Produk

Pengurutan Genom Tumbuhan/Hewan De Novo

De Novopengurutan mengacu pada konstruksi seluruh genom suatu spesies menggunakan teknologi pengurutan, misalnya PacBio, Nanopore, NGS, dll., tanpa adanya genom referensi.Peningkatan luar biasa dalam panjang baca pada teknologi sekuensing generasi ketiga telah membawa peluang baru dalam merakit genom yang kompleks, seperti genom dengan heterozigositas tinggi, rasio daerah berulang yang tinggi, poliploid, dll. Dengan panjang baca pada tingkat puluhan kilobase, pembacaan sekuensing ini memungkinkan penyelesaian elemen berulang, wilayah dengan konten GC abnormal, dan wilayah lain yang sangat kompleks.

Platform： PacBio Sekuel II /Nanopore PromethION P48/ Platform Illumina NovaSeq

Hubungi kami

Detail Layanan

Hasil Demo

Studi kasus

Keunggulan Layanan

1Pengembangan-pengurutan-dan-bioinformatika-dalam-perakitan-genom-de-novo

Pengembangan platform sequencing dan bioinformatika dide novoperakitan genom

(Amarasinghe SL dkk.,Biologi Genom, 2020)

● Membangun genom baru dan menyempurnakan genom referensi yang ada untuk spesies yang diminati.

● Akurasi, kontinuitas, dan kelengkapan yang lebih tinggi dalam perakitan

● Membangun sumber daya fundamental untuk penelitian polimorfisme sekuens, QTL, penyuntingan gen, pemuliaan, dll.

● Dilengkapi dengan platform pengurutan generasi ketiga berspektrum penuh: solusi perakitan genom terpadu

● Strategi pengurutan dan perakitan yang fleksibel memenuhi beragam genom dengan fitur berbeda

● Tim ahli bioinformatika yang sangat terampil dengan pengalaman luas dalam kumpulan genom kompleks, termasuk poliploid, genom raksasa, dll.

● Lebih dari 100 kasus berhasil dengan faktor dampak akumulatif yang dipublikasikan lebih dari 900

● Waktu penyelesaian secepat 3 bulan untuk perakitan genom tingkat kromosom.

● Dukungan teknis yang solid dengan serangkaian paten dan hak cipta perangkat lunak baik dalam sisi eksperimental maupun bioinformatika.

Spesifikasi Layanan

Isi

Platform

Panjang Baca

Cakupan

Survei Genom

Menerangi NovaSeq

PE150

≥ 50X

Urutan Genom

PacBio Revio

Bacaan HiFi 15 kb

≥ 30X

Hai-C

Menerangi NovaSeq

PE150

≥100X

Alur kerja

Persyaratan Sampel dan Pengiriman

Persyaratan Sampel:

Jenis	Jaringan	Untuk PacBio	Untuk Nanopore
Hewan	Organ visceral (hati, limpa, dll)	≥ 1,0 gram	≥ 3,5 gram
	Otot	≥ 1,5 gram	≥ 5,0 gram
	Darah mamalia	≥ 1,5 mL	≥ 5,0 mL
	Darah ikan atau burung	≥ 0,2 mL	≥ 0,5 mL
Tanaman	Daun segar	≥ 1,5 gram	≥ 5,0 gram
	Kelopak atau batang	≥ 3,5 gram	≥ 10,0 gram
	Akar atau biji	≥ 7,0 gram	≥ 20,0 gram
Sel	Budaya sel	≥ 3×10⁷	≥ 1×10⁸

Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan

Wadah: tabung centrifuge 2 ml (tidak disarankan menggunakan kertas timah)
Untuk sebagian besar sampel, kami menyarankan untuk tidak mengawetkannya dalam etanol.
Pelabelan sampel: Sampel harus diberi label dengan jelas dan identik dengan formulir informasi sampel yang diserahkan.
Pengiriman: Es kering: Sampel harus dikemas dalam kantong terlebih dahulu dan dikubur dalam es kering.

