Endurraðgreining á heilu erfðamengi baktería og sveppa er mikilvægt tæki til að fullkomna erfðamengi þekktra baktería og sveppa, sem og til að bera saman mörg erfðamengi eða kortleggja erfðamengi nýrra lífvera.Það er afar mikilvægt að raða heilu erfðamengi baktería og sveppa til að búa til nákvæm viðmiðunarerfðamengi, gera örveruauðkenningu og aðrar samanburðarrannsóknir á erfðamengi.