Usoro Metagenomic-Nanopore
Uru ọrụ
● Mgbakọ dị elu-Ịkwalite izi ezi nke njirimara ụdị na amụma mkpụrụ ndụ ihe na-arụ ọrụ
● Mwepu genome nke nje mechiri emechi
● Ngwa siri ike na ntụkwasị obi na mpaghara dị iche iche, dịka nchọpụta nke microorganisms pathogenic ma ọ bụ mkpụrụ ndụ ihe nketa metụtara nje.
● Nyocha metagenome atụnyere
Nkọwapụta ọrụ
| Platform | Usoro | Data akwadoro | Oge ntụgharị |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 ụbọchị ọrụ |
Nyocha bioinformatics
● Njikwa ogo data raw
● Mgbakọ metagenome
● Setịpụ mkpụrụ ndụ ihe nketa na nkọwapụta
● Nyocha ụdị dị iche iche
● Nyocha ụdị ọrụ mkpụrụ ndụ ihe nketa
● Nyocha n'etiti otu
● Nyocha mkpakọrịta megide ihe nnwale
Ihe nlele chọrọ na nnyefe
Ihe atụ chọrọ na nnyefe
Ihe atụ chọrọ:
MakaDNA wepụ:
| Ụdị Nlereanya | Ọnụ ego | Ntinye uche | Ịdị ọcha |
| DNA wepụ | 1-1.5 μg | 20 ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
Maka ihe atụ gburugburu ebe obibi:
| Ụdị ihe atụ | Usoro nlele akwadoro |
| Ala | Ọnụ ego nlele: ihe ruru.5 g;Ọ dị mkpa ka ewepụ ihe fọdụrụ akpọnwụ n'elu;Ghichaa nnukwu iberibe ma gafee nzacha 2 mm;Ihe nlele Aliquot na EP-tube ma ọ bụ cyrotube na-adịghị mma maka ndoputa. |
| Mpekere | Ọnụ ego nlele: ihe ruru.5 g;Chịkọta ma were ihe atụ na EP-tube ma ọ bụ cryotube na-adịghị mma maka ndoputa. |
| Ihe dị n'ime eriri afọ | Ekwesịrị ịhazi ihe nlele n'okpuru ọnọdụ aseptic.Jiri PBS saa anụ ahụ anakọtara;Centrifuge PBS ma kpokọta ihe na-asọpụta na EP-tube. |
| Sludge | Ọnụ ego nlele: ihe ruru.5 g;Chịkọta ma were ihe nlele sludge dị na EP-tube ma ọ bụ cryotube na-adịghị mma maka ndoputa |
| Mmiri mmiri | Maka ihe nlele nwere obere obere microbial, dị ka mmiri mgbata, mmiri olulu mmiri, wdg, Na-anakọta ma ọ dịkarịa ala mmiri 1 L wee gafee nzacha 0.22 μm iji mee ka microbial dị na akpụkpọ ahụ.Chekwaa akpụkpọ ahụ na tube na-adịghị mma. |
| Akpụkpọ anụ | Jiri nlezianya hichaa elu akpụkpọ ahụ site na iji swab na-adịghị mma ma ọ bụ agụba ịwa ahụ ma tinye ya na tube na-adịghị mma. |
Nnyefe nlele akwadoro
Debe ihe nlele ahụ na nitrogen mmiri mmiri maka awa 3-4 ma chekwaa na nitrogen mmiri mmiri ma ọ bụ -80 ogo na ndoputa ogologo oge.Achọrọ mbupu ihe atụ na ice-akọrọ.
Usoro ọrụ ọrụ
Nbufe ihe atụ
Ịrụ ụlọ akwụkwọ
Usoro
Nyocha data
Mgbe-ire ọrụ
1.Heatmap: Ụyọkọ akụ na ụba
2.Functional mkpụrụ ndụ ihe nketa nkọwa na KEGG metabolic ụzọ
3.Species njikọ netwọk
4.Circos nke CARD ọgwụ mgbochi mkpụrụ ndụ ihe nketa
Okwu BMK
Nanopore metagenomics na-enyere aka nyocha ụlọ ọgwụ ngwa ngwa nke nje na-efe efe dị ala nke iku ume
Ebipụtara:Nature Biotechnology, 2019
Ihe ngosi nka
Usoro: Nanopore MinION
Metagenomics bioinformatics Clinical: Mbelata DNA nke onye ọbịa, nyocha WIMP na ARMA
Nchọpụta ngwa ngwa: awa 6
Mmetụta dị elu: 96.6%
Nsonaazụ igodo
N'afọ 2006, ọrịa iku ume ala (LR) kpatara ọnwụ nde mmadụ 3 n'ụwa niile.Usoro a na-ahụkarị maka nchọpụta ọrịa LR1 bụ ịkọ ihe ọkụkụ, nke na-enwe mmetụta na-adịghị mma, ogologo oge na-atụgharị oge na enweghị nduzi na ọgwụgwọ ọgwụ nje mbụ.Nchọpụta ngwa ngwa na nke ziri ezi nke microbial abụwo mkpa ngwa ngwa ogologo oge.Dr. Justin sitere na Mahadum East Anglia na ndị mmekọ ya rụpụtara usoro metagenomic nke Nanopore nke ọma maka ịchọpụta ọrịa.Dị ka usoro ọrụ ha si dị, 99.99% nke DNA ndị ọbịa nwere ike ibelata.Enwere ike achọpụta ọrịa nje na mkpụrụ ndụ nje na-eguzogide ọgwụ n'ime awa 6.
Ntụaka
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopore metagenomics na-enyere aka nyocha ụlọ ọgwụ ngwa ngwa nke nje na-efe efe dị ala nke iku ume.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
