Pallur | Bókasafnsstærð | Fræðileg gagnaafköst (á hólf) | Nákvæmni á einum grunni | Umsóknir |
Nanopore | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90Gb/klefi | 85-92% | SV-kall, De novo, raðgreining í fullri lengd, Iso-Seq, genaskýring, Greining á DNA metýleringu |
● Yfir 5 ára reynsla á PacBio raðgreiningarvettvangi með þúsundum lokaðra verkefna með ýmsum tegundum.
● BMKGENE er opinber samstarfsaðili Oxford Nanopore, með tvískiptur RNA/DNA vottun.
● Það eru til almennar gerðir af röðunartækjum með fullkomnum búnaði og nægilegu raðafköstum.
● Byggt á Nanopore vettvangnum hafa meira en 10 dýra- og plönturannsóknir frá Denovo verið birtar í alþjóðlega þekktum tímaritum.
Tegund sýnis | Magn | Styrkur (Qubit ®) | Bindi | Hreinleiki | Aðrir |
Erfðafræðilegt DNA | Fer eftir gagnaþörf | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230≥1,5; Tær toppur við 260 nm, engin mengun | Mæla þarf styrk með Qubit og Qubit/Nanopore ≤ 2 |
Heildar RNA | ≥1,2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5; engin mengun | RIN gildi ≥7,5 |
Gagnagæðamat á DNA sýni
Tafla 1. Tölfræði um hrein gögn.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | hreinnN50Len | hreinnN90Len | hreinnMeanLen | hreinnMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25,90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Gagnagæðamat á RNA sýni
Tafla 1. Tölfræði um hrein gögn.
Skráarnafn | Auðkenni viðskiptavinar | ReadNum | GrunnNum | N50 | Meðallengd | MaxLength | MeanQscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Q12 |
Mynd 1. Leslengdardreifing
Mynd 2. Dreifing gæðastigs hreinna gagna
Mynd 3. Lengd og gæðastigsdreifing hreinna gagna