Arfgerð með mikilli afköstum, sérstaklega á stórum stofnum, er grundvallarskref í rannsóknum á erfðatengslum, sem gefur erfðafræðilegan grunn fyrir starfræna genauppgötvun, þróunargreiningu o.s.frv. ) er kynnt til að lágmarka raðgreiningarkostnað á hvert sýni, en viðhalda hæfilegri skilvirkni við uppgötvun erfðamerkja.Þetta er almennt náð með því að draga út takmörkunarbrot innan tiltekins stærðarsviðs, sem er nefnt minnkað framsetningasafn (RRL).Specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-Seq) er sjálfþróuð aðferð fyrir ný SNP uppgötvun og SNP arfgerð stórra stofna.
Tæknilegt vinnuflæði
SLAF vs núverandi RRL aðferðir
Kostir SLAF
Meiri skilvirkni uppgötvunar erfðamerkja– Ásamt afkastamikilli raðgreiningartækni gæti SLAF-Seq náð hundruðum þúsunda merkja sem uppgötvast innan heils erfðamengisins til að uppfylla beiðni fjölbreyttra rannsóknarverkefna, annað hvort með eða án viðmiðunarerfðamengis.
Sérsniðin og sveigjanleg tilraunahönnun- Fyrir mismunandi rannsóknarmarkmið eða tegundir eru mismunandi ensímmeltingaraðferðir fáanlegar, þar á meðal ein-ensím, tví-ensím og fjöl-ensím melting.Meltingarstefna verður formetin í silico til að tryggja ákjósanlega ensímhönnun.
Mikil afköst við ensímmeltingu– Forhönnuð ensímmelting veitir jafnari dreifingu SLAF á litningi.Brotasöfnun skilvirk getur náð yfir 95%.
Forðastu endurtekna röð– Hlutfall endurtekinna raða í SLAF-Seq gögnum minnkar niður í lægra en 5%, sérstaklega í tegundum með mikið magn af endurteknum þáttum, eins og hveiti, maís o.s.frv.
Sjálf þróað lífupplýsingavinnuflæði– BMK þróaði samþætt lífupplýsingavinnuflæði sem á við um SLAF-Seq tækni til að tryggja áreiðanleika og nákvæmni lokaúttaks.
Umsókn um SLAF
Erfðafræðileg tengslakort
Háþéttni erfðafræðilega kortagerð og auðkenning staðsetningar sem stjórna einkennum blóma í Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Tímarit: Garðyrkjurannsóknir Birt: 2020.7
GWAS
Auðkenning á umsóknargeni sem tengist ísófavóninnihaldi í sojabaunafræjum með því að nota tengsl um erfðamengi og kortlagningu tenginga
Tímarit: Plant Journal Birt: 2020.08
Þróunarerfðafræði
Stofnfræðileg erfðafræðigreining og de novo samsetning sýna uppruna illgresishrísgrjóna sem þróunarleiks
Tímarit: Molecular Plant Birt: 2019.5
Bulked Segregant Analysis (BSA)
GmST1, sem kóðar súlfótransferasa, veitir ónæmi fyrir sojabauna mósaík veirustofnum G2 og G3
Tímarit: Plant, Cell&Environment Birt: 2021.04
Tilvísun
Sun X, Liu D, Zhang X, o.fl.SLAF-Seq: skilvirk aðferð til að uppgötva SNP í stórum stíl og arfgerð með því að nota raðgreiningu með mikilli afköstum[J].Plos eitt, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, o.fl.Háþéttni erfðafræðilega kortagerð og auðkenning staðsetningar sem stjórna einkennum blóma í Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, o.fl.Auðkenning á umsóknargeni sem tengist ísóflavóninnihaldi í sojabaunafræjum með því að nota tengsl um erfðamengi og kortlagningu tenginga.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, o.fl.Fólkserfðafræðileg greining og De Novo Assembly sýna uppruna Weedy Rice sem þróunarleiks.Mol Plant.2019;12(5):632-647.Mol Plant.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, o.fl.GmST1, sem kóðar súlfótransferasa, veitir ónæmi fyrir sojamósaíkveirustofnum G2 og G3.Plöntufrumuumhverfi.2021;10.1111/stk.14066
Pósttími: Jan-04-2022