Sequencing-Illumina mRNA berbasis non-Referensi

Gambar Unggulan Pengurutan mRNA-Illumina berbasis Non-Referensi

Pengurutan mRNA mengadopsi teknik pengurutan generasi berikutnya (NGS) untuk menangkap RNA pembawa pesan (mRNA) dari Eukariota pada periode tertentu ketika beberapa fungsi khusus diaktifkan.Transkrip terpanjang yang disambung disebut 'Unigene' dan digunakan sebagai urutan referensi untuk analisis selanjutnya, yang merupakan cara efektif untuk mempelajari mekanisme molekuler dan jaringan pengatur spesies tanpa referensi.

Setelah perakitan data transkriptome dan anotasi fungsional unigene

(1) Analisis SSR, prediksi CDS, dan struktur gen akan dilakukan sebelumnya.

(2) Kuantifikasi ekspresi unigene di setiap sampel akan dilakukan.

(3) Unigen yang diekspresikan secara berbeda antar sampel (atau kelompok) akan ditemukan berdasarkan ekspresi unigene

(4) Pengelompokan, anotasi fungsional, dan analisis pengayaan unigenes yang diekspresikan secara berbeda akan dilakukan

Hubungi kami

Detail Layanan

Bioinformatika

Hasil Demo

Studi kasus

Fitur

● Tidak bergantung pada genom referensi apa pun,

● Data dapat digunakan untuk menganalisis struktur dan ekspresi transkrip

● Identifikasi situs kliping variabel

Keunggulan Layanan

● Pengiriman hasil berbasis BMKCloud: Hasil dikirimkan sebagai file data dan laporan interaktif melalui platform BMKCloud, yang memungkinkan pembacaan keluaran analisis kompleks yang mudah digunakan dan penambangan data yang disesuaikan berdasarkan analisis bioinformatika standar.

● Layanan purna jual: Layanan purna jual berlaku selama 3 bulan setelah proyek selesai, termasuk tindak lanjut proyek, pemecahan masalah, tanya jawab hasil, dll.

Persyaratan Sampel dan Pengiriman

Persyaratan Sampel:

Nukleotida:

Konsentrasi (ng/μl)

Jumlah (μg)

Kemurnian

Integritas

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Kontaminasi protein atau DNA terbatas atau tidak ada pada gel.

Untuk tanaman: RIN≥6.5;

Untuk hewan: RIN≥7.0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

elevasi dasar yang terbatas atau tidak ada sama sekali

Jaringan: Berat (kering): ≥1 g
*Untuk jaringan yang lebih kecil dari 5 mg, kami menyarankan untuk mengirimkan sampel jaringan beku (dalam nitrogen cair).

Suspensi sel: Jumlah sel = 3×10⁷
*Kami menyarankan untuk mengirimkan lisat sel beku.Jika jumlah sel tersebut lebih kecil dari 5×10⁵, disarankan untuk dibekukan dalam nitrogen cair.

Sampel darah:
PA×genBloodRNATube;
6mLTRIzol dan 2mL darah (TRIzol:Darah=3:1)

Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan

Wadah:
Tabung centrifuge 2 ml (kertas timah tidak disarankan)
Contoh pelabelan: Grup+replikasi misalnya A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Pengiriman:
1.Es kering: Sampel harus dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.
2. Tabung RNAstabil: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNAstable®) dan dikirim dalam suhu kamar.

Alur Kerja Layanan

Desain percobaan

Pengiriman sampel

Ekstraksi RNA

Pembangunan perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Layanan purna jual

Sebelumnya: Urutan non-coding yang panjang-Illumina

Berikutnya: Urutan mRNA eukariotik-Illumina

Bioinformatika

1.mRNA(denovo) Prinsip Perakitan

Oleh Trinity, bacaan dipecah menjadi bagian-bagian yang lebih kecil, yang dikenal sebagai K-mer.K-mer ini kemudian digunakan sebagai benih untuk diperluas menjadi contigs dan kemudian didasarkan pada komponen yang tumpang tindih contig.Terakhir, De Bruijn diterapkan di sini untuk mengenali transkrip pada komponen.

mRNA-(De-novo)-Ikhtisar-Trinitas

mRNA (De novo) Ikhtisar Tritunggal

2.mRNA (De novo) Distribusi Tingkat Ekspresi Gen

RNA-Seq mampu mencapai estimasi ekspresi gen yang sangat sensitif.Biasanya, rentang transkrip ekspresi FPKM yang terdeteksi berkisar antara 10^-2 hingga 10^6

mRNA-(De-novo)-Distribusi-kepadatan-FPKM-dalam-setiap-sampel

mRNA (De novo) Distribusi kepadatan FPKM di setiap sampel

3.mRNA (De novo) Analisis Pengayaan DEG

Basis data GO (Gene Ontology) adalah sistem anotasi biologis terstruktur yang berisi kosakata standar fungsi gen dan produk gen.Ini berisi beberapa level, di mana semakin rendah levelnya, semakin spesifik fungsinya.

mRNA-(De-novo)-GO-klasifikasi-DEG-di-tingkat kedua

klasifikasi DEG mRNA (De novo) GO di tingkat kedua

Kasus BMK

Analisis Transkriptome Metabolisme Sukrosa Selama Pembengkakan dan Perkembangan Umbi Bawang Merah (Allium cepa L.)

Diterbitkan: perbatasan dalam ilmu tanaman,2016

Strategi pengurutan

Menerangi HiSeq2500

Pengumpulan sampel

Kultivar Utah Yellow Sweet Spain “Y1351” digunakan dalam penelitian ini.Jumlah sampel yang dikumpulkan adalah
hari ke-15 setelah pembengkakan (DAS) umbi (diameter 2 cm dan berat 3–4 g), HAS ke-30 (diameter 5 cm dan berat 100–110 g), dan ∼3 pada HAS ke-40 (diameter 7 cm dan berat 260–300 gram).

Hasil utama

1. dalam diagram Venn, total 146 DEG terdeteksi di ketiga pasang tahap perkembangan
2. “Transportasi dan metabolisme karbohidrat” hanya diwakili oleh 585 unigenes (yaitu, 7% dari COG yang dianotasi).
3.Unigenes yang berhasil dianotasi ke database GO diklasifikasikan ke dalam tiga kategori utama untuk tiga tahap pengembangan bohlam yang berbeda.Yang paling terwakili dalam kategori utama “proses biologis” adalah “proses metabolisme”, diikuti oleh “proses seluler”.Dalam kategori utama “fungsi molekuler”, dua kategori yang paling banyak diwakili adalah “pengikatan” dan “aktivitas katalitik”.

Histogram klasifikasi cluster of orthologous groups (COG).

Histogram klasifikasi ontologi gen (GO) untuk unigenes yang berasal dari umbi dalam tiga tahap perkembangan

Diagram Venn menunjukkan gen yang diekspresikan secara berbeda dalam dua tahap perkembangan umbi bawang merah

Referensi

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, dkk.Analisis Transkriptome Metabolisme Sukrosa Selama Pembengkakan dan Perkembangan Umbi Bawang Merah (Allium cepa L.)[J].Frontiers dalam Ilmu Tanaman, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425