BMKCloud Log in
条形 banner-03

Fréttir

GENOME ÞRÓUN

Erfðamengi De novo
Samkoma|Kynsákvörðun Allt raðgreiningarverk og lífupplýsingaþjónusta að hluta var veitt af Biomarker Techonologies.

Ágrip

Hin helgimynda svipgerð hafdreka felur í sér lauflaga viðhengi, tannlausan pípulaga munn og karlkyns meðgöngu sem felur í sér ræktun frjóvgaðra eggja á opnum „blóðbletti“.Við raðum í nýrri röð karl- og kvenkyns erfðamengi hins almenna sjávardreka (Phyllopteryx taeniolatus) og náskyldra tegunda hans, krókódípípufiska (Syngnathoides biaculeatus).Umritunarsnið frá þróunarfræðilegri nýjung, lauflíkum viðaukum, sýna að safn gena sem venjulega taka þátt í þróun ugga hafa verið notaðir sem og auðgun á umritum fyrir hugsanlega vefviðgerð og ónæmisvarnargen.Stökkbrigði sebrafiska fyrir scpp5, sem er glatað í öllum syngnathids, reyndust vanta eða hafa afmyndaðar koktennur, sem styður þá tilgátu að tap á scpp5 hafi stuðlað að tapi á tönnum í syngnathids.Hugsanleg kynákvarðandi staðsetning sem kóðar karlsértækt amhr2y geni sem deilt er með algengum sjódreka og krókódópípufiskum. 

Efni og aðferðir:

Efni

Fsameiginlegi sjódreki okkar (P. taeniolatus) og tveir krokodil pípufiskar (S. biaculeatus) sýnishorn.Tveir algengir sjódreki (einn karl og einn kvenkyns) og tveir krókódreifar (einn karlkyns og ein kvenkyns) einstaklingar voru notaðir til raðgreiningar á heilum erfðamengi og tveir aðrir karlkyns algengir sjódreka einstaklingar voru notaðir til að endurraða erfðamengi.

Erfðamengi raðgreiningarstefna

270/350 bp bókasafn (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) eða Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). raðgreiningu, og tveir aðrir karlkyns algengir sjódreka einstaklingar voru notaðir til að endurraða erfðamengi.

Transcriptome raðgreining

Feða algengum hafdreka, heila, augum, tálknum, lifur, hjarta, nýrum, mænu, þörmum, vöðvum, uggum, húð, blaðalíkum viðhengjum, eistum og eggjastokkum.

Samsetningaráætlun erfðaefnis de novo

Canu (Leiðrétting) + WTDBG2 (Samsetning) + Pilon (pólska) + Lachesis (Hí-C).

Helstu niðurstöður

Mynd-1.-Lykileinkenni-almenna-hafdrekans-P.-taeniolatus-og-alligator-pipefish-S

Mynd 1. Helstu eiginleikar hafdrekans (P. taeniolatus) og krókódípípufisksins (S. biaculeatus) og fylgjufræðilegar stöður þeirra.

Mynd-2.-Formgerð-og-erfðafræðileg-samsetning-blaða-eins-viðhengi-í-almenna-hafdreka-P

Mynd 2. Formgerð og erfðafræðileg samsetning lauflaga viðhengja í hafdreka (P. taeniolatus).

Mynd-3.-Hugsanlegt-kyn-ákvörðunargen-í-almenna-hafdreka-P.-taeniolatus-og-alligator-pipefish-S.-biaculeatus

Mynd 3. Hugsanlegt kynákvörðunargen í algengum sjódreka (P. taeniolatus) og rjúpnafiski (S. biaculeatus).

Mynd.-4

Mynd 4. Svipgerð tönn í koki í scpp5 arfhreinum stökkbreyttum sebrafiskum.


Pósttími: Jan-08-2022

Sendu skilaboðin þín til okkar: