Ngwaahịa

Usoro ihe ọkụkụ/anụmanụ dum genome

Ihe onyonyo egosipụtara n'usoro ihe ọkụkụ/anụmanụ dum

Usoro nhazigharị genome dum, nke a makwaara dị ka WGS, na-enyere aka ikpughe ma mmụgharị nkịtị na nke na-adịghị ahụkebe na genome niile gụnyere Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Nhichapụ ntinye (InDel), mgbanwe nhazi (SV), na Ụdị Ntugharị nọmba (CNV). ).SV na-eme ka akụkụ dị ukwuu nke isi mgbanwe dị iche iche karịa SNP ma nwee mmetụta dị ukwuu na genome, nke nwere mmetụta dị ukwuu na ihe ndị dị ndụ.Ịgụgharị ogologo oge na-enye ohere ịmatakwu nkenke nke nnukwu iberibe na ọdịiche dị mgbagwoju anya n'ihi na ogologo oge na-agụ na-eme ka ọ dịkwuo mfe ịgafe chromosomal na mpaghara mgbagwoju anya dị ka tandem na-emegharị, GC/AT-ọgaranya mpaghara, na mpaghara hyper-variable.

Platform: Illumina, PacBio, Nanopore

Kpọtụrụ anyị

Nkọwa ọrụ

Nsonaazụ ngosi

Mbipụta egosipụtara

1.Uru ọrụ

Ahụmịhe sara mbara na usoro genome maka ụdị 1000 karịrị.

Ihe karịrị ikpe 800 ebipụtara nwere mmetụta mkpokọta ihe karịrị 4000.

Nyocha bioinformatics zuru oke na ọkpụkpọ mgbanwe na nyocha ọrụ.

2. Nkọwa ọrụ

Platform		Ụlọ akwụkwọ	Omimi seq akwadoro
Illumina		PE 150	Maka SNP, InDel na-akpọ ≥ 10x Maka SV, CNY na-akpọ ≥ 30x
Nanopore		8 nkb	Maka SV, CNY na-akpọ ≥ 20x
Pacbio	CCS	15kb	Maka ịkpọ oku SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x

3. Ihe atụ chọrọ

Platform		Conc.(ng/μL)	Ọnụ ego (ng)	Ịdị ọcha		Agarose gel
				OD260/280	OD260/230	1. Kpochapụ isi band na enweghị ma ọ bụ okemmebi nke a na-ahụ na gel. 2. Enweghị ma ọ bụ oke RNA ma ọ bụ mmetọ protein
Illumina		≥1	≥30	-	-
Nanopore		≥30	Na-adabere na ntinye data 10μg / cell	1.7-2.2	≥1.5
Pacbio	CCS	≥50		1.7-2.2	1.8-2.5

4. Nyocha ihe ọmụma bioinformation

5. Usoro ọrụ ọrụ

Nbufe ihe atụ

Mwepụta DNA

Ịrụ ụlọ akwụkwọ

Usoro

Nyocha data

Nnyefe data

Nke gara aga: BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome

Osote: Usoro RNA otu nucleus

1) Ọnụọgụ nke Genome Mapping

Tebụl 1 Ndekọ nke nsonaazụ eserese

Ọgụgụ 1 Nkesa nke ntinye nha ma gụọ mkpuchi.

2) Nchọpụta dị iche iche

Ọgụgụ 2 Ndekọ ọnụ ọgụgụ na nkọwa nke SNP/INDEL/SV n'etiti ihe atụ

Ọgụgụ 3 Genome-obosara nkesa nke vatiations

3) Nkọwa ọrụ dị iche iche

2019	Nkwukọrịta okike	Nhazi nke genome zuru oke na-ekpughe mmalite Brassica napus na mkpụrụ ndụ ihe nketa na-etinye aka na nkwalite ya
2020	PNAS	Mmalite evolushọn na akụkọ ihe mere eme nke azụ azụ (Carassius auratus)
2021	Akwụkwọ akụkọ ihe ọkụkụ nke biotechnology	Ntụaka mkpụrụ ndụ ihe nketa nke ụdị jute abụọ a kụrụ
2021	Akwụkwọ akụkọ ihe ọkụkụ nke biotechnology	mbinye aka genomic nke akwukwo nri na mmanụ mmanụ allopolyploid Brassicajuncea na mkpụrụ ndụ ihe nketa na-achịkwa mkpokọta glucosinolates.
2019	Osisi Molecular	Mkpokọta mkpụrụ ndụ ihe nketa zuru ụwa ọnụ nke mbịakọta mkpụrụ n'ike n'ike na-ekpughe ndabere mkpụrụ ndụ ihe nketa nke ụdị ọdịdị ha dị iche.
2022	Nnyocha Horticulture	Ntụle njikọ gbasara genome na-enye nleba anya nke mkpụrụ ndụ n'ụdị dị iche iche nke oke mkpụrụ anyụ
2021	Akwụkwọ akụkọ nke Experimental Botany	Ọmụmụ ihe gbasara mkpokọta genome na-achọpụta ụdị dị iche iche nke GhSAD1 na-enye nnabata oyi na owu.
2021	Akwụkwọ akụkọ nke Experimental Botany	Ọmụmụ ihe gbasara mkpokọta genome na ntụnyere transcriptome na-ekpughe QTL ọhụrụ na mkpụrụ ndụ ihe nketa na-achịkwa nha petal n'ime mkpụrụ n'ike.