Sequenziamento degli ampliconi 16S/18S/ITS-NGS
Vantaggi del servizio
● Identificazione rapida e senza isolamento della composizione microbica nei campioni ambientali
● Alta risoluzione nei componenti poco abbondanti nei campioni ambientali
● Ultimo flusso di analisi QIIME2 con diverse analisi in termini di database, annotazioni, OTU/ASV.
● Elevata produttività, maggiore precisione
● Applicabile a diversi studi sulla comunità microbica
● BMK possiede una vasta esperienza con oltre 100.000 campioni/anno, riguardanti terreno, acqua, gas, fanghi, feci, intestini, pelle, brodo di fermentazione, insetti, piante, ecc.
● BMKCloud ha facilitato l'interpretazione dei dati contenente 45 strumenti di analisi personalizzati
Specifiche del servizio
| Sequenziamentopiattaforma | Biblioteca | Resa dati consigliata | Tempo di consegna stimato |
| Piattaforma Illumina NovaSeq | PE250 | Tag da 50.000/100.000/300.000 | 30 giorni |
Analisi bioinformatiche
● Controllo della qualità dei dati grezzi
● Cluster OTU/Rimozione rumore (ASV)
● Annotazione OTU
● Diversità alfa
● Diversità beta
● Analisi intergruppo
● Analisi di associazione con fattori sperimentali
● Previsione dei geni funzionali
Requisiti e consegna del campione
Requisiti del campione:
PerEstratti di DNA:
| Tipo di campione | Quantità | Concentrazione | Purezza |
| Estratti di DNA | ＞ 30 ng | > 1 ng/μl | DE260/280= 1,6-2,5 |
Per i campioni ambientali:
| Tipo di campione | Procedura di campionamento consigliata |
| Suolo | Importo campione: ca.5 g;La sostanza appassita rimanente deve essere rimossa dalla superficie;Macinare pezzi grandi e passare attraverso un filtro da 2 mm;Campioni aliquoti in provette EP sterili o cirotubi per la prenotazione. |
| Feci | Importo campione: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare i campioni in provette EP sterili o criotubi per la prenotazione. |
| Contenuto intestinale | I campioni devono essere trattati in condizioni asettiche.Lavare il tessuto raccolto con PBS;Centrifugare il PBS e raccogliere il precipitante in provette EP. |
| Fango | Importo campione: ca.5 g;Raccogliere e aliquotare il campione di fango in una provetta EP sterile o in una crioprovetta per la prenotazione |
| Corpo d'acqua | Per campioni con una quantità limitata di microbi, come acqua di rubinetto, acqua di pozzo, ecc., raccogliere almeno 1 litro di acqua e passare attraverso un filtro da 0,22 μm per arricchire la flora microbica sulla membrana.Conservare la membrana in un tubo sterile. |
| Pelle | Raschiare accuratamente la superficie della pelle con un batuffolo di cotone sterile o una lama chirurgica e inserirla in una provetta sterile. |
Consegna del campione consigliata
Congelare i campioni in azoto liquido per 3-4 ore e conservarli in azoto liquido o a -80 gradi per una prenotazione a lungo termine.È richiesta la spedizione del campione con ghiaccio secco.
Flusso di lavoro del servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
1.Distribuzione delle specie
2.Mappa termica: clustering della ricchezza di specie
3.Curva delle fazioni rare
4.Analisi NMDS
5.Analisi finale
Caso BMK
Gli individui obesi con e senza diabete di tipo 2 mostrano capacità funzionali e composizione microbiche intestinali diverse
Pubblicato:Ospite cellulare e microbo, 2019
Strategia di sequenziamento:
Non diabetici magri (n=633);Obesi non diabetici (n=494);Diabete obeso di tipo 2 (n=153);
Regione target: 16S rDNA V1-V2
Piattaforma: Illumina Miseq (sequenziamento di ampliconi basato su NGS)
Un sottoinsieme di estratti di DNA è stato sottoposto a sequenziamento metagenomico su Illumina Hiseq
Risultati chiave
I profili microbici di queste malattie metaboliche sono stati differenziati con successo.
Confrontando le caratteristiche microbiche generate dal sequenziamento 16S, è stato riscontrato che l'obesità è associata a cambiamenti nella composizione microbica, caratteristiche individuali, in particolare una diminuzione significativa di Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, ecc. Inoltre, il T2D è stato associato ad un aumento di Escherichia/shigella .
Riferimento
Thingholm, LB, et al."Gli individui obesi con e senza diabete di tipo 2 mostrano capacità e composizione funzionali microbiche intestinali diverse".Ospite cellulare e microbo26.2(2019).
