MRNA Sequencing-Illumina sem ekki byggir á tilvísun
Eiginleikar
● Óháð einhverju viðmiðunarerfðamengi,
● Hægt væri að nota gögnin til að greina uppbyggingu og tjáningu afrita
● Þekkja breytilegar klippistöðvar
Þjónustukostir
● Afhending niðurstaðna sem byggir á BMKCloud: Niðurstöður eru afhentar sem gagnaskrá og gagnvirk skýrsla í gegnum BMKCloud vettvang, sem gerir notendavæna lestur á flóknum greiningarúttakum og sérsniðinni gagnavinnslu á grundvelli staðlaðrar lífupplýsingagreiningar.
● Þjónusta eftir sölu: Þjónusta eftir sölu gildir í 3 mánuði eftir að verkefni lýkur, þar á meðal eftirfylgni verkefna, bilanaleit, spurningar og svör við niðurstöðum o.fl.
Dæmi um kröfur og afhending
Dæmi um kröfur:
Núkleótíð:
| Styrkur (ng/μl) | Magn (μg) | Hreinleiki | Heiðarleiki |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Takmörkuð eða engin prótein- eða DNA mengun sýnd á hlaupi. | Fyrir plöntur: RIN≥6,5; Fyrir dýr: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; takmörkuð eða engin grunnhækkun |
Vefur: Þyngd (þurr): ≥1 g
*Fyrir vef sem er minni en 5 mg, mælum við með að senda leifturfrosið (í fljótandi köfnunarefni) vefjasýni.
Frumulausn: Frumufjöldi = 3×107
*Við mælum með að senda frosið frumulýsat.Ef sú fruma telur minna en 5×105, Mælt er með leifturfrystum í fljótandi köfnunarefni.
Blóðsýni:
PA×gene BloodRNATube;
6mLTRIzol og 2mL blóð (TRIzol:Blood=3:1)
Mælt er með sýnishornafhendingu
Ílát:
2 ml miðflóttahólkur (ekki mælt með álpappír)
Merking sýnis: Hópur+afrit td A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sending:
1.Þurrís: Pakka þarf sýnum í poka og grafa í þurrís.
2.RNAstable glös: Hægt er að þurrka RNA sýni í RNA stöðugleikaglasi (td RNAstable®) og senda við stofuhita.
Þjónustuvinnuflæði
Hönnun tilrauna
Sýnishorn afhending
RNA útdráttur
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
Lífupplýsingafræði
1.mRNA(denovo) Meginregla samsetningar
Eftir Trinity er lestri skipt í smærri hluta, þekkt sem K-mer.Þessar K-merar eru síðan notaðar sem fræ til að lengja í samfellur og síðan hluti sem byggjast á samfelldum skörun.Að lokum var De Bruijn beitt hér til að þekkja afrit í íhlutunum.
mRNA (De novo) Yfirlit yfir Trinity
2.mRNA (De novo) Dreifing genatjáningarstigs
RNA-Seq getur náð mjög næmu mati á tjáningu gena.Venjulega er greinanlegt svið afritatjáningar FPKM á bilinu 10^-2 til 10^6
mRNA (De novo) Dreifing FPKM þéttleika í hverju sýni
3.mRNA (De novo) GO auðgunargreining á DEG
GO (Gene Ontology) gagnagrunnur er skipulagt líffræðilegt skýringarkerfi sem inniheldur staðlaðan orðaforða yfir virkni gena og genaafurða.Það inniheldur mörg stig, þar sem því lægra sem stigið er, því nákvæmari eru aðgerðirnar.
mRNA (De novo) GO flokkun DEGs á öðru stigi
BMK mál
Umskriftargreining á súkrósaefnaskiptum við bólgu og þroska í lauk (Allium cepa L.)
Birt: landamæri í plöntuvísindum，2016
Röðunarstefna
Illumina HiSeq2500
Sýnasöfnun
Utah Yellow Sweet Spain ræktunin „Y1351“ var notuð í þessari rannsókn.Fjöldi sýna sem safnað var var
15. degi eftir bólgu (DAS) á peru (2 cm í þvermál og 3–4 g þyngd), 30. DAS (5 cm í þvermál og 100–110 g þyngd) og ~3 á 40. DAS (7 cm í þvermál og 260–300 grömm).
Helstu niðurstöður
1. í Venn skýringarmyndinni greindust samtals 146 gráður yfir öll þrjú pörin af þroskastigum
2. „Flutningur og efnaskipti kolvetna“ voru aðeins táknuð með 585 einingum (þ.e. 7% af merktu COG).
3. Unigenes sem tókst að skrifa í GO gagnagrunninn voru flokkuð í þrjá meginflokka fyrir þrjú mismunandi stig peruþróunar.Flestir fulltrúar í aðalflokknum „líffræðilegt ferli“ voru „efnaskiptaferli“, síðan „frumuferli“.Í aðalflokknum „sameindavirkni“ voru tveir flokkarnir sem áttu mest fulltrúa „bindandi“ og „hvatavirkni“.
 Vefrit yfir þyrpingar af réttvísandi hópum (COG) flokkun |  Vefrit um genaverufræði (GO) flokkun fyrir einætta sem fengnar eru úr perum á þremur þroskastigum |
 Venn skýringarmynd sem sýnir gen sem eru tjáð á mismunandi hátt á hvaða tveimur stigum sem er í þróun lauklauka |
Tilvísun
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, o.fl.Transcriptome greining á súkrósa umbrotum við bólgu í peru og þroska í lauk (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
