Vörur

Þróunarerfðafræði

Þróunarerfðafræði er pakkað raðgreiningarþjónusta sem er hönnuð til að veita yfirgripsmikla túlkun á þróunarupplýsingum tiltekinna efna sem byggjast á erfðabreytileika, þar á meðal SNP, InDels, SVs og CNVs.Það veitir alla grundvallargreiningu sem þarf til að lýsa þróunarbreytingum og erfðafræðilegum eiginleikum íbúa, svo sem stofngerð, erfðafræðilegan fjölbreytileika, tengslamyndun o.s.frv. Það inniheldur einnig rannsóknir á genaflæði, sem gerir kleift að meta árangursríka stofnstærð, frávikstíma.

Hafðu samband við okkur

Upplýsingar um þjónustu

Niðurstöður kynningar

Dæmirannsókn

Þjónustukostir

Takagi o.fl.,Plöntudagbókin, 2013

● Mat á tegundabilunartíma og hraða byggt á breytileika á kirni og amínósýrustigi
● Afhjúpun á áreiðanlegri fylgjufræðilegu sambandi milli tegunda með lágmarksáhrifum samleitrar þróunar og samhliða þróunar
● Að byggja upp tengsl milli erfðabreytinga og svipgerða til að afhjúpa eiginleikatengd gen
● Mat á erfðafræðilegum fjölbreytileika, sem endurspeglar þróunarmöguleika tegunda
● Hraðari afgreiðslutími
● Víðtæk reynsla: BMK hefur safnað gríðarlegri reynslu af mannfjölda- og þróunartengdum verkefnum í yfir 12 ár, sem nær yfir hundruð tegunda o.s.frv. og hefur lagt sitt af mörkum í yfir 80 verkefnum á háu stigi sem birt eru í Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal o.fl.

Þjónustulýsingar

Efni:

Venjulega er mælt með að minnsta kosti þremur undirstofnum (td undirtegundum eða stofnum).Hver undirstofn ætti að innihalda ekki færri en 10 einstaklinga (Plöntur ＞15, hægt að fækka fyrir sjaldgæfar tegundir).

Röðunarstefna:

* Hægt er að nota WGS fyrir tegundir með hágæða viðmiðunarerfðamengi, en SLAF-Seq á við um tegundir annað hvort með eða án viðmiðunarerfðamengis, eða viðmiðunarerfðamengi af lélegum gæðum.

Gildir fyrir erfðamengi stærð	WGS	SLAF-Tags (×10.000)
≤ 500 Mb	10×/einstaklingur	Mælt er með WGS
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Lífupplýsingagreiningar

● Þróunargreining

● Sértækt sópa

● Genflæði

● Lýðfræðileg saga

● Frávikstími

Dæmi um kröfur og afhending

Dæmi um kröfur:

Tegundir	Vefur	WGS-NGS	SLAF
Dýr	Innyfjuvefur	0,5~1g	0,5g
	Vöðvavefur
	Spendýrablóð	1,5mL	1,5mL
	Alifugla/fiskablóð
Planta	Ferskt lauf	1~2g	0,5~1g
	Krónublað/stilkur
	Rót/fræ
Frumur	Ræktuð fruma

gDNA

Einbeiting
(ng/ul)

Magn

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1,6

1,6-2,5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

Þjónustuvinnuflæði

Hönnun tilrauna

Sýnishorn afhending

Bókasafnsbygging

Röðun

Gagnagreining

Þjónusta eftir sölu

Fyrri: Bulked Segregant greining

Næst: Efnaskipti

*Sýningarniðurstöður sem sýndar eru hér eru allar úr erfðamengi birt með BMKGENE

1. Þróunargreining inniheldur smíði á ættfræðitré, stofngerð og PCA byggt á erfðabreytileika.

Sýkingartré táknar flokkunarfræðileg og þróunarleg tengsl milli tegunda með sameiginlegan forföður.
PCA miðar að því að sjá fyrir sér nálægð milli undirhópa.
Íbúauppbygging sýnir tilvist erfðafræðilega aðgreinds undirhóps hvað varðar tíðni samsæta.

3-1Phyogenetic-tré 3-2 PCA 3-3Íbúauppbygging

Chen, o.fl.al.,PNAS, 2020

2.Sértæk sópa

Sértækt sópa vísar til ferlis þar sem hagkvæm síða er valin og tíðni tengdra hlutlausra vefsvæða er aukin og tíðni ótengdra vefsvæða minnkað, sem leiðir til minnkunar á svæðisbundnum.

Uppgötvun alls staðar á erfðamengi á sértækum sópasvæðum er unnin með því að reikna út erfðavísitölu þýðis (π，Fst, Tajima's D) allra SNP innan rennandi glugga (100 Kb) í ákveðnu skrefi (10 Kb).

Núkleótíð fjölbreytileiki (π）
4Núkleótíð-fjölbreytileiki(π）

Tajima's D
5Tajima's-D

Fixation index (Fst)

6Fixation-index(Fst)

Wu, et.al.,Sameindaplanta, 2018

3.Gene Flow

7Genflæði

Wu, et.al.,Sameindaplanta, 2018

4.Lýðfræðisaga

8Lýðfræði-saga

Zhang, o.fl.al.,Náttúruvistfræði og þróun, 2021

5.Frávikstími

9Frávikstími

Zhang, o.fl.al.,Náttúruvistfræði og þróun, 2021

BMK mál

Erfðafræðilegt afbrigðiskort veitir innsýn í erfðafræðilegan grunn vorkínakáls (Brassica rapa ssp. Pekinensis) val.

Birt: Sameindaplanta, 2018

Röðunarstefna:

Endurröðun: Dýpt raðgreiningar: 10×

Helstu niðurstöður

Í þessari rannsókn voru 194 kínversk kál unnin til endurröðunar með meðaldýpt 10×, sem gaf 1.208.499 SNP og 416.070 InDels.Fræðslugreining á þessum 194 línum sýndi að þessum línum má skipta í þrjár vistgerðir, vor, sumar og haust.Þar að auki benti stofnuppbygging og PCA greining til þess að vorkínakál væri upprunnið úr haustkáli í Shandong í Kína.Þessar voru í kjölfarið kynntar til Kóreu og Japan, krossaðar við staðbundnar línur og sumar afbrigði af þeim sem seint boltuðu voru kynntar aftur til Kína og urðu loks að vorkínverska káli.

Erfðamengisskönnun á kínverska vorkáli og haustkáli við val leiddi í ljós 23 erfðafræðilega staði sem hafa farið í gegnum öflugt val, þar af tveir sem skarast með boltatíma stjórnandi svæði byggt á QTL-kortlagningu.Þessi tvö svæði reyndust innihalda lykilgen sem stjórna flóru, BrVIN3.1 og BrFLC1.Staðfest var að þessi tvö gen tækju þátt í boltatíma með umritunarrannsóknum og erfðabreyttum tilraunum.

PB-full-lengd-RNA-Sequencing-tilviksrannsókn

Mannfjöldagreining á kínakáli

Erfðafræðilegar upplýsingar um val á kínverska káli

Tilvísun

Tongbing o.fl."Erfðafræðileg afbrigðiskort veitir innsýn í erfðafræðilegan grunn vorkínverska hvítkáls (Brassica rapa ssp.pekinensis) úrval."Sameindaplöntur,11(2018):1360-1376.