Full-lengd mRNA Sequencing-Nanopore
Þjónustukostir
● Lítil röð hlutdrægni
● Sýnir cDNA sameindir í fullri lengd
● Minni gögn þarf til að ná yfir sama fjölda afrita
● Auðkenning margra ísóforma á hvert geni
● Tjáningarmagngreining á ísóformi
Þjónustulýsingar
| Bókasafn | Pallur | Ráðlagður gagnaafköst (Gb) | Gæðaeftirlit |
| cDNA-PCR(Poly-A auðgað) | Nanopore PromethION P48 | 6 Gb/sýni (fer eftir tegundum) | Hlutfall í fullri lengd＞70% Meðalgæðaeinkunn: Q10
|
Lífupplýsingagreiningar
●Úrvinnsla hrágagna
● Auðkenning afrits
● Önnur splicing
● Tjáningarmagngreining í genastigi og ísóformastigi
● Mismunatjáningargreining
● Aðgerðarskýringar og auðgun (DEG og DET)
Dæmi um kröfur og afhending
Dæmi um kröfur:
Núkleótíð:
| Styrkur (ng/μl) | Magn (μg) | Hreinleiki | Heiðarleiki |
| ≥ 100 | ≥ 0,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Takmörkuð eða engin prótein- eða DNA mengun sýnd á hlaupi. | Fyrir plöntur: RIN≥7,0; Fyrir dýr: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; takmörkuð eða engin grunnhækkun |
Vefur: Þyngd (þurr): ≥1 g
*Fyrir vef sem er minni en 5 mg, mælum við með að senda leifturfrosið (í fljótandi köfnunarefni) vefjasýni.
Frumulausn: Frumufjöldi = 3×106- 1×107
*Við mælum með að senda frosið frumulýsat.Ef sú fruma telur minna en 5×105, Mælt er með leifturfrystum í fljótandi köfnunarefni, sem er æskilegt fyrir örútdrátt.
Blóðsýni: Rúmmál ≥1 ml
Mælt er með sýnishornafhendingu
Ílát: 2 ml miðflóttahólkur (tini er ekki mælt með)
Merking sýnis: Hópur+afrit td A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sending: 2、Þurrís: Pakka þarf sýnum í poka og grafa í þurrís.
- RNA-stöðug rör: Hægt er að þurrka RNA-sýni í RNA-stöðugleikaglasi (td RNAstable®) og senda við stofuhita.
Þjónustuvinnuflæði
Núkleótíð:
Sýnishorn afhending
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
Þjónustuvinnuflæði
Vefur:
Hönnun tilrauna
Sýnishorn afhending
RNA útdráttur
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
1.Mismunatjáningargreining -Volcano plot
Hægt er að vinna mismunatjáningargreiningu bæði á genastigi til að bera kennsl á mismunandi tjáð gen (DEGs) og í ísóformum til að greina mismunað
tjáð afrit (DETs)
2.Stigveldi þyrping hitakort
3.Alternative splicing auðkenning og flokkun
Astalavista getur spáð fyrir um fimm tegundir af öðrum skeytingatburðum.
4.APA (Alternative poly-adenylation) atburðagreining og mótíf við 50 bp andstreymis poly-A
BMK mál
Aðrar samtengingargreiningu og magngreiningu á ísóformi með nanopore í fullri lengd umritaröðun
Birt:Náttúrusamskipti, 2020
Röðunarstefna:
Flokkun: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (K700E stökkbreyting);3. Venjulegar B-frumur
Raðunarstefna: MinION 2D bókasafnsröðun, PromethION 1D bókasafnsröð;stutt lesgögn úr sömu sýnum
Röðunarvettvangur: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
Helstu niðurstöður
1.Isoform-level Alternative Splicing Identification
Langlestar raðir gera auðkenningu á stökkbreyttu SF3B1K700E-breyttir splice staður á ísóform-stigi.35 val 3′SS og 10 val 5′SS reyndust vera marktækt misskipt milli SF3B1K700Eog SF3B1WT.33 af 35 breytingum voru nýuppgötvuð með langlestri röð.
2.Isoform-level Alternative Splicing magngreining
Tjáning intron retention (IR) ísóforma í SF3B1K700Eog SF3B1WTvoru magngreind út frá nanopore röð, sem leiddi í ljós alþjóðlega niðurstýringu IR ísóforma í SF3B1K700E.
Tilvísun
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, o.fl.Útskrift í fullri lengd á SF3B1 stökkbreytingu í langvarandi eitilfrumuhvítblæði sýnir niðurstýringu á geymdum introns [J].Náttúrusamskipti.
