-
Urutan RNA inti tunggal
Kemajuan dalam penangkapan sel tunggal dan teknik konstruksi perpustakaan individual yang digabungkan dengan pengurutan throughput tinggi memungkinkan studi ekspresi gen berdasarkan sel demi sel.Hal ini memungkinkan analisis sistem yang lebih dalam dan lengkap pada populasi sel yang kompleks, yang menghindari penyembunyian heterogenitas dengan mengambil rata-rata seluruh sel.
Namun, beberapa sel tidak cocok untuk dibuat menjadi suspensi sel tunggal, sehingga diperlukan metode preparasi sampel lainnya – ekstraksi inti dari jaringan, yaitu inti diekstraksi langsung dari jaringan atau sel dan disiapkan menjadi suspensi inti tunggal untuk suspensi sel tunggal. pengurutan sel.
BMK menyediakan layanan pengurutan RNA sel tunggal berbasis 10× Genomics ChromiumTM.Layanan ini telah banyak digunakan dalam penelitian terkait penyakit, seperti diferensiasi sel imun, heterogenitas tumor, perkembangan jaringan, dan lain-lain.
Chip transkriptome spasial: 10× Genomik
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
Pengurutan Genom Utuh Tumbuhan/Hewan
Pengurutan ulang seluruh genom, juga dikenal sebagai WGS, memungkinkan pengungkapan mutasi umum dan langka pada keseluruhan genom termasuk Polimorfisme Nukleotida Tunggal (SNP), Penghapusan Penyisipan (InDel), Variasi Struktur (SV), dan Variasi Nomor Salinan (CNV) ).SV memiliki porsi basis variasi yang lebih besar dibandingkan SNP dan memiliki dampak yang lebih besar pada genom, sehingga berdampak signifikan pada organisme hidup.Pengurutan ulang pembacaan panjang memungkinkan identifikasi yang lebih tepat atas fragmen besar dan variasi rumit karena pembacaan panjang mempermudah persilangan kromosom pada wilayah rumit seperti pengulangan tandem, wilayah kaya GC/AT, dan wilayah hiper-variabel.
Peron: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transkriptome Spasial BMKMANU S1000
Transkriptomik spasial berada di garis depan inovasi ilmiah, memberdayakan para peneliti untuk menyelidiki pola ekspresi gen yang rumit di dalam jaringan sambil menjaga konteks spasialnya.Di tengah berbagai platform, BMKGene telah mengembangkan Chip Transkriptome Spasial BMKManu S1000, yang memiliki keunggulanresolusi yang ditingkatkan5µM, mencapai kisaran subseluler, dan memungkinkanpengaturan resolusi multi-level.Chip S1000, yang menampilkan sekitar 2 juta titik, menggunakan sumur mikro yang dilapisi dengan manik-manik yang diisi dengan probe penangkapan dengan kode batang spasial.Perpustakaan cDNA, diperkaya dengan kode batang spasial, disiapkan dari chip S1000 dan kemudian diurutkan pada platform Illumina NovaSeq.Kombinasi sampel dengan barcode spasial dan UMI memastikan keakuratan dan spesifisitas data yang dihasilkan.Atribut unik chip BMKManu S1000 terletak pada keserbagunaannya, menawarkan pengaturan resolusi multi-level yang dapat disesuaikan dengan jaringan dan tingkat detail yang berbeda.Kemampuan beradaptasi ini menempatkan chip ini sebagai pilihan luar biasa untuk beragam studi transkriptomik spasial, memastikan pengelompokan spasial yang tepat dengan noise minimal.
Dengan menggunakan chip BMKManu S1000 dan teknologi transkriptomik spasial lainnya, para peneliti dapat memperoleh pemahaman yang lebih baik tentang organisasi spasial sel dan interaksi molekul kompleks yang terjadi di dalam jaringan, memberikan wawasan yang sangat berharga mengenai mekanisme yang mendasari proses biologis di berbagai bidang, termasuk onkologi, ilmu saraf, biologi perkembangan, imunologi dan studi botani.
