Ngwaahịa

Genetics evolushọn

Mkpụrụ ndụ ihe nketa evolushọn bụ ọrụ njupụta nke emebere maka inye nkọwa zuru oke na ozi evolushọn nke ihe enyere dabere na mgbanwe mkpụrụ ndụ ihe nketa, gụnyere SNPs, InDels, SVs na CNV.Ọ na-enye nyocha niile dị mkpa achọrọ maka ịkọwa mgbanwe mgbanwe evolushọn na njirimara mkpụrụ ndụ ihe nketa nke ọnụ ọgụgụ mmadụ, dị ka usoro ọnụọgụgụ, ụdị mkpụrụ ndụ ihe nketa, mmekọrịta phylogeny, wdg.

Kpọtụrụ anyị

Nkọwa ọrụ

Nsonaazụ ngosi

Ọmụmụ ihe

Uru ọrụ

Takagi et al.,Akwụkwọ akụkọ osisi, 2013

● Ịtụle oge na ọsọ nke ụdị dịgasị iche iche dabere na ọdịiche dị na nucleotide na ọkwa amino acid.
● Mkpughe nke mmekọrịta phylogenetic ndị a pụrụ ịdabere na ya n'etiti ụdị ndị nwere obere mmetụta nke mgbanwe mgbanwe na mgbanwe yiri ya
● Ịmepụta njikọ dị n'etiti mgbanwe mkpụrụ ndụ ihe nketa na phenotypes iji kpughee mkpụrụ ndụ ihe nketa metụtara àgwà
● Na-eme atụmatụ ụdị dị iche iche nke mkpụrụ ndụ ihe nketa, nke na-egosipụta ikike evolushọn nke ụdị dị iche iche
● Oge ntụgharị ngwa ngwa
● Ahụmahụ sara mbara: BMK achịkọtala nnukwu ahụmahụ na ọnụ ọgụgụ mmadụ na ọrụ metụtara evolushọn ruo ihe karịrị afọ 12, na-ekpuchi ọtụtụ narị ụdị, wdg ma nye aka na ihe karịrị ọrụ 80 dị elu nke e bipụtara na Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, wdg.

Nkọwapụta ọrụ

Akụrụngwa:

Dị ka ọ na-adịkarị, a na-atụ aro opekata mpe obodo atọ (dịka ụdị ma ọ bụ ụdị).Onye ọ bụla n'ime obodo kwesịrị ịnwe ihe na-erughị mmadụ 10 (Osisi 15, nwere ike belata maka ụdị ndị na-adịghị ahụkebe).

Atụmatụ usoro:

* Enwere ike iji WGS rụọ ọrụ maka ụdị nwere genome ntụaka dị elu, ebe SLAF-Seq dị maka ụdị ma ọ bụ na-enweghị akwụkwọ genome, ma ọ bụ genome nke adịghị mma.

Ọdabara na nha genome	WGS	SLAF-Tags (×10,000)
≤ 500 Mb	10 × / onye	WGS ka akwadoro
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 GB		30

Nyocha bioinformatics

● Nnyocha evolushọn

● Nhọrọ nke ịzacha

● Mkpụrụ ndụ ihe nketa

● Akụkọ gbasara igwe mmadụ

● Oge mgbanwe

Ihe nlele chọrọ na nnyefe

Ihe atụ chọrọ:

Ụdị	Anụ ahụ	WGS-NGS	SLAF
Anụmanụ	Anụ ahụ visceral	0,5-1 g	0,5g
	Anụ ahụ akwara
	Ọbara anụ mammali	1.5ml	1.5ml
	Anụ ọkụkọ/Ọbara azụ
Osisi	Akwụkwọ ọhụrụ	1-2g	0,5-1 g
	Petal/stem
	Mgbọrọgwụ/Mkpụrụ
Selụ	cell mebere

gDNA

Ntinye uche
(ng/ul)

Ọnụ ego

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

Usoro ọrụ ọrụ

Nnwale imewe

Nbufe ihe atụ

Ịrụ ụlọ akwụkwọ

Usoro

Nyocha data

Mgbe-ire ọrụ

Nke gara aga: Nnukwu nyocha Segregant

Osote: Metabolomics

*Nsonaazụ ngosi egosiri ebe a sitere na genome bipụtara ya na BMKGENE

1.Evolution analysis nwere owuwu nke phylogenetic osisi, onu ogugu mmadu Ọdịdị na PCA dabeere na mkpụrụ ndụ ihe nketa ọdịiche.

