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Analisi di associazione su tutto il genoma

Immagine in evidenza dell'analisi dell'associazione su tutto il genoma

Lo studio di associazione sull'intero genoma (GWAS) mira a identificare varianti genetiche (genotipo) associate a tratti specifici (fenotipo).Lo studio GWAS indaga i marcatori genetici che attraversano l'intero genoma di un gran numero di individui e prevede le associazioni genotipo-fenotipo mediante analisi statistica a livello di popolazione.È stato ampiamente applicato nella ricerca sulle malattie umane e nell'estrazione genetica funzionale su tratti complessi di animali o piante.

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Dettagli del servizio

Risultato dimostrativo

Pubblicazione in primo piano

1.Vantaggi del servizio

● Numerosi casi di progetti: dalla sua fondazione nel 2009, BMKGENE ha completato centinaia di progetti sulle specie nella ricerca GWAS sulla popolazione, ha assistito i ricercatori nella pubblicazione di più di 100 articoli e il fattore di impatto cumulativo ha raggiunto 500.
● Analisti professionisti.
● Breve ciclo di analisi.
● Estrazione accurata dei dati.

2. Specifiche del servizio

Tipo	Scala della popolazione	Strategia e profondità del sequenziamento
SLAF-GWAS	Numero di campioni ≥200	Dimensione del genoma < 400 M, con genoma di riferimento, si consiglia WGS
		Dimensione del genoma ≤ 1G, 100.000 tag e 10X
		1G ≤ dimensione del genoma ≤ 2G, 200.000 tag e 10X
		Dimensione del genoma > 2G, 300.000 tag e 10X
WGS-GWAS	Numero di campioni ≥200	10X per ogni campione

3. Selezione dei materiali

Diverse varietà, sottospecie, varietà autoctone/banche genetiche/famiglie miste/risorse selvatiche

Diverse varietà, sottospecie, varietà autoctone

Famiglia di fratellastri/famiglia di fratelli pieni/risorse selvagge

4. Analisi della bioinformazione

● Analisi di associazione sull'intero genoma
● Analisi e screening di SNP significativi
● Annotazione funzionale del gene candidato

5. Flusso di lavoro del servizio

Progettazione dell'esperimento

Consegna del campione

Estrazione dell'RNA

Costruzione della biblioteca

Sequenziamento

Analisi dei dati

Servizi post-vendita

Precedente: Sequenziamento dell'RNA a nucleo singolo

Prossimo:

UN.Controllo qualità del fenotipo

Istogramma della distribuzione della frequenza

Statistiche del fenotipo

B.Analisi di associazione (Modello: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)

Trama QQ

Trama di Manhattan

Anno	rivista	IF	Titolo
2022	NC	17.69	Base genomica dei giga-cromosomi e giga-genoma della peonia arborea Paeonia ostii
2015	NP	7.43	Le impronte della domesticazione ancorano le regioni genomiche di importanza agronomica nella soia
2018	MP	9.32	Il risequenziamento dell’intero genoma di una raccolta mondiale di accessioni di colza rivela la base genetica della loro divergenza di ecotipi
2022	HR	7.29	L’analisi dell’associazione dell’intero genoma fornisce approfondimenti molecolari sulla variazione naturale delle dimensioni dei semi di anguria