GENOME niile chọrọ
Ụdị dị iche iche nke ndị China na mmetụta ha na phenotypes, ọrịa na mmegharị ọnụ ọgụgụ mmadụ
Nanopore |PacBio |Nhazi genome dum |Ịkpọ mgbanwe ihe owuwu
N'ime ọmụmụ ihe a, Biomarker Teknụzụ nyere usoro Nanopore PromethION.
Isi ihe
N'ime ọmụmụ ihe a, ekpughere n'ozuzu ọdịdị ọdịdị nke ụdị nhazi (SVs) na genome mmadụ site n'enyemaka nke usoro ọgụgụ ogologo oge na Nanopore PromethION platfrom, nke na-eme ka nghọta nke SV dị omimi na phenotypes, ọrịa na evolushọn.
Nleba anya
Ihe nlele: leukocytes ọbara dị n'akụkụ nke ndị China 405 na-enweghị njikọ (ụmụ nwoke 206 na ụmụ nwanyị 199) nwere nha 68 phenotypic na ụlọ ọgwụ.N'ime mmadụ niile, mpaghara ndị nna nna nke mmadụ 124 bụ ógbè dị na North, nke mmadụ 198 bụ South, 53 bụ SouthWest na 30 amaghị.
Usoro usoro usoro: Usoro genome dum ogologo ọgụgụ (LRS) nwere Nanopore 1D na-agụ yana PacBio HiFi na-agụ.
Usoro nhazi usoro: Nanopore PromethION;PacBio Sequel II
Ọkpọ oku mgbanwe nhazi
Ọgụgụ 1. Usoro ọrụ nke ịkpọ oku na nzacha SV
Isi ihe rụzuru
Nchọpụta mgbanwe nhazi na nkwado
Nanopore dateset: Na mkpokọta 20.7 Tb dị ọcha ewepụtara na ikpo okwu usoro usoro PromethION, na-enweta nkezi nke 51 Gb data n'otu nlele, ihe dị ka.17 - okpukpu n'ime omimi.
Ntụaka genome alignment(GRCh38): E nwetara nkezi ọnụego eserese eserese nke 94.1%.Ọnụego mperi pụtara (12.6%) yiri nke ọmụmụ benchmarking gara aga (12.6%) (Foto 2b na 2c)
Ọkpụkpụ mgbanwe (SV) na-akpọ: Ndị na-akpọ SV etinyere na ọmụmụ ihe a gụnyere Sniffles, NanoVar na NanoSV.A kọwapụtara SV nwere ntụkwasị obi dị elu dị ka SV nke ma ọ dịkarịa ala ndị na-akpọ oku abụọ mara ma nyefee nzacha na omimi, ogologo na mpaghara.
Nkezi nke 18,489 (site na 15,439 ruo 22,505) SV nwere ntụkwasị obi dị elu ka amapụtara na nlele ọ bụla.(Foto 2d, 2e na 2f)
Ọgụgụ 2. Okirikiri ala SV n'ozuzu ya nke Nanopore dataset chọpụtara
Nkwado site na PacBio: SV nke achọpụtara n'otu nlele (HG002, nwa) bụ dataset PacBio HiFi kwadoro.Ọnụego nchọpụta ụgha n'ozuzu (FDR) bụ 3.2%, na-egosi njirimara SV nke Nanopore na-agụ.
