BMKGENE ha fornito servizi di sequenziamento spaziale del trascrittoma per lo studio “STEEL abilita la delineazione ad alta risoluzione di dati trascrittomici spaziotemporali”, pubblicato su Briefings in Bioinformatics.
Questo studio ha proposto un algoritmo basato sull'apprendimento non supervisionato e molteplice, Spatial Transcriptome cEll typE clustering (STEEL), che identifica i domini dal trascrittoma spaziale raggruppando perline che mostrano sia profili di espressione genica altamente simili che una distanza spaziale ravvicinata sotto forma di grafici.
Una valutazione completa di STEEL su set di dati trascrittomici spaziali dalla piattaforma 10X Visium dimostra che non solo raggiunge un'alta risoluzione per caratterizzare le strutture fini del cervello del topo, ma consente anche l'integrazione di più vetrini di tessuto analizzati individualmente in uno più grande.
Con l'avanzamento delle tecnologie del trascrittoma spaziale, il nostro metodo avrà una grande applicabilità nell'identificazione dei domini e nella ricostruzione dell'atlante dell'espressione genica.
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Orario di pubblicazione: 20 ottobre 2023