GENOME EVOLUTION
okike
Mkparịta ụka
Usoro genome na-ekpughe ụzọ mgbasa ozi zuru ụwa ọnụ ma na-atụ aro mgbanwe mgbanwe mkpụrụ ndụ ihe nketa na mmalite nke oké osimiri.
PacBio |Illumina |Hi-C |WGS |Mkpụrụ ndụ dị iche iche |Akụkọ igwe mmadụ |Usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa
Teknụzụ Biomarker nyere usoro Pacbio, mgbakọ genome de novo na ọrụ nkọwa.
Isi ihe
1.A high quality chromosome-level seahorse (Hippocampus erectus) genome na contig N50 nke 15.5 Mb nwetara.
2.A ngụkọta nke 358 genomes si n'ụwa nile 21 ụdị oké osimiri ka e resequenced.
3.Seahorses malitere na mbubreyo Oligocene na ụzọ ndị na-esote circubal colonization ka a na-achọpụta ma jikọta ya na mgbanwe mgbanwe na mmiri mmiri na paleotemporal seaway oghere.
4.The mkpụrụ ndụ ihe ndabere ndabere nke ugboro ugboro "ọkpụkpụ spines" phenotype na-eme mgbanwe na-ejikọta ya na nnọchi nke onwe ya na mkpụrụ ndụ mmepe isi.
5.Rafting via oké osimiri iyi na-akwụ ụgwọ maka ogbenye mgbasa na ngwa ngwa mmegharị mmemme colonizing ọhụrụ ebe obibi.
Mmezu
Fig. 1 Ụdị dị iche iche nke mkpụrụ ndụ ihe nketa na mmekọrịta phylogenetic nke ụdị 358 oké osimiri.
aEbe nlele mpaghara maka ịnya ụgbọ mmiri atụpụtara nwere ụkpụrụ nke nucleotide diversity (π) nke ụdị ịnyịnya mmiri 21 gafere chromosomes 22.b Osisi agbataobi ejiri SNP nwere genome-obosara nke inyinya mmiri 358 wuru.Akara ntụtụ ebe dị na (a) na n'azụ alaka na (b) kwekọrọ na ibe ya.
Fig. 2 Ịchịkọta na akụkọ ihe mere eme nke igwe mmiri nke oké osimiri
aAtụmatụ osisi phylogenetic na oge dị iche iche maka ụdị oké osimiri 21.Ọkpụrụkpụ ahịrị alaka ahụ dabara na atụmatụ nha ndị mmadụ (Ne) na agba na-egosi usoro ọmụmụ dị iche iche.Akara I–III na-egosi akara nzizi.b–d ụzọ mkpirisi agbagoro amụma (akụ na-acha agba) nke ụgbọ mmiri dabere na oge mgbanwe, nkesa, mmemme vicariance, na oke osimiri (akụ ọcha).b Akụkụ Indo-Australian bụ ebe etiti mmalite (akara uhie) nke genus Hippocampus tupu ịnya oké osimiri ekewapụta ma gbasasịa n'ụwa niile 18–23 Ma.c Seahorses bu ụzọ weghaara Oke Osimiri Atlantic site na oghere Tethyan, nke, ka emechiri ya (Ihe omume njedebe n'oge 7–13 Ma), kewapụrụ usoro ọmụmụ Tethyan a na agbụrụ nwanne nwanyị Indian Ocean.Nke ikpeazụ, emesịa gbasawanye ngwa ngwa (akara edo edo) n'Oké Osimiri Arebia, na-ewepụta etiti nke abụọ nke oke osimiri dị iche iche.d A nke abụọ oké osimiri colonization omume nke Atlantic Ocean sitere na Indian Ocean banyere 5Ma site na-agafe na South Africa n'ọnụ, na n'ikpeazụ rutere East Pacific Ocean site na ka na-emeghe Panama seaway odika 3.6 Ma.
Fig. 3 Gene eruba na mgbanwe na ọnụ ọgụgụ ndị dị irè
aAchọpụtara mkpụrụ ndụ ihe nketa n'etiti ụdị ndị bi na South Atlantic Ocean.A na-egosi nrịba mkpụrụ ndụ n'akụkụ ahịrị ọcha dị ka ọnụego mbugharị nke G-PhoCS wepụrụ.Ọkpụrụkpụ na ntụzịaka nke akụ ndị ahụ kwekọrọ na ọnụego na ntụzịaka nke usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa, n'otu n'otu.b Mgbanwe na nha ọnụọgụgụ dị irè site na PSMC.Axis x na-anọchi anya oge n'ime afọ gara aga ebe axis y na-anọchi anya ọnụ ọgụgụ ndị na-arụ ọrụ nke ọma.A na-ahazi chaatị ndị ahụ tumadi dabere na nkesa mpaghara maka ụdị nke ọ bụla nwere mpaghara nkesa dị iche iche.c Mgbanwe ọkwa oke osimiri n'ime afọ otu nde gara aga na mita 33.Ahịrị edo edo na-egosi ọnụ elu interglacial ikpeazụ zuru ụwa ọnụ ebe ndo cyan na-egosi oge kacha glacial ikpeazụ.
Fig. 4 The evolushọn nke spines.
aN'aka ekpe, Osisi dị iche iche na-egosipụta mmalite mmalite nke spines na ịnyịnya oké osimiri.Ogologo alaka ụlọ ọrụ na-egosi ọnụọgụ ngbanwe n'otu saịtị.A na-eme ka ụdị ịnyịnya oké osimiri anọ na-acha anụnụ anụnụ pụta ìhè.Alaka ndị dị arọ dabara na ọnụ ahịa dị elu nke nnọchi ndị na-abụghị ndị na-enweghị aha-na-otu (dN/dS) maka mkpụrụ ndụ bmp3.Canonical na generalized McDonald na Kreitman test (MKT) maka bmp3 gene e mere maka ụdị nwanyị atọ pairwise nwere iche iche spiny na ndị na-abụghị spiny atụmatụ pụta ìhè site ndabere agba, onye pụtara ọkwa nke e gosiri site p uru na-acha anụnụ anụnụ na-acha uhie uhie font, otu.N'aka nri, ntụnyere ngbanwe amino acid na bmp3 protein, polymorphic na ihe ngbanwe dị n'ịnyịnya oké osimiri spiny ka ejiri okirikiri uhie na acha anụnụ anụnụ gosipụtara.b Nkesa nke ụkpụrụ dN/dS na bmp3 n'ime ụgbọ mmiri na-agba agba ma e jiri ya tụnyere ụdị ndị na-abụghị nke spiny.c evolushọn nke nọọrọ onwe ya n'ime osisi phylogenetic arụgharịrị maka protein nke bmp3 debere.d Njikota nke bmp3 n'onodu ebe di na Hippocampus erectus.
Ntụaka
Li C et al.Usoro genome na-ekpughe ụzọ mgbasa ozi zuru ụwa ọnụ ma na-atụ aro mgbanwe mgbanwe mkpụrụ ndụ ihe nketa na mmalite nke oké osimiri.Nat Commun.2021 Febụwarị 17;12(1):1094 .
Akụkọ na isi ihe Ebumnuche iji Biomarker Teknụzụ kekọrịta ikpe kachasị ọhụrụ na-aga nke ọma, na-ewepụta mmezu sayensị ọhụụ yana usoro ama ama etinyere n'oge ọmụmụ ihe ahụ.
Oge nzipu: Jan-06-2022