Platform: chip BMKManu S1000 dan Illumina NovaSeq
-
10x Transkriptome Spasial Visium Genomik
Transkriptomik spasial adalah teknologi mutakhir yang memungkinkan peneliti menyelidiki pola ekspresi gen dalam jaringan sambil menjaga konteks spasialnya.Salah satu platform kuat dalam domain ini adalah 10x Genomics Visium ditambah dengan pengurutan Illumina.Prinsip Visium 10X terletak pada chip khusus dengan area penangkapan khusus di mana bagian jaringan ditempatkan.Area pengambilan ini berisi titik-titik yang diberi kode batang, masing-masing sesuai dengan lokasi spasial unik di dalam jaringan.Molekul RNA yang ditangkap dari jaringan kemudian diberi label dengan pengidentifikasi molekul unik (UMI) selama proses transkripsi terbalik.Bintik-bintik dan UMI yang diberi kode batang ini memungkinkan pemetaan spasial yang tepat dan kuantifikasi ekspresi gen pada resolusi sel tunggal.Kombinasi sampel dengan barcode spasial dan UMI memastikan keakuratan dan spesifisitas data yang dihasilkan.Dengan menggunakan teknologi Transkriptomik Spasial ini, para peneliti dapat memperoleh pemahaman yang lebih mendalam tentang organisasi spasial sel dan interaksi molekuler kompleks yang terjadi di dalam jaringan, sehingga menawarkan wawasan berharga mengenai mekanisme yang mendasari proses biologis di berbagai bidang, termasuk onkologi, ilmu saraf, biologi perkembangan, dan imunologi. , dan studi botani.
Platform: 10X Genomics Visium dan Illumina NovaSeq
-
Sequencing mRNA Panjang Penuh-Nanopore
Meskipun pengurutan mRNA berbasis NGS berfungsi sebagai alat serbaguna untuk kuantifikasi ekspresi gen, ketergantungannya pada pembacaan singkat membatasi kemanjurannya dalam analisis transkriptomik yang kompleks.Sebaliknya, pengurutan nanopore menggunakan teknologi baca panjang, memungkinkan pengurutan transkrip mRNA full-length.Pendekatan ini memfasilitasi eksplorasi komprehensif penyambungan alternatif, fusi gen, poli-adenilasi, dan kuantifikasi isoform mRNA.
Pengurutan nanopore bergantung pada sinyal listrik real-time molekul tunggal nanopore.Dipandu oleh protein motorik, DNA beruntai ganda berikatan dengan protein nanopori yang tertanam dalam biofilm, terlepas saat melewati saluran nanopori di bawah perbedaan tegangan.Sinyal listrik khas yang dihasilkan oleh basa berbeda pada untai DNA dideteksi dan diklasifikasikan secara real-time, sehingga memfasilitasi pengurutan nukleotida yang akurat dan berkelanjutan.Pendekatan inovatif ini mengatasi keterbatasan pembacaan singkat dan menyediakan platform dinamis untuk analisis genom yang rumit, termasuk studi transkriptomik yang kompleks.
Peron: Nanopore Promethion P48
-
Urutan mRNA berdurasi penuh -PacBio
Meskipun pengurutan mRNA berbasis NGS adalah alat serbaguna untuk mengukur ekspresi gen, ketergantungannya pada pembacaan singkat membatasi penggunaannya dalam analisis transkriptomik yang kompleks.Pengurutan PacBio (Iso-Seq), di sisi lain, menggunakan teknologi yang sudah lama dibaca, memungkinkan pengurutan transkrip mRNA full-length.Pendekatan ini memfasilitasi eksplorasi komprehensif penyambungan alternatif, fusi gen, dan poli-adenilasi meskipun pendekatan ini bukan pilihan utama untuk kuantifikasi ekspresi gen, karena tingginya jumlah data yang diperlukan.
Teknologi pengurutan PacBio mengandalkan pengurutan molekul tunggal, real-time (SMRT), memberikan keuntungan tersendiri dalam menangkap transkrip mRNA full-length.Pendekatan inovatif ini melibatkan penggunaan zero-mode waveguides (ZMWs), sumur mikrofabrikasi yang memungkinkan pengamatan aktivitas DNA polimerase secara real-time selama pengurutan.Dalam ZMW ini, DNA polimerase PacBio mensintesis untai DNA komplementer, menghasilkan pembacaan panjang yang mencakup keseluruhan transkrip mRNA.Pengoperasian PacBio dalam mode pengurutan Konsensus Melingkar (CCS) meningkatkan akurasi dengan mengurutkan molekul yang sama berulang kali.Pembacaan HiFi yang dihasilkan memiliki akurasi yang sebanding dengan NGS, yang selanjutnya berkontribusi pada analisis fitur transkriptomik kompleks yang komprehensif dan andal.Platform: Sekuel PacBio II
-
Urutan mRNA eukariotik-Illumina
Urutan mRNA memberdayakan pembuatan profil komprehensif semua transkrip mRNA dalam sel dalam kondisi tertentu.Teknologi mutakhir ini berfungsi sebagai alat yang ampuh, mengungkap profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekuler yang terkait dengan beragam proses biologis.Diadopsi secara luas dalam penelitian fundamental, diagnostik klinis, dan pengembangan obat, pengurutan mRNA menawarkan wawasan tentang seluk-beluk dinamika seluler dan regulasi genetik.
