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Sequenziamento del genoma de novo vegetale/animale
De novoil sequenziamento si riferisce alla costruzione dell'intero genoma di una specie utilizzando tecnologie di sequenziamento, ad esempio PacBio, Nanopore, NGS, ecc., in assenza di un genoma di riferimento.Il notevole miglioramento della lunghezza di lettura delle tecnologie di sequenziamento di terza generazione ha portato nuove opportunità nell'assemblaggio di genomi complessi, come quelli con elevata eterozigosi, alto rapporto di regioni ripetitive, poliploidi, ecc. Con una lunghezza di lettura a livello di decine di kilobasi, queste letture di sequenziamento consentono risoluzione di elementi ripetitivi, regioni con contenuti GC anormali e altre regioni altamente complesse.
Piattaforma: PacBio Sequel II/Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
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Assemblaggio del genoma basato su Hi-C
Hi-C è un metodo progettato per acquisire la configurazione cromosomica combinando le interazioni basate sulla prossimità e il sequenziamento ad alto rendimento.Si ritiene che l'intensità di queste interazioni sia correlata negativamente con la distanza fisica sui cromosomi.Pertanto, i dati Hi-C potrebbero guidare il raggruppamento, l'ordinamento e l'orientamento delle sequenze assemblate in una bozza del genoma e l'ancoraggio di quelle su un certo numero di cromosomi.Questa tecnologia consente un assemblaggio del genoma a livello di cromosoma in assenza di una mappa genetica basata sulla popolazione.Ogni singolo genoma ha bisogno di un Hi-C.
Piattaforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
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Genetica Evolutiva
La genetica evolutiva è un servizio di sequenziamento completo progettato per fornire un'interpretazione completa delle informazioni evolutive di determinati materiali sulla base di variazioni genetiche, inclusi SNP, InDels, SV e CNV.Fornisce tutte le analisi fondamentali necessarie per descrivere i cambiamenti evolutivi e le caratteristiche genetiche delle popolazioni, come la struttura della popolazione, la diversità genetica, le relazioni filogeniche, ecc. Contiene anche studi sul flusso genico, che consente di stimare la dimensione effettiva della popolazione e il tempo di divergenza.
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Genomica comparata
Genomica comparativa significa letteralmente confrontare le sequenze e le strutture complete del genoma di specie diverse.Questa disciplina mira a rivelare l'evoluzione delle specie, la funzione genica, il meccanismo di regolazione genica a livello del genoma identificando le strutture di sequenza e gli elementi che si sono conservati o differenziati tra specie diverse.Tipico studio di genomica comparativa include analisi nella famiglia di geni, sviluppo evolutivo, duplicazione dell'intero genoma, pressione selettiva, ecc.
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Analisi Segregante in blocco
Bulked Segregant Analysis (BSA) è una tecnica impiegata per identificare rapidamente i marcatori genetici associati al fenotipo.Il flusso di lavoro principale di BSA contiene la selezione di due gruppi di individui con fenotipi estremamente opposti, unendo il DNA di tutti gli individui per formare due grandi quantità di DNA, identificando sequenze differenziali tra due pool.Questa tecnica è stata ampiamente utilizzata per identificare marcatori genetici fortemente associati a geni mirati nei genomi vegetali/animali.
