piattaforma | Dimensioni della libreria | Resa teorica dei dati (per cella) | Precisione a base singola | Applicazioni |
Nanoporo | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralungo, cDNA-PCR | 70-90 Gb/cella | 85-92% | Identificazione SV, De novo, Sequenziamento a lunghezza intera, Iso-Seq, Annotazione genetica, Rilevamento della metilazione del DNA |
● Oltre 5 anni di esperienza sulla piattaforma di sequenziamento PacBio con migliaia di progetti chiusi con varie specie.
● BMKGENE è un partner ufficiale di Oxford Nanopore, con certificazione RNA/DNA a doppia piattaforma.
● Esistono modelli tradizionali di sequenziatori con attrezzatura completa e capacità di sequenziamento sufficiente.
● Sulla base della piattaforma Nanopore, più di 10 ricerche Denovo su animali e piante sono state pubblicate in riviste di fama internazionale.
Tipo di campione | Quantità | Concentrazione(Qubit ®) | Volume | Purezza | Altri |
DNA genomico | Dipende dai requisiti dei dati | ≥20ng/μl | ≥15μl | DE260/280=1,7-2,2; OD260/230≥1,5; Picco chiaro a 260 nm, nessuna contaminazione | La concentrazione deve essere misurata da Qubit e Qubit/Nanopore ≤ 2 |
RNA totale | ≥1,2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | DE260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5; nessuna contaminazione | Valore RIN ≥7,5 |
Valutazione della qualità dei dati del campione di DNA
Tabella 1. Statistiche sui dati puliti.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | pulitoN50Len | pulitoN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25,90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Valutazione della qualità dei dati del campione di RNA
Tabella 1. Statistiche sui dati puliti.
Nome del file | Identificativo cliente | LeggiNum | BaseNum | N50 | Lunghezza media | Lunghezza massima | Punteggio medio |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Q12 |
Figura 1. Leggi la distribuzione della lunghezza
Figura 2. Distribuzione del punteggio di qualità dei dati puliti
Figura 3. Distribuzione del punteggio di lunghezza e qualità dei dati puliti