Osisi Phylogenetic na-anọchite anya mmekọrịta taxonomic na evolushọn n'etiti ụdị ndị nwere nna ochie.
PCA chọrọ iji anya nke uche hụ ịdị nso n'etiti ndị obodo.
Ọdịdị ọnụ ọgụgụ mmadụ na-egosi ọnụnọ nke mkpụrụ ndụ ihe nketa dị iche iche n'usoro nke ugboro ole.

3-1 Phylogenetic-osisi 3-2 PCA 3-3 Ndị mmadụ-ihe owuwu

Chen, et.al.,PNAS, 2020

2.Nhọrọ ihicha

Ntucha nhọrọ na-ezo aka na usoro nke ahọpụtara saịtị bara uru yana mmụba ugboro nke saịtị na-anọpụ iche jikọtara ọnụ yana belata nke saịtị enweghị njikọ, na-ebute mbelata mpaghara.

A na-ahazi nchọpụta genome-obosara na mpaghara mkpochapụ ahọpụtara site na ịgbakọ mkpụrụ ndụ mkpụrụ ndụ mmadụ (π, Fst, Tajima's D) nke SNP niile n'ime windo na-amị amị (100 Kb) n'oge ụfọdụ (10 Kb).

Nucleotide di iche iche (π)
4Nucleotide-diversity (π)

Tajima's D
5 Tajima-D

Ndekọ ndozi (Fst)

6 Mmezi-index (Fst)

Wu, et.al.,Osisi Molecular, 2018

3.Gene Flow

7Gene-eruba

Wu, et.al.,Osisi Molecular, 2018

4.Akụkọ ọnụ ọgụgụ mmadụ

8 Akụkọ igwe mmadụ-akụkọ

Zhang, et.al.,Nature Ecology&Evolution, 2021

5.Divergence oge

9 Oge ọdịiche

Zhang, et.al.,Nature Ecology&Evolution, 2021

Okwu BMK

Map dịgasị iche iche nke mkpụrụ ndụ ihe nketa na-enye nghọta na ndabere mkpụrụ ndụ ihe nketa nke oge opupu ihe ubi Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp. Pekinensis) nhọrọ.

Ebipụtara: Osisi Molecular, 2018

Atụmatụ usoro:

Nhazi: omimi nke usoro nhazi: 10×

Nsonaazụ igodo

N'ime ọmụmụ ihe a, a na-ahazi cabbages 194 ndị China maka ịhazigharị ya na nkezi omimi nke 10 ×, nke wetara 1,208,499 SNPs na 416,070 InDels.Nyocha phylogenetic na ahịrị 194 ndị a gosiri na enwere ike kewaa ahịrị ndị a ụzọ atọ ecotypes, mmiri, ọkọchị na ụbịa.Na mgbakwunye, nhazi ọnụ ọgụgụ mmadụ na nyocha PCA gosipụtara na kabeeji Chinese mmiri sitere na kabeeji mgbụsị akwụkwọ na Shandong, China.Ndị a e mesịrị ẹkenam Korea na Japan, gafere na mpaghara ahịrị na ụfọdụ mbubreyo bolting iche n'ime ha ewebata azụ China na n'ikpeazụ ghọrọ mmiri Chinese kabeeji.

Nyocha banyere genome na cabbages ndị China na oge mgbụsị akwụkwọ na nhọrọ ekpughere 23 genomic loci nke gafere na nhọrọ siri ike, abụọ n'ime ha jikọtara ya na mpaghara njikwa oge dabere na QTL-map.Achọpụtara mpaghara abụọ a nwere mkpụrụ ndụ ihe nketa na-achịkwa ifuru, BrVIN3.1 na BrFLC1.Ekwupụtakwara na mkpụrụ ndụ ihe nketa abụọ a na-etinye aka na oge nkwụsị site na nyocha transcriptome na nnwale transgenic.

Nyocha ihe owuwu ọnụ ọgụgụ mmadụ na cabbages China

Ozi mkpụrụ ndụ ihe nketa na nhọrọ kabeeji Chinese

Ntụaka

Tongbing, et al."Map dị iche iche nke Genomic na-enye nghọta n'ime usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa nke kabeeji Chinese (Brassica rapa ssp.pekinensis) Nhọrọ."Osisi Molecular,11 (2018): 1360-1376 .