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Sequenziamento del circRNA-Illumina

Sequenziamento circRNA-Illumina Immagine in evidenza

Il sequenziamento dell'RNA circolare (circRNA-seq) consiste nel profilare e analizzare gli RNA circolari, una classe di molecole di RNA che formano anelli chiusi a causa di eventi di splicing non canonici, fornendo a questi RNA una maggiore stabilità.Mentre è stato dimostrato che alcuni circRNA agiscono come spugne di microRNA, sequestrando i microRNA e impedendo loro di regolare i loro mRNA bersaglio, altri circRNA possono interagire con le proteine, modulare l'espressione genica o avere ruoli nei processi cellulari.L’analisi dell’espressione del circRNA fornisce approfondimenti sui ruoli regolatori di queste molecole e sul loro significato in vari processi cellulari, stadi di sviluppo e condizioni di malattia, contribuendo a una comprensione più profonda della complessità della regolazione dell’RNA nel contesto dell’espressione genica.

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Dettagli del servizio

Bioinformatica

Risultati dimostrativi

Pubblicazioni in primo piano

Caratteristiche

● Deplezione dell'rRNA seguita dalla preparazione della libreria direzionale, consentendo dati di sequenziamento specifici del filamento.

● Il flusso di lavoro bioinformatico consente la previsione del circRNA e la quantificazione dell'espressione

Vantaggi del servizio

●Librerie di RNA più complete:utilizziamo la deplezione dell'rRNA invece della deplezione lineare dell'RNA nella nostra preparazione pre-biblioteca, garantendo che i dati di sequenziamento includano non solo circRNA ma anche mRNA e lncRNA, consentendo l'analisi congiunta su questi set di dati

●Analisi opzionale delle reti competitive di RNA endogeno (ceRNA).: fornendo informazioni più approfondite sui meccanismi di regolazione cellulare

●Ampia competenza: con un track record di elaborazione di oltre 20.000 campioni presso BMK, che abbracciano diversi tipi di campioni e progetti lncRNA, il nostro team apporta una vasta esperienza a ogni progetto.

●Controllo qualità rigoroso: implementiamo punti di controllo fondamentali in tutte le fasi, dalla preparazione dei campioni e delle librerie al sequenziamento e alla bioinformatica.Questo meticoloso monitoraggio garantisce la fornitura di risultati costantemente di alta qualità.

● Supporto post-vendita: Il nostro impegno si estende oltre il completamento del progetto con un periodo di servizio post-vendita di 3 mesi.Durante questo periodo, offriamo follow-up del progetto, assistenza per la risoluzione dei problemi e sessioni di domande e risposte per rispondere a qualsiasi domanda relativa ai risultati.

Requisiti e consegna del campione

Biblioteca	piattaforma	Dati consigliati	Controllo qualità dei dati
Poli A arricchito	Illumina PE150	16-20 GB	Q30≥85%

Requisiti del campione:

Nucleotidi:

Concentrazione (ng/μl)

Quantità (μg)

Purezza

Integrità

≥ 100

≥ 0,5

DE260/280=1,7-2,5

DE260/230=0,5-2,5

Contaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata sul gel.

Per gli impianti: RIN≥6,5;

Per gli animali: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

elevazione della linea di base limitata o assente

● Piante:

Radice, stelo o petalo: 450 mg

Foglia o seme: 300 mg

Frutta: 1,2 g

● Animale:

Cuore o Intestino: 450 mg

Visceri o cervello: 240 mg

Muscolo: 600 mg

Ossa, capelli o pelle: 1,5 g

● Artropodi:

Insetti: 9 g

Crostacei: 450 mg

● Sangue intero:2 tubi

● Celle: 10⁶cellule

● Siero e plasma: 6 ml

Consegna del campione consigliata

Contenitore: provetta da centrifuga da 2 ml (la carta stagnola non è consigliata)

Etichettatura del campione: Gruppo+replica, ad esempio A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Spedizione:

1. Ghiaccio secco: i campioni devono essere confezionati in sacchetti e sepolti nel ghiaccio secco.

2. Provette RNAstable: i campioni di RNA possono essere essiccati in provette di stabilizzazione dell'RNA (ad esempio RNAstable®) e spediti a temperatura ambiente.

Flusso di lavoro del servizio

Progettazione dell'esperimento

Consegna del campione

Estrazione dell'RNA

Costruzione della biblioteca

Sequenziamento

Analisi dei dati

Servizi post-vendita

Precedente: Sequenziamento dell'intero trascrittoma – Illumina

Prossimo: Sequenziamento di piccoli RNA-Illumina

Bioinformatica

Predizione del circRNA: distribuzione cromosomica

CircRNA differenzialmente espressi – Grafico del vulcano

CircRNA differenzialmente espressi: clustering gerarchico

Arricchimento funzionale dei geni ospiti del circRNA

Esplora i progressi della ricerca facilitati dai servizi di sequenziamento circRNA di BMKGene attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.

Wang, X. et al.(2021) "CPSF4 regola la formazione di circRNA e il silenziamento genico mediato da microRNA nel carcinoma epatocellulare", Oncogene 2021 40:25, 40(25), pp. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.

Xia, K. et al.(2023) "Il trascrittoma X oo-responsivo rivela il ruolo dell'RNA circolare 133 nella resistenza alle malattie regolando l'espressione di OsARAB nel riso", Phytopathology Research, 5(1), pp. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.

Y, H. et al.(2023) "CPSF3 modula l'equilibrio delle trascrizioni circolari e lineari nel carcinoma epatocellulare".doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.

Zhang, Y. et al.(2023) "Valutazione completa dei circRNA nella cardiomiopatia cirrotica prima e dopo il trapianto di fegato", International Immunopharmacology, 114, p.109495.doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.