SV ndị na-adịghị akwụghachi ụgwọ yana njirimara genomic
SV ndị na-adịghị akwụ ụgwọ: E nwetara 132,312 SV na-adịghị akwụ ụgwọ site na ijikọ SV na nlele niile, nke gụnyere 67,405 DELs, 60,182 INSs, 3,956 DUPs na 769 INVs.(Foto nke 3a)
Tụnyere n'ụkpụrụ dataset SV dị adị: atụnyere ihe nkesa data a na TGS ma ọ bụ NGS ebipụtara.N'ime ihe ndekọ data anọ atụnyere, LRS15, nke bụkwa naanị dataset sitere na ikpo okwu usoro ọgụgụ ogologo oge (PacBio) kesara nnukwu ihe ndakọrịta na dataset a.Ọzọkwa, 53.3% (70,471) nke SV na dataset a ka akọọrọ maka oge mbụ.Site n'ileba anya n'ụdị SV nke ọ bụla, ọnụọgụ INS enwetara nwere usoro dataset ogologo ọgụgụ buru ibu karịa nke ndị ọzọ na-agụ mkpụmkpụ, na-egosi na usoro ọgụgụ ogologo na-arụ ọrụ nke ọma na nchọpụta INS.(Foto nke 3b na 3c)
Ọgụgụ 3. Njirimara nke SV na-adịghị akwụ ụgwọ maka ụdị SV ọ bụla
Njirimara Genomic: Achọpụtara ọnụọgụ SV nke ukwuu na ogologo chromosome.E gosipụtara nkesa nke mkpụrụ ndụ ihe nketa, ikwugharị, DEL (green), INS (acha anụnụ anụnụ), DUP (odo) na INV (oroma) na eserese Circos, bụ ebe a na-ahụ mmụba n'ozuzu na SV na njedebe nke ogwe aka chromosome.(Foto nke 3d na 3e)
Ogologo SVs: Achọpụtara ogologo INS na DEL dị mkpụmkpụ karịa nke DUPs na INV, nke kwenyere na ndị PacBio HiFi dataset kwuru.Ogologo SV niile achọpụtara agbakwunyere ruo 395.6 Mb, nke ji 13.2% nke mkpụrụ ndụ ihe nketa mmadụ niile.Ndị SV metụtara 23.0 Mb(ihe dị ka 0.8%) nke genome maka onye ọ bụla na nkezi.(Foto nke 3f na 3g)
Mmetụta arụmọrụ, phenotypical na ụlọ ọgwụ nke SV
Akọwapụtara n'efu ọrụ(pLoF) SVs: pLoF SV ka akọwara dị ka SVs na CDS na-emekọrịta ihe, ebe ehichapụrụ nucleotides nzuzo ma ọ bụ gbanwee ORF.Na mkpokọta 1,929 pLoF SV nke na-emetụta CDS nke mkpụrụ ndụ ihe nketa 1,681 ka edechara.N'ime ndị ahụ, mkpụrụ ndụ ihe nketa 38 gosipụtara "njikọ nnabata immunoglobulin" na nyocha nkwalite GO.GWAS, OMIM na COSMIC depụtara pLoF SV ndị a n'otu n'otu.(Foto nke 4a na 4b)
Phenotypically na SV nke metụtara ụlọ ọgwụ: Ọtụtụ SV na nanopore dataset gosiri na ọ bụ phenotypically na mkpa ụlọ ọgwụ.Achọpụtara heterozygous DEL na-adịghị ahụkebe nke 19.3 kb, nke a maara na-akpata alfa-thalassemia, n'ime mmadụ atọ, bụ nke na-adịghị arụ ọrụ mkpụrụ ndụ ihe nketa nke Hemoglobin Subunit Alpha 1 na 2 (HBA1 na HBA2).DEL ọzọ nke 27.4kb na mkpụrụ ndụ ihe nketa haemoglobin Subunit Beta(HBB) ka achọpụtara n'ime onye ọzọ.A mara SV a ka ọ na-ebute hemoglobinopathies siri ike.(Foto nke 4c)
Ọgụgụ 4. pLoF SV ndị metụtara phenotypes na ọrịa
Ahụrụ DEL nke 2.4 kb nkịtị na 35 homozygous na 67 heterozygous ebu, nke na-ekpuchi mpaghara zuru oke nke 3rd exon nke Growth Homone Receptor (GHR).Ahụrụ ndị na-ebu homozygous dị mkpụmkpụ karịa ndị heterzygous (p=0.033).(Foto nke 4d)
Ọzọkwa, a haziri SV ndị a maka ọmụmụ evolushọn ọnụ ọgụgụ mmadụ n'etiti mpaghara mpaghara abụọ: North na South China.Achọpụtara SV dị iche iche na-ekesa na Chr 1, 2, 3, 6,10,12,14 na 19, n'ime nke a jikọtara ndị kachasị na mpaghara mgbochi, dị ka IGH, MHC, wdg. Ọ bụ ihe ezi uche dị na ya ịkọwa na ndịiche dị na SV ndị a nwere ike n'ihi mkpagharị mkpụrụ ndụ ihe nketa na ikpughe ogologo oge na mpaghara dị iche iche maka ndị bi na China.
Ntụaka
Wu, Zhikun, et al."Ọdịiche dị iche iche nke ndị China na mmetụta ha na phenotypes, ọrịa na mmegharị ọnụ ọgụgụ mmadụ."bioRxiv(2021).
Akụkọ na isi ihe Ebumnuche iji Biomarker Teknụzụ kekọrịta ikpe kachasị ọhụrụ na-aga nke ọma, na-ewepụta mmezu sayensị ọhụụ yana usoro ama ama etinyere n'oge ọmụmụ ihe ahụ.
Oge nzipu: Jan-06-2022