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Prodotti

Sequenziamento DNA/RNA – Sequenziatore di nanopori

Il sequenziamento ONT è una tecnologia di sequenziamento del segnale elettrico in tempo reale di una singola molecola basata su nanopori, il principio di sequenziamento di ciascuna piattaforma è lo stesso.Il DNA/RNA a doppio filamento si legherà alla proteina nanoporosa incorporata nel biofilm e si srotola sotto la guida della proteina motrice, sotto l'azione della differenza di voltaggio da entrambi i lati del biofilm, i filamenti di DNA/RNA passano attraverso la proteina del canale del nanoporo ad una certa distanza valutare.A causa delle differenze delle proprietà chimiche delle diverse basi sul filamento di DNA/RNA, quando una singola base o molecola di DNA passa attraverso il canale dei nanopori, causerà il cambiamento di diversi segnali elettrici.Rilevando e facendo corrispondere questi segnali, è possibile calcolare i tipi di base corrispondenti e completare il rilevamento in tempo reale della sequenza.


Dettagli del servizio

Risultato dimostrativo

Caratteristiche dei dettagli del servizio

piattaforma

Dimensioni della libreria

Resa teorica dei dati (per cella)

Precisione a base singola

Applicazioni

Nanoporo

8Kb, 10kb, 20kb, Ultralungo, cDNA-PCR

70-90 Gb/cella

85-92%

Identificazione SV, De novo, Sequenziamento a lunghezza intera, Iso-Seq, Annotazione genetica, Rilevamento della metilazione del DNA

Vantaggi del servizio

● Oltre 5 anni di esperienza sulla piattaforma di sequenziamento PacBio con migliaia di progetti chiusi con varie specie.
● BMKGENE è un partner ufficiale di Oxford Nanopore, con certificazione RNA/DNA a doppia piattaforma.
● Esistono modelli tradizionali di sequenziatori con attrezzatura completa e capacità di sequenziamento sufficiente.
● Sulla base della piattaforma Nanopore, più di 10 ricerche Denovo su animali e piante sono state pubblicate in riviste di fama internazionale.

Requisiti del campione


Tipo di campione

Quantità

Concentrazione(Qubit ®)

Volume

Purezza

Altri

DNA genomico

Dipende dai requisiti dei dati

 ≥20ng/μl

≥15μl

DE260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5;

Picco chiaro a 260 nm, nessuna contaminazione

La concentrazione deve essere misurata da Qubit e Qubit/Nanopore ≤ 2

RNA totale

≥1,2μg

≥100μg/μl

≥15μl

DE260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5; nessuna contaminazione

Valore RIN ≥7,5

 

Flusso di lavoro del servizio

preparazione del campione

preparazione del campione

Preparazione della biblioteca

Costruzione della biblioteca

Sequenziamento

Sequenziamento

Analisi dei dati

Analisi dei dati

Controllo qualità del campione

Consegna del progetto


  • Precedente:
  • Prossimo:

  • Valutazione della qualità dei dati del campione di DNA

    Tabella 1. Statistiche sui dati puliti.

    BMKID

    rawSeqNum

    rawSumBase

    cleanSeqNum

    cleanSumBase

    pulitoN50Len

    pulitoN90Len

    cleanMeanLen

    cleanMaxLen

    cleanMeanQual

    DNA_BMK01

    1.218.239

    26.37

    1.121.736

    25,90

    28.014

    15.764

    23.090

    143.181

    9

    Valutazione della qualità dei dati del campione di RNA

    Tabella 1. Statistiche sui dati puliti.

    Nome del file

    Identificativo cliente

    LeggiNum

    BaseNum

    N50

    Lunghezza media

    Lunghezza massima

    Punteggio medio

    RNA_BMK001

    C2

    8.947.708

    4.047.230.083

    398

    452

    129.227

    Q12

    Figura 1. Leggi la distribuzione della lunghezza

    A3

    Figura 2. Distribuzione del punteggio di qualità dei dati puliti

    A4

    Figura 3. Distribuzione del punteggio di lunghezza e qualità dei dati puliti

    A5

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