infezioni batteriche delle vie respiratorie inferiori
Pubblicato:Biotecnologia della natura, 2019
Punti salienti tecnici
Sequenziamento: Nanopore MinION
Bioinformatica metagenomica clinica: deplezione del DNA dell'ospite, analisi WIMP e ARMA
Rilevamento rapido: 6 ore
Alta sensibilità: 96,6%
Risultati chiave
Nel 2006, l’infezione delle vie respiratorie inferiori (LR) ha causato la morte di 3 milioni di persone a livello globale.Il metodo tipico per il rilevamento del patogeno LR1 è la coltivazione, che ha scarsa sensibilità, tempi di risposta lunghi e mancanza di indicazioni nella terapia antibiotica precoce.Una diagnosi microbica rapida e accurata è da tempo una necessità urgente.Il dottor Justin dell'Università dell'East Anglia e i suoi partner hanno sviluppato con successo un metodo metagenomico basato su nanopori per il rilevamento degli agenti patogeni.Secondo il loro flusso di lavoro, il 99,99% del DNA ospite può essere esaurito.Il rilevamento di agenti patogeni e geni resistenti agli antibiotici può essere completato in 6 ore.
Riferimento
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).La metagenomica dei nanopori consente una rapida diagnosi clinica delle infezioni batteriche delle vie respiratorie inferiori.Biotecnologia della natura, 37(7), 1.