Alur Kerja Layanan

Desain percobaan

Pengiriman sampel

Ekstraksi DNA

Pembangunan perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Layanan purna jual

Sebelumnya: Urutan Exome Utuh Manusia

Berikutnya: Majelis Genom berbasis Hi-C

*Hasil demo yang ditampilkan di sini semuanya berasal dari genom yang dipublikasikan dengan Biomarker Technologies

1.Circos pada perakitan genom tingkat kromosomG. rotundifoliumoleh platform pengurutan Nanopore

3Circos-on-genomic-features-of-cotton-genome

Wang M dkk.,Biologi dan Evolusi Molekuler, 2021

2.Statistik perakitan dan anotasi genom gandum hitam Weining

4Statistik-perakitan-genom-dan-anotasi

Li G dkk.,Genetika Alam, 2021

3.Prediksi genPendidikan Sechiumgenom, berasal dari tiga metode prediksi:Baru-baru iniprediksi, prediksi berbasis homologi dan prediksi berbasis data RNA-Seq

5Prediksi gen

Fu A dkk.,Penelitian Hortikultura, 2021

4.Identifikasi pengulangan terminal panjang yang utuh pada tiga genom kapas

6Identifikasi elemen-genom-berulang

Wang M dkk.,Biologi dan Evolusi Molekuler, 2021

5. Peta panas Hi-CC.akuminatagenom yang menunjukkan interaksi keseluruhan genom.Intensitas interaksi Hi-C sebanding dengan jarak linier antar contigs.Garis lurus yang bersih pada peta panas ini menunjukkan penjangkaran contigs yang sangat akurat pada kromosom.(Rasio penahan lanjutan: 96,03%)

7Hi-C-heat-map-on-assembly-sequencing-anchoring

kang M dkk.,Komunikasi Alam,2021

Kasus BMK

Perakitan genom berkualitas tinggi menyoroti karakteristik genom gandum hitam dan gen-gen yang penting secara agronomi

Diterbitkan: Genetika Alam, 2021

Strategi pengurutan:

Perakitan genom: Mode PacBio CLR dengan perpustakaan 20 kb (497 Gb, sekitar 63×)
Koreksi urutan: NGS dengan perpustakaan DNA 270 bp (430 Gb, kira-kira 54×) pada platform Illumina
Penahan contigs: Pustaka Hi-C (560 Gb, kira-kira 71×) pada platform Illumina
Peta optik: (779,55 Gb, kira-kira 99×) di Bionano Irys

Hasil utama

1. Perakitan genom gandum hitam Weining diterbitkan dengan ukuran total genom 7,74 Gb (98,74% dari perkiraan ukuran genom berdasarkan flow cytometry).Scaffold N50 rakitan ini mencapai 1,04 Gb.93,67% contig berhasil berlabuh pada 7 kromosom semu.Majelis ini dievaluasi dengan peta linkage, LAI dan BUSCO, yang menghasilkan nilai tinggi di semua evaluasi.

2. Studi lebih lanjut tentang genomik komparatif, peta hubungan genetik, studi transkriptomik dilakukan berdasarkan genom ini.Serangkaian fitur genom terkait sifat terungkap termasuk duplikasi gen di seluruh genom dan dampaknya terhadap gen biosintesis pati;organisasi fisik lokus prolamin yang kompleks, fitur ekspresi gen yang mendasari sifat awal dan wilayah kromosom terkait domestikasi dan lokus pada gandum hitam.

Diagram Circos tentang fitur genom genom gandum Weining

Penyambungan alternatif-RNA-panjang-penuh-PB

Analisis evolusi dan sintesis kromosom dari genom gandum hitam

Referensi

Li, G., Wang, L., Yang, J.dkk.Perakitan genom berkualitas tinggi menyoroti karakteristik genom gandum hitam dan gen-gen yang penting secara agronomi.Nat Genet 53,574–584 (2021).

https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z