Peron: Illumina NovaSeq X
-
Sequencing-Illumina mRNA berbasis non-Referensi
Urutan mRNA memberdayakan pembuatan profil komprehensif semua transkrip mRNA dalam sel dalam kondisi tertentu.Teknologi mutakhir ini berfungsi sebagai alat yang ampuh, mengungkap profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekuler yang terkait dengan beragam proses biologis.Diadopsi secara luas dalam penelitian fundamental, diagnostik klinis, dan pengembangan obat, pengurutan mRNA menawarkan wawasan tentang seluk-beluk dinamika seluler dan regulasi genetik.
Peron: Illumina NovaSeq X
-
Urutan non-coding yang panjang-Illumina
RNA non-coding panjang (lncRNAs) adalah RNA dengan panjang lebih dari 200 nukleotida yang memiliki potensi pengkodean minimal dan merupakan elemen penting dalam RNA non-coding.Ditemukan dalam nukleus dan sitoplasma, RNA ini memainkan peran penting dalam regulasi epigenetik, transkripsional, dan pasca-transkripsional, yang menggarisbawahi signifikansinya dalam membentuk proses seluler dan molekuler.Urutan LncRNA adalah alat yang ampuh dalam diferensiasi sel, Ontogenesis, dan penyakit Manusia.
Peron: Illumina NovaSeq
-
Urutan RNA kecil-Illumina
Molekul RNA kecil (sRNA), biasanya panjangnya kurang dari 200 nukleotida, termasuk mikroRNA (miRNA), RNA pengganggu kecil (siRNA), dan RNA yang berinteraksi dengan piwi (piRNA).Diantaranya, miRNA, yang panjangnya sekitar 20-24 nukleotida, sangat penting karena peran pengaturannya yang sangat penting dalam berbagai proses seluler.Dengan pola ekspresi spesifik jaringan dan tahapan spesifik, miRNA menunjukkan konservasi tinggi di berbagai spesies.
Peron: Illumina NovaSeq
-
sequencing circRNA-Illumina
Pengurutan RNA melingkar (circRNA-seq) bertujuan untuk membuat profil dan menganalisis RNA sirkular, kelas molekul RNA yang membentuk loop tertutup karena peristiwa penyambungan non-kanonik, sehingga memberikan peningkatan stabilitas pada RNA ini.Meskipun beberapa circRNA telah terbukti bertindak sebagai spons mikroRNA, mengasingkan mikroRNA dan mencegahnya mengatur mRNA targetnya, sirkRNA lain dapat berinteraksi dengan protein, memodulasi ekspresi gen, atau memiliki peran dalam proses seluler.Analisis ekspresi circRNA memberikan wawasan tentang peran regulasi molekul-molekul ini dan signifikansinya dalam berbagai proses seluler, tahap perkembangan, dan kondisi penyakit, sehingga berkontribusi pada pemahaman yang lebih mendalam tentang kompleksitas regulasi RNA dalam konteks ekspresi gen.
-
Urutan transkriptom keseluruhan – Illumina
Pengurutan transkriptome menyeluruh menawarkan pendekatan komprehensif untuk membuat profil beragam molekul RNA, yang mencakup RNA pengkode (mRNA) dan non-pengkode (lncRNA, circRNA, dan miRNA).Teknik ini menangkap seluruh transkriptom sel tertentu pada saat tertentu, memungkinkan pemahaman holistik tentang proses seluler.Juga dikenal sebagai “pengurutan RNA total”, hal ini bertujuan untuk mengungkap jaringan regulasi yang rumit pada tingkat transkriptome, memungkinkan analisis mendalam seperti kompetisi RNA endogen (ceRNA) dan analisis RNA gabungan.Ini menandai langkah awal menuju karakterisasi fungsional, khususnya dalam mengungkap jaringan regulasi yang melibatkan interaksi ceRNA berbasis circRNA-miRNA-mRNA.
