GWAS
Isiokwu: Nhazi nke genome niile na-ekpughe mmalite Brassica napus na mkpụrụ ndụ ihe nketa na-etinye aka na nkwalite ya.
Akwụkwọ akụkọ: Nkwukọrịta okike
NGS |WGS |Na-achọgharị |GWAS |transcriptome |RNAseq |Brassica napus |Evolution |Ụlọ
N'ime ọmụmụ ihe a, Biomarker Teknụzụ nyere Ọrụ na usoro NGS, yana nkwado teknụzụ na nyocha bioinformatics na data nhazi usoro.
ndabere
Brassica napus(ndina n'ike) bụ mkpụrụ osisi mmanụ dị mkpa na ezigbo ihe nlereanya maka nyocha usoro nke nkọwapụta polyploid, evolushọn na nhọrọ.Otú ọ dị, ma ụdị anụ ọhịa ma ọ bụ ndị na-enye onyinye ụlọ bụ ndị nne na nna na mkpụrụ ndụ ihe nketa ndị nyere aka n'ime ụlọ na imeziwanye mkpụrụ n'ike n'ike ka amabeghị.
Akụrụngwa na ụzọ
Akụrụngwa:588B. afọndị sonyere na ọmụmụ ihe a gụnyere 466 sitere na Eshia, 102 sitere na Europe, 13 sitere na North America, na 7 si Australia.Dabere na ndekọ àgwà uto, ihe ndị a kewara n'ime ecotypes atọ;mmiri (86 accessions), oyi (74 accessions), na ọkara-oyi (428 accessions).
Usoro:Nkezi ihe ruru.5× (site na 3.37× ruo 7.71×)
Usoro nhazi usoro:Illumina Hiseq 4000
Mmepụta data:4.03 Tb data dị ọcha
SNP na-akpọ:BWA + GATK.5,294,158 SNP na 1,307,151 InDels nwetara.
Nsonaazụ
Mmalite nke B. napus
B. afọA subgenome sitere na nna nna nke European turnip.Ihe omume na-eruba mkpụrụ ndụ ihe nketa site na tonip Europe ruo naB. napus A subgenome mere ~106–1170 afọ gara aga.B. afọC subgenome nwere ike isite n'aka nna ochie nke usoro ọmụmụ ndị a.Nna nna nkeB. afọkewara site na nna nna nkịtị nke ụdị anọ B. oleracea, nwere mkpụrụ ndụ ihe nketa na-adịbeghị anya na-abanyeB. afọ~ 108-898 afọ gara aga.B. afọC subgenome nwere mmalite dị mgbagwoju anya karịa A Subgenome.Ọkpụkpụ siri ike mepụtara na subgenom abụọ abụọ n'ogeB. afọevolushọn.Oge oyi na ọkara-oyiB. afọecotypes gbanwere ~ 60 afọ gara aga, ebe oyi na mmiriB. afọdiverged ~ 416 afọ gara aga, na mmanụ na-abụghị mmanụB. afọgbanwere ~ 277 afọ gara aga.
Fig. 2 Ọdịdị ọnụ ọgụgụ mmadụ nke 588 B. napus accessions na 199 nke B. rapa accessions.
Fig. 3 Ọdịdị ọnụ ọgụgụ mmadụ nke 588 B. napus accessions na 119 nke B. oleracea accessions
Ngosipụta nhọrọ na ọmụmụ ihe gbasara mkpokọta Genome.
N'oge ọkwa mbụ nke nkwalite (FSI), ụdị dị iche iche nke mkpụrụ ndụ ihe nketa furu efu na subgenome B. napus C karịa na A subgenome.Obere ihe dị iche iche nke mkpụrụ ndụ ihe nketa mere n'oge FSI karịa n'oge nkwalite nke abụọ (SSI).A na-eme ka mkpụrụ ndụ ihe nketa dị na mpaghara mgbaama nhọrọ SSI na nnabata nrụgide, mmepe na ụzọ metabolic.60 loci jikọtara nke ọma na njirimara ebumnuche iri, gụnyere 5 metụtara mkpụrụ osisi, 3 ruo ogologo silique, 4 na ọdịnaya mmanụ, yana 48 maka ịdị mma mkpụrụ.
Fig. 4 Nyocha nke genome-wide na nkọwa nke mpaghara ahọpụtara n'oge SSI nke B. napus
Nyocha transcriptome
Ihe data RNAseq nke anụ ahụ 11 sitere na mmanụ dị elu na ihe ọkụkụ dị okpukpu abụọ na obere mmanụ na-emepụta ihe na-emepụta mkpụrụ ndụ ihe nketa metụtara glucosinolate biosynthetic usoro bụ nke a na-anọchi anya nke ọma.
Fig. 5 Nchịkọta nke iwu oge okooko n'okpuru nhọrọ nke ecotype mma nke B. napus
Mkparịta ụka
Ọmụmụ ihe a nyere ihe bara uru maka ịghọta mmalite na nkwalite akụkọ ihe mere eme nkeB. afọma ga-eme ka ikewasa mkpụrụ ndụ ihe nketa nke àgwà mgbagwoju anya agronomic dị mkpa.SNP dị ịrịba ama jikọtara ya na ụdị dị mma, akara nhọrọ na mkpụrụ ndụ ihe nketa ga-atụnye ụtụ n'ọdịnihu, ọkachasị n'ịkwalite mkpụrụ, ogo mkpụrụ, ọdịnaya mmanụ, na ngbanwe nke ihe ubi allopolyploid na ndị ikwu ya na nso nso a.
Ntụaka
Nhazi nke genome zuru oke na-ekpughe mmalite Brassica napus na mkpụrụ ndụ ihe nketa na-etinye aka na nkwalite ya[J].Nkwukọrịta okike, 2019, 10 (1).
Akụkọ na isi ihe Ebumnuche iji Biomarker Teknụzụ kekọrịta ikpe kachasị ọhụrụ na-aga nke ọma, na-ewepụta mmezu sayensị ọhụụ yana usoro ama ama etinyere n'oge ọmụmụ ihe ahụ.
Oge nzipu: Jan-05-2022