Approfondisci il potenziale dello studio della varietà selvatica di specie di ricerca, esemplificato da un caso cruciale dei clienti di BMKGENE.Recentemente pubblicato nell'edizione di quest'anno del Plant Biotechnology Journal, l'articolo intitolato "Genoma dell'Hevea brasiliensis selvatica a livello di cromosoma: potenziamento dell'allevamento genomico assistito e dissotterramento di loci vitali per resa di gomma elevata" rappresenta un prezioso riferimento.
L'albero della gomma brasiliano (Hevea brasiliensis) è una delle principali fonti di gomma naturale.Nel corso dell’ultimo secolo, le metodologie di allevamento tradizionali hanno innescato un notevole aumento di sei volte nella produzione di gomma.Tuttavia, il fondamento genetico sottostante responsabile del potenziale aumento della resa della gomma rimane enigmatico.
Questo studio ha avviato la costruzione di un genoma a livello cromosomico per l'albero della gomma selvatica, impiegando una sinergia di sequenziamento a lettura lunga Nanopore, sequenziamento NGS Illumina e tecnologia Hi-C.
Parallelamente, è stata assemblata una raccolta di 147 risorse di germoplasma, che comprende variazioni ad alto rendimento, ceppi selvatici e specie correlate, per il risequenziamento completo dell’intero genoma (WGS) utilizzando la piattaforma Illumina.I successivi dati di sequenziamento sono stati sottoposti a una rigorosa analisi genetica della popolazione, consentendo l'analisi della struttura della popolazione, della diversità e dello squilibrio di collegamento.Questa analisi ha fatto luce sulle variazioni di domesticazione tra le popolazioni.
Ulteriori indagini hanno compreso analisi che comprendono Fst, π, D di Tajima e LD, con l'obiettivo di svelare segnali di selezione derivanti da una migliore resa del lattice, concentrandosi in particolare sui cloni di Wickham.
Culminando in un'analisi di associazione su tutto il genoma (GWAS), sono stati individuati marcatori collegati ai tratti di resa e successivamente ai geni correlati alla resa.La convalida iniziale ha svelato attività trascrizionali distintive tra diversi mutanti per due geni ERF, fornendo uno sguardo preliminare al loro significato funzionale.Ulteriori conferme sono previste nell’ambito della prossima ricerca.
BMKGENE è orgoglioso di contribuire all'ampio risequenziamento dell'intero genoma di questa considerevole popolazione, oltre a svolgere un ruolo sostanziale nell'analisi bioinformatica.La nostra vasta esperienza comprende il sequenziamento NGS/TGS e l'analisi bioinformatica multiomica su una gamma di oltre 1000 specie.Attendiamo con impazienza la prospettiva di collaborare con te sui tuoi prossimi progetti.
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Orario di pubblicazione: 29 agosto 2023